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万見
- PDB-4lxu: dTdp-Fuc3N and 5-N-Formyl-THF -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lxu
タイトルdTdp-Fuc3N and 5-N-Formyl-THF
要素WlaRD, a sugar 3N-formyl transferase
キーワードTRANSFERASE / FMT / formyltransferase / N-10-formyl-THF / formylation
機能・相同性Rossmann fold - #12230 / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Chem-FON / Chem-T3F / :
機能・相同性情報
生物種Campylobacter jejuni subsp. jejuni (カンピロバクター)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Thoden, J.B. / Goneau, M.-F. / Gilbert, M. / Holden, H.M.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2013
タイトル: Structure of a sugar N-formyltransferase from Campylobacter jejuni.
著者: Thoden, J.B. / Goneau, M.F. / Gilbert, M. / Holden, H.M.
履歴
登録2013年7月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年2月5日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: WlaRD, a sugar 3N-formyl transferase
B: WlaRD, a sugar 3N-formyl transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,12121
ポリマ－63,8732
非ポリマー3,24819
水16,376909
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: WlaRD, a sugar 3N-formyl transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,64412
ポリマ－31,9371
非ポリマー1,70711
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
B: WlaRD, a sugar 3N-formyl transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,4779
ポリマ－31,9371
非ポリマー1,5408
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.534, 64.884, 134.458
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.67, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 WlaRD, a sugar 3N-formyl transferase


分子量: 31936.607 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Campylobacter jejuni subsp. jejuni (カンピロバクター)
株: 81116 / 遺伝子: C8J_1081 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2(DE3) / 参照: UniProt: A8FMJ3

-
非ポリマー , 7種, 928分子

#2: 化合物 ChemComp-FON / N-{[4-({[(6R)-2-amino-5-formyl-4-oxo-1,4,5,6,7,8-hexahydropteridin-6-yl]methyl}amino)phenyl]carbonyl}-L-glutamic acid / [6R]-5-FORMYL-5,6,7,8-TETRAHYDROFOLATE / 6R-FOLINIC ACID / (6R)-5-ホルミルテトラヒドロ葉酸


分子量: 473.439 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H23N7O7
#3: 化合物 ChemComp-MPO / 3[N-MORPHOLINO]PROPANE SULFONIC ACID / MOPS


分子量: 209.263 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H15NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-T3F / (3R,4S,5R,6R)-4-amino-3,5-dihydroxy-6-methyloxan-2-yl][hydroxy-[[(2R,3S,5R)-3-hydroxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy]phosphoryl] hydrogen phosphate / thymidine-5'-diphosphate-alpha-D-3,6-dideoxy-3-aminogalactose / チミジン5′-二りん酸β-[(2R)-3α,5β-ジヒドロキシ-4β-アミノ-6β-メチルテトラヒドロ-2H-ピラン-(以下略)


分子量: 547.345 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H27N3O14P2
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 909 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.12 %
結晶化温度: 295 K / pH: 7
詳細: 11-15% PEG 8000, 200 mM NaCl, 5 mM N-5-formyl-THF, 5 mM TDP-Fuc3N, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.9794
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月12日
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→30 Å / Num. obs: 145264 / % possible obs: 95.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.055 / Rsym value: 0.055 / Net I/σ(I): 48
反射 シェル解像度: 1.4→1.45 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.129 / Mean I/σ(I) obs: 9.5 / Rsym value: 0.129 / % possible all: 84.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4LXQ

4lxq


解像度: 1.4→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 0.999 / SU ML: 0.04 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.058 / ESU R Free: 0.062 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.211 7292 5 %RANDOM
Rwork0.18 ---
obs0.182 137972 95.1 %-
all-145264 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.98 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.76 Å20 Å20 Å2
2--0.38 Å20 Å2
3----1.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4511 0 211 909 5631
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0224919
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1381.9846660
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.6345581
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.42825.772246
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.71315894
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.4581511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1490.2739
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.023653
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8371.52788
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.72524582
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.84632131
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.7534.52060
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.4→1.44 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.264 446 -
Rwork0.246 8912 -
obs--83.35 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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