PDB-4lu9: Crystal structure of E.coli SbcD at 2.5 angstrom resolution

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4lu9

タイトル

Crystal structure of E.coli SbcD at 2.5 angstrom resolution

要素

Exonuclease subunit SbcD

キーワード

HYDROLASE / meiotic recombination 11 homolog / double-strand break repair protein / nuclease / endonuclease / exonuclease

機能・相同性

Double Stranded RNA Binding Domain - #720 / Metallo-dependent phosphatases / Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2 / Double Stranded RNA Binding Domain / 4-Layer Sandwich / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / :

機能・相同性情報

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Liu, S. / Tian, L.F. / Yan, X.X. / Liang, D.C.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: Structural basis for DNA recognition and nuclease processing by the Mre11 homologue SbcD in double-strand breaks repair.
著者: Liu, S. / Tian, L.F. / Liu, Y.P. / An, X.M. / Tang, Q. / Yan, X.X. / Liang, D.C.

履歴

登録	2013年7月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2014年8月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4lu9.cif.gz	532.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4lu9.ent.gz	442.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4lu9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lu/4lu9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lu/4lu9	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4ltyC 4m0vC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4m0v-4 4lty-2 4lty-3 3hun-2 6dz8-2 4m0v-3 5tx9-1 4m0v-2 5tw4-2 5txi-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

C: Exonuclease subunit SbcD

B: Exonuclease subunit SbcD

A: Exonuclease subunit SbcD

D: Exonuclease subunit SbcD

ヘテロ分子

158 kDa, 4 ポリマー
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1

C: Exonuclease subunit SbcD

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
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2

B: Exonuclease subunit SbcD

ヘテロ分子

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3

A: Exonuclease subunit SbcD

ヘテロ分子

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4

D: Exonuclease subunit SbcD

ヘテロ分子

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単位格子

Length a, b, c (Å)	61.356, 69.109, 94.233
Angle α, β, γ (deg.)	72.35, 84.24, 83.56
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Exonuclease subunit SbcD / Nuclease SbcCD / D subunit 分子量: 39467.609 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP RESIDUES 1-340 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: ATCC 55124 / KO11 / 遺伝子: sbcD, EKO11_3451, KO11_21615 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E8Y9D8
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 583 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.55 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97916 Å
検出器	日付: 2012年12月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97916 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→20 Å / Num. obs: 49722

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0110	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.5→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.909 / SU B: 20.91 / SU ML: 0.208 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.816 / ESU R Free: 0.289 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23463	2467	5 %	RANDOM
R_work	0.17553	-	-	-
obs	0.17849	47160	98.3 %	-
all	-	49722	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.376 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.93 Å²	-0.94 Å²	2.1 Å²
2-	-	-2.01 Å²	0.84 Å²
3-	-	-	-1.64 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10332	0	24	583	10939

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.021	10571
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.252	1.95	14427
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.111	5	1349
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	41.781	24.04	448
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.079	15	1575
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.444	15	55
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.079	0.2	1670
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	8080
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.408	1.5	6791
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.772	2	10908
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.115	3	3780
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.856	4.5	3519

