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- PDB-4lyp: Crystal Structure of Glycoside Hydrolase Family 5 Mannosidase fro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lyp
タイトルCrystal Structure of Glycoside Hydrolase Family 5 Mannosidase from Rhizomucor miehei
要素Exo-beta-1,4-mannosidase
キーワードHYDROLASE / Tim Barrel / extracellular protein
機能・相同性Glycosidases / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta / GUANIDINE
機能・相同性情報
生物種Rhizomucor miehei (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.28 Å
データ登録者Jiang, Z.Q. / Zhou, P. / Yang, S.Q. / Liu, Y. / Yan, Q.J.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: Structural insights into the substrate specificity and transglycosylation activity of a fungal glycoside hydrolase family 5 beta-mannosidase.
著者: Zhou, P. / Liu, Y. / Yan, Q. / Chen, Z. / Qin, Z. / Jiang, Z.
履歴
登録2013年7月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年8月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年11月26日Group: Database references
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Exo-beta-1,4-mannosidase
B: Exo-beta-1,4-mannosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,0768
ポリマ－102,5962
非ポリマー4816
水23,1131283
1
A: Exo-beta-1,4-mannosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,5384
ポリマ－51,2981
非ポリマー2403
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Exo-beta-1,4-mannosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,5384
ポリマ－51,2981
非ポリマー2403
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.646, 171.991, 55.137
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.60, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Exo-beta-1,4-mannosidase


分子量: 51297.961 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhizomucor miehei (菌類) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: beta-mannosidase
#2: 化合物
ChemComp-GAI / GUANIDINE / グアニジン


分子量: 59.070 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH5N3
#3: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1283 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細A SEQUENCE REFERENCE FOR THIS PROTEIN DOES NOT CURRENTLY EXIST.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.7 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 16% PEG 4000, 0.2 M guanidine hydrochloride, 0.1M HEPES buffer pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NE3A / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.28→86 Å / Num. all: 235043 / Num. obs: 205153 / % possible obs: 87.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 9.9 % / Rmerge(I) obs: 0.052
反射 シェル
解像度 (Å)Diffraction-ID% possible all
1.28-1.3191.4
3.47-20127.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHENIXモデル構築
REFMAC5.6.0117精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.28→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.966 / SU B: 0.983 / SU ML: 0.019 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.043 / ESU R Free: 0.043 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.15344 10147 5 %RANDOM
Rwork0.11932 ---
all0.12102 ---
obs0.12102 192973 86.47 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 14.159 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.57 Å20 Å20.06 Å2
2---0.59 Å20 Å2
3---0.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.28→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6700 0 32 1283 8015
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.027105
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0561.9359681
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9865883
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.69424.348368
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.308151137
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.0921536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1280.2955
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0150.0215682
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr7.47937105
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free34.9645288
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded11.33957869
LS精密化 シェル解像度: 1.277→1.311 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.398 747 -
Rwork0.372 13556 -
obs--82.63 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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