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- PDB-4m01: N terminal fragment(residues 245-575) of binding region of SraP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4m01
タイトルN terminal fragment(residues 245-575) of binding region of SraP
要素Serine-rich adhesin for platelets
キーワードCELL ADHESION / All beta / Adhesion / Carbohydrate/Sugar Binding
機能・相同性
機能・相同性情報


cell adhesion / calcium ion binding / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
Putative peptidoglycan bound protein (lpxtg motif) / Legume lectin beta-barrel domain / KxYKxGKxW signal peptide / KxYKxGKxW signal peptide / Cadherin-like superfamily / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain / Jelly Rolls - #200 / Ubiquitin-like (UB roll) ...Putative peptidoglycan bound protein (lpxtg motif) / Legume lectin beta-barrel domain / KxYKxGKxW signal peptide / KxYKxGKxW signal peptide / Cadherin-like superfamily / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain / Jelly Rolls - #200 / Ubiquitin-like (UB roll) / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Roll / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine-rich adhesin for platelets
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Yang, Y.H. / Jiang, Y.L. / Zhang, J. / Wang, L. / Chen, Y. / Zhou, C.Z.
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2014
タイトル: Structural Insights into SraP-Mediated Staphylococcus aureus Adhesion to Host Cells
著者: Yang, Y.H. / Jiang, Y.L. / Zhang, J. / Wang, L. / Bai, X.H. / Zhang, S.J. / Ren, Y.M. / Li, N. / Zhang, Y.H. / Zhang, Z. / Gong, Q. / Mei, Y. / Xue, T. / Zhang, J.R. / Chen, Y. / Zhou, C.Z.
履歴
登録2013年8月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年6月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine-rich adhesin for platelets
B: Serine-rich adhesin for platelets
C: Serine-rich adhesin for platelets
D: Serine-rich adhesin for platelets
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)155,93614
ポリマ－155,2234
非ポリマー71310
水25,7251428
1
A: Serine-rich adhesin for platelets
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,0304
ポリマ－38,8061
非ポリマー2243
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Serine-rich adhesin for platelets
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,0304
ポリマ－38,8061
非ポリマー2243
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Serine-rich adhesin for platelets
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,9383
ポリマ－38,8061
非ポリマー1322
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Serine-rich adhesin for platelets
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,9383
ポリマ－38,8061
非ポリマー1322
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)135.704, 179.644, 71.510
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 89.77, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-912-

HOH

21D-941-

HOH

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要素

#1: タンパク質
Serine-rich adhesin for platelets / Staphylococcus aureus surface protein A


分子量: 38805.848 Da / 分子数: 4
断片: N-terminal fragment of binding region, UNP residues 245-575
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: NCTC 8325 / 遺伝子: sraP / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q2FUW1
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1428 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.19 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 10% PEG 6000, 0.1M MES, 1.0M lithium chloride, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月7日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 99475 / Num. obs: 99475 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 21.37 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.158 / Rsym value: 0.158 / Net I/σ(I): 14.346
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.357 / Mean I/σ(I) obs: 5.63 / Num. unique all: 686821 / Rsym value: 0.357 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
AutoSol位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.1_743)精密化
HKL-2000データ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.1→44.911 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.75 / FOM work R set: 0.8685 / SU ML: 0.5 / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 20.3 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1951 4968 5 %RANDOM
Rwork0.1576 ---
obs0.1596 99440 99.94 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 30.466 Å2 / ksol: 0.333 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 71.31 Å2 / Biso mean: 24.1404 Å2 / Biso min: 8.26 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.2887 Å2-0 Å22.9739 Å2
2--5.8926 Å20 Å2
3----9.1813 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→44.911 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9566 0 40 1428 11034
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0119772
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.33713294
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1091520
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081738
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.7493332
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.0995-2.12340.23251690.18513125329499
2.1234-2.14840.24231640.18731303294100
2.1484-2.17460.24271730.176231193292100
2.1746-2.20210.23331590.169431413300100
2.2021-2.23110.2161500.168831803330100
2.2311-2.26160.23851540.170331703324100
2.2616-2.29390.211680.166431643332100
2.2939-2.32820.22821380.166331183256100
2.3282-2.36450.22211670.163431493316100
2.3645-2.40330.21151750.168131253300100
2.4033-2.44470.2021600.163231553315100
2.4447-2.48920.24291460.167931693315100
2.4892-2.53710.2071620.169131233285100
2.5371-2.58890.25971650.16531223287100
2.5889-2.64510.21561790.167431693348100
2.6451-2.70670.22651580.163731253283100
2.7067-2.77430.20681690.159531833352100
2.7743-2.84930.21241680.159831723340100
2.8493-2.93320.20791730.160630913264100
2.9332-3.02780.18731830.156331813364100
3.0278-3.1360.18241710.159831173288100
3.136-3.26150.17181560.150931713327100
3.2615-3.40990.18771750.148431673342100
3.4099-3.58960.18181680.15231403308100
3.5896-3.81440.18771600.158131393299100
3.8144-4.10880.16771720.138531533325100
4.1088-4.52190.1631690.130431683337100
4.5219-5.17540.15211670.129131633330100
5.1754-6.51730.19451730.16331703343100
6.5173-44.92130.17191770.1823173335099

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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