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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4lwu | ||||||
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タイトル | The 1.14A Crystal Structure of Humanized Xenopus MDM2 with RO5499252 | ||||||
要素 | E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2 | ||||||
キーワード | Ligase/Ligase inhibitor / MDM2 (Mdm2) / Spiroindolinone / E3 Ubiquitin Ligase (ユビキチンリガーゼ) / p53 (P53遺伝子) / Nucleus (Nucleus) / Ligase-Ligase inhibitor complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of biological quality / RING-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin protein ligase activity / p53 binding / 遺伝子発現の調節 / protein ubiquitination / regulation of cell cycle / 細胞周期 / apoptotic process / 核小体 ...regulation of biological quality / RING-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin protein ligase activity / p53 binding / 遺伝子発現の調節 / protein ubiquitination / regulation of cell cycle / 細胞周期 / apoptotic process / 核小体 / negative regulation of apoptotic process / 核質 / identical protein binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Xenopus laevis (アフリカツメガエル) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.14 Å | ||||||
データ登録者 | Graves, B.J. / Lukacs, C. / Janson, C.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 2014 タイトル: Discovery of potent and selective spiroindolinone MDM2 inhibitor, RO8994, for cancer therapy. 著者: Zhang, Z. / Ding, Q. / Liu, J.J. / Zhang, J. / Jiang, N. / Chu, X.J. / Bartkovitz, D. / Luk, K.C. / Janson, C. / Tovar, C. / Filipovic, Z.M. / Higgins, B. / Glenn, K. / Packman, K. / Vassilev, L.T. / Graves, B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4lwu.cif.gz | 34.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4lwu.ent.gz | 22.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4lwu.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lw/4lwu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lw/4lwu | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9831.419 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal Domain (UNP Residues 21-105) / 変異: I50L, P92H, L95I / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 遺伝子: mdm2 / プラスミド: PUBS 520 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 参照: UniProt: P56273, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ(ペプチド合成) |
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#2: 化合物 | ChemComp-20U / ( |
#3: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.37 % |
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結晶化 | 温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 40-50% Saturated Ammonium Sulfate, 0.1M MES, pH 6.5, 5% PEG200, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.99998 Å |
検出器 | タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年11月13日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.99998 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.14→40.55 Å / Num. all: 29503 / Num. obs: 29503 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 7.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 15.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.14→1.2 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.347 / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / Num. unique all: 4037 / % possible all: 95 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.14→39.17 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 889077.52 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 37.5613 Å2 / ksol: 0.365742 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 14.3 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.14→39.17 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.14→1.2 Å / Rfactor Rfree error: 0.023 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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