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- PDB-4lws: EsxA : EsxB (SeMet) hetero-dimer from Thermomonospora curvata -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lws
タイトルEsxA : EsxB (SeMet) hetero-dimer from Thermomonospora curvata
要素(Uncharacterized protein) x 2
キーワードUNKNOWN FUNCTION / ESX Secretion / Signal Sequence / Type VII Secretion
機能・相同性
機能・相同性情報


extracellular region
類似検索 - 分子機能
ESAT-6-like superfamily / Type VII secretion system ESAT-6-like / Proteins of 100 residues with WXG / ESAT-6-like / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / ESAT-6-like protein / ESAT-6-like protein EsxA
類似検索 - 構成要素
生物種Thermomonospora curvata (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Dovala, D.L. / Cox, J.S. / Stroud, R.M. / Rosenberg, O.S.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2015
タイトル: Substrates Control Multimerization and Activation of the Multi-Domain ATPase Motor of Type VII Secretion.
著者: Rosenberg, O.S. / Dovala, D. / Li, X. / Connolly, L. / Bendebury, A. / Finer-Moore, J. / Holton, J. / Cheng, Y. / Stroud, R.M. / Cox, J.S.
履歴
登録2013年7月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年2月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月11日Group: Structure summary
改定 1.22016年9月21日Group: Database references
改定 1.32024年11月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Uncharacterized protein
A: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,59817
ポリマ－26,5142
非ポリマー1,08415
水2,144119
1
B: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,07211
ポリマ－11,4151
非ポリマー65710
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,5266
ポリマ－15,0991
非ポリマー4275
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5610 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area11720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.253, 69.805, 128.406
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-222-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein


分子量: 11415.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermomonospora curvata (バクテリア)
株: ATCC 19995 / DSM 43183 / JCM 3096 / NCIMB 10081 / 遺伝子: Tcur_0611 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D1A4H1
#2: タンパク質 Uncharacterized protein


分子量: 15098.738 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermomonospora curvata (バクテリア)
株: ATCC 19995 / DSM 43183 / JCM 3096 / NCIMB 10081 / 遺伝子: Tcur_0610 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D1A4H0
#3: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 119 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.26 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 70mM sodium acetate pH 4.6 5.6% (w/v) PEG 4000 30% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9797 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年3月25日 / 詳細: K-B focusing mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9797 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.77528→36.1826 Å / Num. obs: 47222 / % possible obs: 96.6753 %
反射 シェル解像度: 1.755→1.818 Å / % possible all: 75.65

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解析

ソフトウェア
名称分類
Blu-Iceデータ収集
SHELXS位相決定
PHENIX精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→30.66 Å / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.2384 1617 Random
Rwork0.19 --
obs-32602 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→30.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1402 0 72 119 1593
LS精密化 シェル解像度: 2→2.0589 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3634 186 -
Rwork0.2921 --
obs-2561 100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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