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.564 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.306	179	-
R_work	0.228	3474	-
obs	-	-	97.94 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.2499	2.8651	2.6837	5.7847	5.5946	6.3509	0.2129	-0.8087	-0.8019	1.13	-0.1481	-0.7999	0.9551	0.0003	-0.0648	0.5021	0.2031	-0.0158	0.727	0.3666	0.7915	31.425	48.188	58.545
2	1.0406	0.1778	-0.2131	1.7194	-0.1509	2.4002	0.0272	-0.014	0.0226	0.0343	-0.0702	-0.2839	0.001	0.2952	0.043	0.0499	0.0028	0.0083	0.0669	0.0069	0.0557	17.115	67.676	61.736
3	3.9614	-1.329	-1.1939	6.0777	0.4608	0.7686	0.2562	0.44	-0.1111	-0.3404	-0.242	0.0686	0.1762	0.1275	-0.0141	0.291	0.1087	0.0156	0.2948	-0.0737	0.1212	32.484	65.567	63.231
4	6.9852	-1.1366	0.3656	3.9357	-1.1914	10.3372	0.0771	-0.0392	-0.1755	-0.3538	0.0733	0.6305	0.0792	-0.55	-0.1504	0.1135	-0.0903	0.0025	0.3018	-0.0055	0.186	40.595	82.029	53.607
5	3.0516	-0.3136	0.1779	4.1724	-0.7712	3.2197	0.0498	0.0444	0.0892	-0.1264	0.1173	0.3762	-0.1432	-0.2066	-0.167	0.1283	0.0103	0.0501	0.17	-0.0213	0.0865	34.328	70.111	51.81
6	6.1061	0.1491	-3.9746	1.7883	-2.1287	9.164	0.2876	-0.2126	0.7223	0.4779	-0.1462	0.2142	-0.85	0.0665	-0.1414	0.1588	-0.0132	0.0761	0.1132	-0.0354	0.1969	25.786	68.821	45.479
7	0.9803	0.8915	-0.5874	1.4615	-1.1264	1.0022	0.1635	-0.1406	0.2506	0.4936	-0.0908	0.0576	-0.5025	0.0908	-0.0727	0.2826	-0.0328	0.0163	0.1357	-0.0428	0.1647	21.225	63.992	47.031
8	2.024	-0.3134	-0.0298	0.3083	0.4033	1.1493	0.0546	0.0227	0.1428	0.0187	0.0458	-0.1524	-0.1628	0.0689	-0.1004	0.2474	-0.0491	0.0182	0.2023	-0.0694	0.1235	17.096	60.475	46.527
9	5.3984	-13.7832	-4.8966	43.4292	1.2198	22.8018	0.0258	0.1432	-0.4802	-0.1107	0.0805	1.0257	0.2174	-0.8932	-0.1063	0.5332	-0.2031	0.0717	0.367	-0.0718	0.3132	-3.311	75.822	29.553
10	9.8216	-3.8878	4.1894	2.8503	-3.0929	7.2614	-0.2524	-0.8836	0.727	0.6701	0.0137	-0.7159	-0.5868	0.6204	0.2387	0.5596	-0.1735	-0.0123	0.2851	-0.0939	0.419	-2.576	73.809	38.259
11	1.2151	2.1145	0.773	13.6924	-0.3393	19.3145	-0.2726	-0.3558	0.8296	0.3693	0.0458	0.1256	-0.9996	-0.2802	0.2268	0.6034	-0.0788	-0.1013	0.3895	-0.3159	0.8052	-7.392	82.787	36.977
12	1.8277	3.5692	0.6078	8.5651	1.4327	2.1646	0.1276	-0.2453	-0.0177	0.3693	-0.0833	-0.8252	-0.3388	0.7054	-0.0444	0.5879	-0.133	0.0678	0.4355	-0.1455	0.4454	-5.372	75.075	42.067
13	2.2026	0.0138	-0.5652	7.5509	3.5889	4.4807	-0.0394	-0.0503	0.0523	-0.2435	-0.2437	0.4379	-0.1721	-0.2747	0.2832	0.0113	0.0235	-0.0096	0.1196	0.0519	0.0832	33.8026	74.3927	114.6078
14	0.3635	-0.2868	-0.1767	1.8201	0.1053	2.2221	0.037	0.0078	-0.1089	-0.0704	0.0209	0.2362	0.158	-0.2885	-0.0579	0.0495	-0.0135	0.0008	0.0827	0.0108	0.0753	30.311	68.2442	119.9318
15	3.4807	1.7501	-0.1948	3.6937	0.3656	0.2951	0.1837	-0.3587	-0.2813	0.2628	-0.2257	-0.0662	0.1734	-0.138	0.042	0.249	-0.0474	0.0637	0.2117	0.0535	0.1999	39.1154	57.4705	114.6328
