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万見
- PDB-4lwm: Crystal structure of methionine sulfoxide reductase U16C/E55D fro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lwm
タイトルCrystal structure of methionine sulfoxide reductase U16C/E55D from clostridium oremlandii with methionie sulfoxide
要素Peptide methionine sulfoxide reductase MsrA
キーワードOXIDOREDUCTASE / ALPHA/BETA FOLD / PEPTIDE-METHIONINE (S)-S-OXIDE REDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


L-methionine:thioredoxin-disulfide S-oxidoreductase activity / peptide-methionine (S)-S-oxide reductase / peptide-methionine (S)-S-oxide reductase activity / protein modification process
類似検索 - 分子機能
: / Selenoprotein methionine sulfoxide reductase A, helical domain / Peptide Methionine Sulfoxide Reductase; Chain A / Peptide methionine sulphoxide reductase MsrA / Peptide methionine sulphoxide reductase MsrA domain / Peptide methionine sulphoxide reductase MsrA superfamily / Peptide methionine sulfoxide reductase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / S-OXYMETHIONINE / Peptide methionine sulfoxide reductase MsrA
類似検索 - 構成要素
生物種Alkaliphilus oremlandii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.804 Å
データ登録者Hwang, K.Y. / Lee, E.H.
引用ジャーナル: Arch.Biochem.Biophys. / 年: 2014
タイトル: Structural analysis of 1-Cys type selenoprotein methionine sulfoxide reductase A
著者: Lee, E.H. / Kwak, G.H. / Kim, M.J. / Kim, H.Y. / Hwang, K.Y.
履歴
登録2013年7月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年6月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 2.02019年8月7日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity / struct_ref_seq_dif
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight ..._chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_mutation / _struct_ref_seq_dif.db_mon_id
改定 2.12023年11月8日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptide methionine sulfoxide reductase MsrA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,0113
ポリマ－24,7871
非ポリマー2242
水2,828157
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.849, 80.849, 66.921
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-516-

HOH

21A-556-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Peptide methionine sulfoxide reductase MsrA / Protein-methionine-S-oxide reductase / Peptide-methionine (S)-S-oxide reductase


分子量: 24786.729 Da / 分子数: 1 / 変異: (SEC)16C,E55D / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Alkaliphilus oremlandii (バクテリア)
株: OhILAs / 遺伝子: msrA / プラスミド: PET21B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) STAR
参照: UniProt: A8MI53, peptide-methionine (S)-S-oxide reductase
#2: 化合物 ChemComp-MHO / S-OXYMETHIONINE


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 165.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H11NO3S
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 157 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.71 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M MES, 30%(V/V) PEG 5000, 0.2M AMMONIUM SULFATE, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 6C1 / 波長: 1.23985
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月30日 / 詳細: SI(111)
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.23985 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→30 Å / Num. obs: 22944 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 18.4 Å2
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å / % possible all: 91.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOLREP位相決定
PHENIX1.8.1_1168精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4LWJ

4lwj


解像度: 1.804→26.464 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.8698 / SU ML: 0.24 / σ(F): 0.37 / 位相誤差: 20.64 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2234 1184 5.18 %
Rwork0.1791 21693 -
obs0.1814 22877 96.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 69.71 Å2 / Biso mean: 17.1956 Å2 / Biso min: 2.42 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.804→26.464 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1639 0 14 157 1810
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0151686
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4872282
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.112247
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007294
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.659611
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.804-1.8860.3571520.2972492264492
1.886-1.98550.28841400.26232621276195
1.9855-2.10980.261600.20662642280296
2.1098-2.27260.19791290.16642718284797
2.2726-2.50120.22611660.15782724289098
2.5012-2.86270.21121500.15342752290299
2.8627-3.60530.20271430.16352817296099
3.6053-26.46690.19221440.16542927307199

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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