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- PDB-4lxd: Bcl_2-Navitoclax Analog (without Thiophenyl) Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lxd
タイトルBcl_2-Navitoclax Analog (without Thiophenyl) Complex
要素Apoptosis regulator Bcl-2
キーワードAPOPTOSIS REGULATOR/INHIBITOR / 8 helices / APOPTOSIS REGULATOR-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


channel inhibitor activity / negative regulation of cellular pH reduction / negative regulation of retinal cell programmed cell death / pigment granule organization / CD8-positive, alpha-beta T cell lineage commitment / BAD-BCL-2 complex / positive regulation of skeletal muscle fiber development / regulation of glycoprotein biosynthetic process / positive regulation of melanocyte differentiation / melanin metabolic process ...channel inhibitor activity / negative regulation of cellular pH reduction / negative regulation of retinal cell programmed cell death / pigment granule organization / CD8-positive, alpha-beta T cell lineage commitment / BAD-BCL-2 complex / positive regulation of skeletal muscle fiber development / regulation of glycoprotein biosynthetic process / positive regulation of melanocyte differentiation / melanin metabolic process / myeloid cell apoptotic process / cochlear nucleus development / osteoblast proliferation / mesenchymal cell development / retinal cell programmed cell death / positive regulation of neuron maturation / negative regulation of osteoblast proliferation / gland morphogenesis / renal system process / regulation of cell-matrix adhesion / The NLRP1 inflammasome / dendritic cell apoptotic process / ear development / negative regulation of calcium ion transport into cytosol / stem cell development / lymphoid progenitor cell differentiation / T cell apoptotic process / melanocyte differentiation / negative regulation of myeloid cell apoptotic process / negative regulation of epithelial cell apoptotic process / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / negative regulation of dendritic cell apoptotic process / negative regulation of T cell apoptotic process / B cell apoptotic process / glomerulus development / regulation of nitrogen utilization / positive regulation of multicellular organism growth / metanephros development / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in apoptosis / neuron maturation / focal adhesion assembly / negative regulation of motor neuron apoptotic process / regulation of viral genome replication / oocyte development / endoplasmic reticulum calcium ion homeostasis / regulation of mitochondrial membrane permeability / response to UV-B / calcium ion transport into cytosol / response to iron ion / negative regulation of ossification / motor neuron apoptotic process / negative regulation of mitochondrial depolarization / axon regeneration / epithelial cell apoptotic process / smooth muscle cell migration / NFE2L2 regulating tumorigenic genes / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to oxidative stress / organ growth / negative regulation of B cell apoptotic process / hair follicle morphogenesis / branching involved in ureteric bud morphogenesis / digestive tract morphogenesis / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / B cell lineage commitment / positive regulation of smooth muscle cell migration / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / pore complex / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / T cell homeostasis / BH3 domain binding / B cell homeostasis / humoral immune response / B cell proliferation / negative regulation of apoptotic signaling pathway / negative regulation of anoikis / regulation of calcium ion transport / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / Activation of BAD and translocation to mitochondria / Estrogen-dependent nuclear events downstream of ESR-membrane signaling / hematopoietic stem cell differentiation / behavioral fear response / response to glucocorticoid / cellular response to glucose starvation / ovarian follicle development / skeletal muscle fiber development / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / spleen development / homeostasis of number of cells within a tissue / positive regulation of B cell proliferation / response to cytokine / negative regulation of autophagy / regulation of transmembrane transporter activity / reactive oxygen species metabolic process / axonogenesis / ossification / release of cytochrome c from mitochondria / negative regulation of cell migration / regulation of mitochondrial membrane potential
類似検索 - 分子機能
Apoptosis regulator, Bcl-2 / Apoptosis regulator, Bcl-2/ BclX / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH4 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2 protein, BH4 / Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif profile. / BH4 Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. ...Apoptosis regulator, Bcl-2 / Apoptosis regulator, Bcl-2/ BclX / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH4 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2 protein, BH4 / Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif profile. / BH4 Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl2-like / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Bcl-2-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1XV / Apoptosis regulator Bcl-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Park, C.H.
引用ジャーナル: NAT.MED. (N.Y.) / 年: 2013
タイトル: ABT-199, a potent and selective BCL-2 inhibitor, achieves antitumor activity while sparing platelets.
著者: Souers, A.J. / Leverson, J.D. / Boghaert, E.R. / Ackler, S.L. / Catron, N.D. / Chen, J. / Dayton, B.D. / Ding, H. / Enschede, S.H. / Fairbrother, W.J. / Huang, D.C. / Hymowitz, S.G. / Jin, S. ...著者: Souers, A.J. / Leverson, J.D. / Boghaert, E.R. / Ackler, S.L. / Catron, N.D. / Chen, J. / Dayton, B.D. / Ding, H. / Enschede, S.H. / Fairbrother, W.J. / Huang, D.C. / Hymowitz, S.G. / Jin, S. / Khaw, S.L. / Kovar, P.J. / Lam, L.T. / Lee, J. / Maecker, H.L. / Marsh, K.C. / Mason, K.D. / Mitten, M.J. / Nimmer, P.M. / Oleksijew, A. / Park, C.H. / Park, C.M. / Phillips, D.C. / Roberts, A.W. / Sampath, D. / Seymour, J.F. / Smith, M.L. / Sullivan, G.M. / Tahir, S.K. / Tse, C. / Wendt, M.D. / Xiao, Y. / Xue, J.C. / Zhang, H. / Humerickhouse, R.A. / Rosenberg, S.H. / Elmore, S.W.
履歴
登録2013年7月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月2日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Apoptosis regulator Bcl-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,0802
ポリマ－19,3841
非ポリマー6961
水4,161231
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.515, 86.515, 62.425
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 Apoptosis regulator Bcl-2


分子量: 19383.594 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 1-34, 92-207 / 変異: A2P / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BCL2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P10415
#2: 化合物 ChemComp-1XV / 4-(4-{[4-(4-chlorophenyl)-5,6-dihydro-2H-pyran-3-yl]methyl}piperazin-1-yl)-N-{[3-nitro-4-(tetrahydro-2H-pyran-4-ylamino)phenyl]sulfonyl}benzamide


分子量: 696.213 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H38ClN5O7S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 231 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.65 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: 1.5 M (NH4)2SO4, 0.1 M MES, 8%(V/V) PEG400, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 296K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年8月6日
放射モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→37.46 Å / Num. all: 21056 / Num. obs: 20997 / % possible obs: 99.72 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 24.93 Å2
反射 シェル解像度: 1.9→1.99 Å / Num. unique all: 2705 / % possible all: 99.72

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
AMoRE位相決定
BUSTER2.11.2精密化
DENZOデータ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→37.46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9434 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9354 / SU R Cruickshank DPI: 0.106 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2124 1077 5.13 %RANDOM
Rwork0.18 ---
obs0.1816 20997 99.72 %-
all-21056 --
原子変位パラメータBiso mean: 28.37 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.2359 Å20 Å20 Å2
2---1.2359 Å20 Å2
3---2.4719 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.185 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→37.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1188 0 48 231 1467
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d0.011275HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg0.931726HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d2.97433SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d18.230HARMONIC2
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.99 Å / Total num. of bins used: 11
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2344 154 5.69 %
Rwork0.197 2551 -
all0.1991 2705 -
obs--99.72 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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