16	7.5562	1.1409	-1.9386	5.9995	-0.0857	9.2767	0.1372	0.0602	-0.5479	0.1628	0.0543	-0.5549	0.3489	0.4702	-0.1915	0.2173	0.1506	0.087	0.209	0.1216	0.2511	58.577	59.537	120.415
17	8.5659	2.1457	3.2571	1.2883	1.6685	5.6833	0.0878	0.2509	-1.2699	-0.1321	0.0369	-0.294	0.9727	0.3418	-0.1247	0.3898	0.0906	0.0845	0.1837	0.0443	0.2403	43.0193	50.5667	106.5501
18	4.0078	1.75	-1.4105	2.6557	-2.2113	2.0811	0.0363	-0.3244	0.524	0.1849	-0.0135	-0.0214	-0.3735	0.0281	-0.0228	0.2146	-0.0193	0.022	0.1487	-0.0068	0.1405	47.7206	76.7867	113.1402
19	3.0699	0.0853	-0.0593	2.6557	1.5453	3.7074	0.086	-0.0112	0.1449	-0.0537	-0.0219	-0.2389	-0.1791	0.283	-0.0642	0.0907	-0.0197	0.0283	0.1298	0.0324	0.1186	49.48	70.6368	109.9437
20	1.7559	-1.5344	-0.6133	2.9217	1.479	0.8358	0.2227	0.3634	0.1571	-0.8137	-0.1716	-0.0951	-0.4753	-0.0833	-0.0511	0.2841	0.009	0.016	0.1295	0.0265	0.0997	38.5973	78.1931	107.6413
21	1.8743	-1.0242	-0.036	5.2301	1.05	2.3023	-0.0227	0.1122	0.0181	-0.5586	0.0403	0.063	-0.2982	0.0659	-0.0176	0.134	0.0042	0.0096	0.1773	0.0733	0.0332	33.6383	76.0996	104.1719
22	2.432	-2.4607	-3.8314	11.1851	1.0464	8.139	-0.1848	0.5797	-0.049	-0.6905	0.0668	1.2808	0.425	-1.0498	0.1179	0.6637	0.0607	-0.0305	0.2624	0.1556	0.3794	33.8768	106.3101	109.0359
23	3.8008	1.5316	-0.2629	4.0297	-0.9074	2.5744	-0.0622	-0.1764	0.8712	0.0696	0.0073	0.3901	-0.6552	-0.2362	0.0549	0.6642	0.0681	0.0305	0.275	0.065	0.2745	32.609	102.36	117.185
24	1.7935	-2.8392	1.8436	6.167	-2.0384	5.5267	-0.0121	0.1849	0.207	-0.1885	0.0121	0.1838	-0.2535	-0.228	0	0.6697	0.0399	0.0283	0.2749	0.1411	0.3129	34.2807	98.3392	118.5792
25	3.2345	-6.1896	-1.0974	11.9055	2.2186	0.6046	-0.0106	-0.094	-0.3317	-0.0195	0.0356	0.5791	-0.0078	-0.2024	-0.0251	0.1554	-0.0031	-0.0097	0.2674	0.0674	0.2137	13.322	63.469	103.828
26	0.6826	0.0018	-0.1873	1.2408	0.2504	0.725	0.0254	-0.1524	-0.0367	0.1416	-0.0035	0.0061	-0.0089	-0.0154	-0.0218	0.0814	-0.0046	-0.0123	0.0747	-0.0138	0.1008	13.82	77.727	83.662
27	0.1488	-0.4084	0.2569	3.2347	-1.9038	1.2625	-0.0309	-0.1042	-0.0302	0.4248	-0.0527	-0.1313	-0.1073	0.0373	0.0835	0.2002	-0.0112	-0.0044	0.1503	0.0082	0.1621	4.34	66.143	89.565
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29	1.6669	-3.6768	2.0214	13.4742	-6.5789	4.9972	0.0538	0.0755	0.1629	0.1741	-0.4397	-0.988	-0.1487	0.5839	0.3859	0.094	-0.0062	0.0069	0.2259	-0.0269	0.3211	-8.937	68.2	91.136
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36	2.499	0.6488	0.9163	1.6709	-0.9195	3.5262	-0.0453	0.4092	0.3514	-0.238	0.1518	0.6011	-0.1821	-0.7344	-0.1065	0.2475	0.0912	-0.0238	0.3801	0.0041	0.2786	16.138	112.84	82.58
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38	3.002	-5.1322	-0.7548	10.4289	3.0613	2.2907	0.0269	-0.0087	0.2128	-0.2181	-0.0546	-0.3726	-0.1529	0.0699	0.0277	0.0931	-0.0082	-0.0143	0.1884	0.0282	0.1093	6.4157	95.6893	46.853
