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万見
- PDB-4ly2: X-ray crystal structure of the ruthenium complex [Ru(phen)2(dppz)... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ly2
タイトルX-ray crystal structure of the ruthenium complex [Ru(phen)2(dppz)]2+ bound to d(TCGGTACCGA)
要素DNA
キーワードDNA / Intercalation / semi-intercalation / symmetrical intercalation / ligand binding / Light-switch compounds / DNA damage agent / guanine oxidation
機能・相同性: / Lambda-Ru(phen)2(dppz) complex / DNA
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Niyazi, H. / Teixeira, S. / Mitchell, E. / Forsyth, T. / Cardin, C.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: X-ray crystal structure of the ruthenium complex [Ru(phen)2(dppz)]2+ bound to d(TCGGTACCGA)
著者: Niyazi, H. / Teixeira, S. / Mitchell, E. / Forsyth, T. / Cardin, C.
履歴
登録2013年7月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年9月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月24日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,6704
ポリマ－3,0451
非ポリマー1,6253
水36020
1
A: DNA
ヘテロ分子

A: DNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,3408
ポリマ－6,0902
非ポリマー3,2506
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area930 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area4600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.450, 52.450, 32.580
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-102-

RKP

21A-217-

HOH

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要素

#1: DNA鎖 DNA


分子量: 3045.005 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic DNA purchased from ATDbio Ltd
#2: 化合物 ChemComp-RKP / Lambda-Ru(phen)2(dppz) complex


分子量: 743.779 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H26N8Ru
#3: 化合物 ChemComp-BA / BARIUM ION / バリウムジカチオン


分子量: 137.327 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ba
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.57 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: Performed using the sitting drop vapour diffusion method, by adding 1ul (4mM) L-[Ru(phen)2(dppz)]2+ to a drop containing 1ul (1mM) d(TCGGTACCGA)2, and 8ul of a solution containing 12mM ...詳細: Performed using the sitting drop vapour diffusion method, by adding 1ul (4mM) L-[Ru(phen)2(dppz)]2+ to a drop containing 1ul (1mM) d(TCGGTACCGA)2, and 8ul of a solution containing 12mM spermine, 10% 2-methyl-2,4-pentanediol, 40 mM sodium cacodylate pH 7.0, 80 mM NaCl and 20 mM BaCl2. This was equilibrated against 1 ml of 35% 2-methyl-2,4-pantanediol at room temperature, 20 C., VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.54980, 0.97240
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月10日
放射モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.54981
20.97241
反射解像度: 1.76→52.45 Å / Num. obs: 4849 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): 2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxCuBEデータ収集
SHELXS位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.1→37.09 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 4.391 / SU ML: 0.108 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.194 / ESU R Free: 0.163 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2186 129 4.5 %RANDOM
Rwork0.18817 ---
obs0.18968 2711 97.46 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 39.17 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.6 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.6 Å20 Å2
3---1.19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→37.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 202 103 20 325
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.014354
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.02171
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg3.3481.873565
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.3513389
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.8840.238
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0320.02225
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02104
LS精密化 シェル解像度: 2.099→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.187 5 -
Rwork0.24 178 -
obs--88.41 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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