PDB-4lww: Discovery of Potent and Efficacious Cyanoguanidine-containing Nic...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4lww

タイトル

Discovery of Potent and Efficacious Cyanoguanidine-containing Nicotinamide Phosphoribosyltransferase (Nampt) Inhibitors

要素

Nicotinamide phosphoribosyltransferase

キーワード

TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / Transferase / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

nicotinamide phosphoribosyltransferase / nicotinamide phosphoribosyltransferase activity / : / Nicotinamide salvage / NAD+ biosynthetic process / NPAS4 regulates expression of target genes / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian expression / cytokine activity / circadian regulation of gene expression / cell junction ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.641 Å

データ登録者

Zheng, X. / Baumeister, T. / Buckmelter, A.J. / Caligiuri, M. / Clodfelter, K.H. / Han, B. / Ho, Y. / Kley, N. / Lin, J. / Reynoids, D.J. ...

引用

ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2014
タイトル: Discovery of potent and efficacious cyanoguanidine-containing nicotinamide phosphoribosyltransferase (Nampt) inhibitors.
著者: Zheng, X. / Baumeister, T. / Buckmelter, A.J. / Caligiuri, M. / Clodfelter, K.H. / Han, B. / Ho, Y.C. / Kley, N. / Lin, J. / Reynolds, D.J. / Sharma, G. / Smith, C.C. / Wang, Z. / Dragovich, ...

履歴

登録	2013年7月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年12月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年1月15日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4lww.cif.gz	429 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4lww.ent.gz	349.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4lww.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lw/4lww ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lw/4lww	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4ltsC 3dhfS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5u2m-d 2e5d-d 6atb-2 4lvf-d 4n9d-d 3dkj-d 4o1b-d 4m6q-d 4jr5-d 6tac-d 5upe-d 4lvd-d 6e68-d 3dhd-d 3g8e-d 4o13-d 6b76-1 4kfp-d 4o16-1 2h3b-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Nicotinamide phosphoribosyltransferase

B: Nicotinamide phosphoribosyltransferase

ヘテロ分子

116 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.426, 106.287, 83.049
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 96.45, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Nicotinamide phosphoribosyltransferase / NAmPRTase / Nampt / Pre-B-cell colony-enhancing factor 1 / Pre-B cell-enhancing factor / Visfatin 分子量: 56942.375 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NAMPT, PBEF, PBEF1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P43490, nicotinamide phosphoribosyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-LWW / N-(4-(phenylsulfonyl)benzyl)-1H-pyrrolo[3,2-c]pyridine-2-carboxamide 分子量: 391.443 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₁₇N₃O₃S
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1112 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.14 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.6 詳細: 0.2uL + 0.2uL drops containing 6mg/mL Nampt, 0.1M Sodium phosphate, 25-29% polyethylene glycol 3350, 0.2M NaCl, 1mM compound, pH 8.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 93 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2013年5月30日
放射	モノクロメーター: Double Crystal Monochromator (ACCEL DCM) with an indirectly cryo-cooled first crystal and sagittally focusing second crystal プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.64→50 Å / Num. all: 126639 / Num. obs: 125879 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / B_iso Wilson estimate: 15.97 Å²
反射シェル	解像度: 1.64→1.7 Å / % possible all: 98.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.2_1309)	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3DHF

3dhf

解像度: 1.641→46.254 Å / SU ML: 0.16 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.54 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1794	6318	5.02 %	5% random
R_work	0.1537	-	-	-
all	0.1794	126639	-	-
obs	0.155	125827	99.09 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.641→46.254 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7533	0	152	1112	8797

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	7903
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.07	10681
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.7	2906
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.072	1154
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1355

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6412-1.6599	0.269	188	0.2406	3625	X-RAY DIFFRACTION	91
1.6599-1.6794	0.2681	212	0.2257	4005	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6794-1.6999	0.2583	201	0.2083	3894	X-RAY DIFFRACTION	98
1.6999-1.7214	0.2521	218	0.1998	3956	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7214-1.7441	0.2437	201	0.1928	3957	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7441-1.768	0.2264	217	0.1843	3982	X-RAY DIFFRACTION	99
1.768-1.7932	0.2073	221	0.1821	3926	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7932-1.82	0.2327	190	0.1789	3979	X-RAY DIFFRACTION	99
1.82-1.8484	0.2322	216	0.1756	3956	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8484-1.8787	0.2221	213	0.1735	3966	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8787-1.9111	0.2002	215	0.1656	3954	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9111-1.9459	0.1946	206	0.1561	4006	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9459-1.9833	0.1925	174	0.1564	3993	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9833-2.0238	0.1818	215	0.1511	3989	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0238-2.0678	0.1641	195	0.1587	4004	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0678-2.1159	0.1946	201	0.1585	3990	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1159-2.1688	0.1927	254	0.1534	3969	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1688-2.2275	0.1829	221	0.1514	3999	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2275-2.293	0.165	230	0.1441	3957	X-RAY DIFFRACTION	100
2.293-2.367	0.1747	206	0.1519	4027	X-RAY DIFFRACTION	100
2.367-2.4516	0.1783	206	0.1447	4016	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4516-2.5498	0.1774	229	0.1472	3983	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5498-2.6658	0.1768	215	0.15	4034	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6658-2.8063	0.1832	200	0.156	4030	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8063-2.9821	0.1909	242	0.1641	4002	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9821-3.2123	0.1789	201	0.1492	4051	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2123-3.5355	0.1676	201	0.1473	4034	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5355-4.0468	0.1441	217	0.1292	4053	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0468-5.0975	0.1396	189	0.1236	4078	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0975-46.2723	0.1517	224	0.1595	4094	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 13.4314 Å / Origin y: 1.1559 Å / Origin z: 22.6843 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0673 Å²	-0.0026 Å²	-0.0015 Å²	-	0.0695 Å²	-0.0042 Å²	-	-	0.0686 Å²
L	0.1181 °²	0.0226 °²	-0.0223 °²	-	0.2344 °²	-0.0694 °²	-	-	0.229 °²
S	0.0135 Å °	-0.0063 Å °	0.0013 Å °	-0.0259 Å °	0.0033 Å °	-0.0166 Å °	0.0031 Å °	0.0256 Å °	0.0402 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: chain A or chain B

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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