[日本語] English
万見
- PDB-4luq: Crystal structure of virulence effector Tse3 in complex with neut... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4luq
タイトルCrystal structure of virulence effector Tse3 in complex with neutralizer Tsi3
要素(Uncharacterized protein) x 2
キーワードPROTEIN BINDING/TOXIN INHIBITOR / goose type lysozyme / catalytic domain / ARM / HEAT like motif / muramidase / Tsi3 / PROTEIN BINDING-TOXIN INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell membrane / lysozyme / lysozyme activity / extracellular region / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Jelly Rolls - #1690 / : / : / T6SS, Peptidoglycan muramidase Tse3, catalytic domain / T6SS, Peptidoglycan muramidase Tse3, N-terminal domain / : / : / Type six secretion immunity 3 domain / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Jelly Rolls ...Jelly Rolls - #1690 / : / : / T6SS, Peptidoglycan muramidase Tse3, catalytic domain / T6SS, Peptidoglycan muramidase Tse3, N-terminal domain / : / : / Type six secretion immunity 3 domain / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Immune protein Tsi3 / Peptidoglycan muramidase Tse3
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.77 Å
データ登録者Wang, T. / Li, L. / Zhang, W.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Structural Insights on the Bacteriolytic and Self-protection Mechanism of Muramidase Effector Tse3 in Pseudomonas aeruginosa
著者: Li, L. / Zhang, W. / Liu, Q. / Gao, Y. / Gao, Y. / Wang, Y. / Wang, D.Z. / Li, Z. / Wang, T.
履歴
登録2013年7月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年11月6日Group: Database references
改定 1.22018年7月25日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.source
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein
B: Uncharacterized protein
C: Uncharacterized protein
D: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,36610
ポリマ－125,1264
非ポリマー2406
水13,781765
1
A: Uncharacterized protein
C: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,6835
ポリマ－62,5632
非ポリマー1203
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Uncharacterized protein
D: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,6835
ポリマ－62,5632
非ポリマー1203
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Uncharacterized protein
ヘテロ分子

C: Uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,6835
ポリマ－62,5632
非ポリマー1203
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_655x+1,y,z1
Buried area2090 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area22900 Å2
手法PISA
4
B: Uncharacterized protein
ヘテロ分子

D: Uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,6835
ポリマ－62,5632
非ポリマー1203
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_655x+1,y,z1
Buried area2110 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area23260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.333, 81.288, 111.414
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.64, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(0.990719, -0.011264, 0.135459), (-0.011884, -0.999922, 0.003763), (0.135407, -0.005338, -0.990776)3.56977, 5.92802, -55.5136

-
要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein / virulence effector Tse3


分子量: 46607.426 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: PAO1 / 遺伝子: PA3484 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: Q9HYC5
#2: タンパク質 Uncharacterized protein / antitoxin Tsi3


分子量: 15955.582 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 23-145 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: PAO1 / 遺伝子: PA3485 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: Q9HYC4
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 765 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.47 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.2
詳細: 100mM HEPES, 2M NH4COOH, 50uM CaCl2, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, temperature 289K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長 (Å)
回転陽極RIGAKU MICROMAX-002+11.5418
シンクロトロンSSRF BL17U20.9791
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 315r1CCD2012年10月10日
RIGAKU SATURN 944+2CCD2012年10月30日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si111SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2sealed tube with micro focusSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.54181
20.97911
反射解像度: 1.77→50 Å / Num. all: 109985 / Num. obs: 109546 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 17.95 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rsym value: 0.053 / Net I/σ(I): 25.44
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.77-1.83.70.2536.881,299.7
1.8-1.833.70.228.271,2100
3.81-4.83.40.0421061,298
4.8-503.60.038101.21,296.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHENIXモデル構築
REFMAC5.7.0029精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.77→40.52 Å
Rfactor反射数
Rfree0.188 5484
Rwork0.139 -
all-104041
obs-101612
原子変位パラメータBiso mean: 25.53 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.03 Å20 Å20.16 Å2
2---0.55 Å20 Å2
3----0.49 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.77→40.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8226 0 6 765 8997
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0198407
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.027961
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8891.96311441
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.943318259
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9751063
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.64923.41393
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.048151323
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.2951582
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1210.21257
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0219721
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021963
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr7.127316368
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free18.7365266
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded7.18516692
LS精密化 シェル解像度: 1.767→1.813 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.198 427 -
Rwork0.133 7316 -
obs--94.79 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4589-0.6747-0.62121.24040.66071.48290.0356-0.01670.03810.034-0.06190.0811-0.0059-0.14150.02630.0167-0.0198-0.00050.04090.00060.015-0.083910.9017-43.1553
21.21980.60740.60131.29020.72521.68020.02550.0266-0.01460.0233-0.06170.08520.0776-0.13510.03620.07120.02340.00680.0349-0.00210.0114-2.0055-4.9977-12.722
35.3141.0953-1.18561.216-0.881.4639-0.08680.3658-0.0945-0.0926-0.0531-0.3461-0.04670.41540.13990.0676-0.05720.02110.27610.00490.1425-27.880111.9761-60.1182
45.0089-0.99751.98932.7962-1.21162.2355-0.1092-0.2967-0.05470.3838-0.1158-0.8791-0.08850.4320.2250.19660.0185-0.13280.2670.05310.3074-31.6051-5.86198.0013
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 408
2X-RAY DIFFRACTION2B0 - 408
3X-RAY DIFFRACTION3C23 - 145
4X-RAY DIFFRACTION4D20 - 145

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る