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万見
- PDB-4lun: Structure of the N-terminal mIF4G domain from S. cerevisiae Upf2,... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lun
タイトルStructure of the N-terminal mIF4G domain from S. cerevisiae Upf2, a protein involved in the degradation of mRNAs containing premature stop codons
要素Nonsense-mediated mRNA decay protein 2
キーワードRNA BINDING PROTEIN / HEAT-repeat / mRNA decay
機能・相同性
機能・相同性情報


: / exon-exon junction complex / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, 3'-5' exonucleolytic nonsense-mediated decay / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / DNA recombination / RNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Up-frameshift suppressor 2, C-terminal / Nonsense-mediated mRNA decay protein Nmd2/UPF2 / Up-frameshift suppressor 2 / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #180 / MIF4G domain / Middle domain of eukaryotic initiation factor 4G (eIF4G) / MIF4G-like, type 3 / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe ...: / Up-frameshift suppressor 2, C-terminal / Nonsense-mediated mRNA decay protein Nmd2/UPF2 / Up-frameshift suppressor 2 / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #180 / MIF4G domain / Middle domain of eukaryotic initiation factor 4G (eIF4G) / MIF4G-like, type 3 / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Nonsense-mediated mRNA decay protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 1.641 Å
データ登録者Fourati, Z. / Roy, B. / Millan, C. / Courreux, P.D. / Kervestin, S. / van Tilbeurgh, H. / He, F. / Uson, I. / Jacobson, A. / Graille, M.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2014
タイトル: A highly conserved region essential for NMD in the Upf2 N-terminal domain.
著者: Fourati, Z. / Roy, B. / Millan, C. / Coureux, P.D. / Kervestin, S. / van Tilbeurgh, H. / He, F. / Uson, I. / Jacobson, A. / Graille, M.
履歴
登録2013年7月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月27日Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.22021年5月5日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
U: Nonsense-mediated mRNA decay protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,6742
ポリマ－36,6381
非ポリマー351
水2,972165
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.813, 50.927, 71.993
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.96, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Nonsense-mediated mRNA decay protein 2 / Up-frameshift suppressor 2


分子量: 36638.141 Da / 分子数: 1 / 断片: Upf2 domain, UNP residues 1-310 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: S288C / 遺伝子: IFS1, NMD2, SUA1, UPF2, YHR077C / プラスミド: pMG567 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 codon+ / 参照: UniProt: P38798
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 165 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
12.0640.31
2
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法pH詳細
2911蒸気拡散法, シッティングドロップ法8.5100mM Tris-HCl pH 8.5 and 30% PEG 400, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K
2912蒸気拡散法, シッティングドロップ法9100mM NaCl, 100 mM Bicine pH9 and 30% PEG MME 550, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年7月12日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.64→50 Å / Num. all: 36645 / Num. obs: 36059 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3 % / Rsym value: 0.052 / Net I/σ(I): 14.6
反射 シェル解像度: 1.64→1.74 Å / 冗長度: 3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Rsym value: 0.626 / % possible all: 95.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Arcimboldo位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.2_869)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 1.641→41.183 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.01 / 位相誤差: 23.81 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2297 1803 5 %RANDOM
Rwork0.1909 ---
all0.23 36645 --
obs0.1929 36056 98.47 %-
溶媒の処理減衰半径: 1.11 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 33.748 Å2 / ksol: 0.34 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.6915 Å20 Å2-1.2267 Å2
2--8.8125 Å2-0 Å2
3----4.1211 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.641→41.183 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2544 0 1 165 2710
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062622
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9933530
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.9841003
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071394
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003452
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6414-1.68580.3281290.28622463X-RAY DIFFRACTION92
1.6858-1.73540.31331390.27192631X-RAY DIFFRACTION99
1.7354-1.79140.3491370.23932617X-RAY DIFFRACTION99
1.7914-1.85540.24941400.21942642X-RAY DIFFRACTION100
1.8554-1.92970.27981390.19742658X-RAY DIFFRACTION99
1.9297-2.01750.24291410.19622663X-RAY DIFFRACTION100
2.0175-2.12390.23681390.1892658X-RAY DIFFRACTION99
2.1239-2.25690.21071390.17932641X-RAY DIFFRACTION99
2.2569-2.43120.20871400.18242645X-RAY DIFFRACTION99
2.4312-2.67580.25011390.19182656X-RAY DIFFRACTION99
2.6758-3.06290.23591400.20292643X-RAY DIFFRACTION98
3.0629-3.85850.22351400.18312659X-RAY DIFFRACTION98
3.8585-41.19640.19381410.16922677X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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