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万見
- PDB-4lxi: Crystal Structure of the S105A mutant of a carbon-carbon bond hyd... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lxi
タイトルCrystal Structure of the S105A mutant of a carbon-carbon bond hydrolase, DxnB2 from Sphingomonas wittichii RW1, in complex with 5,8-diF HOPDA
要素MCP Hydrolase
キーワードHYDROLASE / carbon-carbon bond hydrolase / Rossmann Fold / alpha/beta hydrolase fold / carbon-carbon bond hydrolysis
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity
類似検索 - 分子機能
Alpha/beta hydrolase family / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-22J / Alpha/beta hydrolase fold
類似検索 - 構成要素
生物種Sphingomonas wittichii RW1 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.17 Å
データ登録者Bhowmik, S. / Bolin, J.T.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2013
タイトル: A substrate-assisted mechanism of nucleophile activation in a ser-his-asp containing C-C bond hydrolase.
著者: Ruzzini, A.C. / Bhowmik, S. / Ghosh, S. / Yam, K.C. / Bolin, J.T. / Eltis, L.D.
履歴
登録2013年7月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年11月6日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MCP Hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,4863
ポリマ－30,2091
非ポリマー2772
水1,26170
1
A: MCP Hydrolase
ヘテロ分子

A: MCP Hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,9716
ポリマ－60,4172
非ポリマー5544
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_555-y,-x,-z+1/61
単位格子
Length a, b, c (Å)66.155, 66.155, 342.180
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 MCP Hydrolase / Alpha/beta hydrolase fold


分子量: 30208.531 Da / 分子数: 1 / 変異: S105A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sphingomonas wittichii RW1 (バクテリア)
株: RW1 / 遺伝子: dxnB2, Swit_3055 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A5VAT9, 2,6-dioxo-6-phenylhexa-3-enoate hydrolase
#2: 化合物 ChemComp-22J / (3E,5R)-5-fluoro-6-(2-fluorophenyl)-2,6-dioxohex-3-enoic acid


分子量: 254.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H8F2O4
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.22 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: grid of sodium malonate (1.5 -2.4 M), pH 6.5/7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
PH範囲: 6.5-7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.166→57.27 Å / Num. all: 24889 / Num. obs: 24875 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.17→57.26 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 5.653 / SU ML: 0.141 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.176 / ESU R Free: 0.175 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY. HETATM MOLECULE 22J WAS REFINED WITH LIMITED AND RELAXED GEOMETRIC RESTRAINTS TO PERMIT COMPARISON TO THE ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY. HETATM MOLECULE 22J WAS REFINED WITH LIMITED AND RELAXED GEOMETRIC RESTRAINTS TO PERMIT COMPARISON TO THE REFINED COORDINATES OF RELATED LIGANDS FROM PRIOR STUDIES. FOR EXAMPLES, SEE PUBLICATIONS CITED BY PDB ENTRIES 2PUJ, 2RHT, AND 2RHW.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2579 1253 5.1 %RANDOM
Rwork0.2039 ---
obs0.2066 24540 98.62 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 89.42 Å2 / Biso mean: 48.4425 Å2 / Biso min: 21.43 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.23 Å20.62 Å20 Å2
2--1.23 Å20 Å2
3----1.85 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.17→57.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2108 0 19 70 2197
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0222176
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021436
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4881.9592948
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8743.0013491
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8845275
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.46723.93694
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.21915344
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.0221511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2322
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0212449
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02440
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.92531367
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.4953563
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.30552189
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.2068809
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.66111760
LS精密化 シェル解像度: 2.167→2.223 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.428 90 -
Rwork0.351 1514 -
all-1604 -
obs-24889 89.76 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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