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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4lvv | |||||||||
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タイトル | Structure of the THF riboswitch | |||||||||
要素 | THF riboswitch | |||||||||
キーワード | RNA / Aptamers / Nucleotide / Bacterial Proteins / Base Sequence / Binding Sites / Calorimetry / Folic Acid / Gene Expression Regulation / Bacterial / Guanine / Leucovorin / Ligands / Magnesium / Molecular Sequence Data / Nucleic Acid Conformation / Point Mutation / Protein Binding / S-Adenosylmethionine / Streptococcus mutans / Terminator Regions / Genetic / Tetrahydrofolates / Thermodynamics / Transcription / three-way junction / pseudoknot / regulation / ncRNA / THF binding / mRNA | |||||||||
機能・相同性 | Chem-FFO / RNA / RNA (> 10) 機能・相同性情報 | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Trausch, J.J. / Batey, R.T. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2014 タイトル: A Disconnect between High-Affinity Binding and Efficient Regulation by Antifolates and Purines in the Tetrahydrofolate Riboswitch. 著者: Trausch, J.J. / Batey, R.T. #1: ジャーナル: Structure / 年: 2011 タイトル: The structure of a tetrahydrofolate-sensing riboswitch reveals two ligand binding sites in a single aptamer. 著者: Trausch, J.J. / Ceres, P. / Reyes, F.E. / Batey, R.T. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4lvv.cif.gz | 61.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4lvv.ent.gz | 44.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4lvv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4lvv_validation.pdf.gz | 860.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4lvv_full_validation.pdf.gz | 862.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4lvv_validation.xml.gz | 6.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4lvv_validation.cif.gz | 8.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lv/4lvv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lv/4lvv | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 28849.145 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: T7 in vitro transcribed | ||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.68 % |
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結晶化 | 温度: 303 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 2,4-methyl-pentanediol, spermine, sodium cacodylate, sodium chloride, dithiothreitol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 303K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1.1051 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年1月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1051 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→52.23 Å / Num. all: 17948 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 3.2 / Observed criterion σ(I): 3.2 / 冗長度: 3.8 % |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.282 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Rsym value: 0.17 / % possible all: 98 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→33.705 Å / SU ML: 0.24 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.91 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→33.705 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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