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40	7.6094	10.8663	2.1744	16.2408	4.1469	3.975	-0.1923	0.0494	0.5327	-0.3829	-0.0745	1.046	-0.4753	-0.6532	0.2667	0.1303	0.076	0.0303	0.2672	0.0422	0.283	-1.0519	109.3744	54.7365
41	1.2788	0.5568	0.2646	2.7387	0.381	2.2123	0.0449	-0.1999	0.3195	0.0698	-0.1799	0.3626	-0.0946	-0.2664	0.135	0.0737	0.0302	0.0434	0.114	-0.0222	0.1314	10.6777	108.9598	62.3351
42	1.964	0.7556	-1.2643	3.9388	0.3458	1.3384	0.0136	-0.3309	0.047	0.3036	-0.0186	0.1414	-0.0122	-0.0089	0.0051	0.1393	0.0335	0.0387	0.2476	-0.015	0.099	9.5522	106.0026	66.5015
43	3.3083	1.5794	-0.0227	1.5554	0.2748	0.238	0.2793	-0.666	-0.199	0.4746	-0.2481	-0.0788	0.1493	-0.0672	-0.0312	0.1849	-0.0461	-0.0109	0.2157	0.0482	0.0953	18.1181	98.7793	66.3872
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46	2.611	-0.394	2.1513	0.1286	-0.3202	2.0536	0.062	0.0774	-0.2535	0.0484	0.0458	-0.0845	0.402	0.1818	-0.1077	0.5125	0.0679	-0.031	0.4552	0.0892	0.3711	46.1472	96.5438	76.085
47	1.9138	2.0404	2.8408	3.806	4.4115	6.4204	-0.1594	-0.2686	0.2342	0.241	0.2915	-0.6266	-0.344	0.7586	-0.1321	0.4941	-0.0229	-0.2487	0.7377	-0.1082	0.6307	46.128	108.904	76.643
48	12.5862	-1.8419	6.404	8.122	-4.624	6.1223	-0.2228	-0.6743	0.3258	0.8626	0.3669	-0.2312	-0.0531	0.2855	-0.144	0.448	0.1929	-0.1716	0.7294	-0.1739	0.2853	44.1861	106.6683	72.1042

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-2 - 2
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	3 - 109
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	110 - 135
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	136 - 164
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	165 - 218
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	219 - 231
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	232 - 261
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	262 - 283
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	284 - 293
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	294 - 318
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	319 - 327
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	328 - 337
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	-1 - 18
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	19 - 109
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	110 - 135
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	136 - 164
17	X-RAY DIFFRACTION	17	B	165 - 181
18	X-RAY DIFFRACTION	18	B	182 - 197
19	X-RAY DIFFRACTION	19	B	198 - 231
20	X-RAY DIFFRACTION	20	B	232 - 256
21	X-RAY DIFFRACTION	21	B	257 - 285
22	X-RAY DIFFRACTION	22	B	286 - 295
23	X-RAY DIFFRACTION	23	B	296 - 331
24	X-RAY DIFFRACTION	24	B	332 - 339
25	X-RAY DIFFRACTION	25	C	-2 - 2
26	X-RAY DIFFRACTION	26	C	3 - 109
27	X-RAY DIFFRACTION	27	C	110 - 134
28	X-RAY DIFFRACTION	28	C	135 - 150
29	X-RAY DIFFRACTION	29	C	151 - 173
30	X-RAY DIFFRACTION	30	C	174 - 203
31	X-RAY DIFFRACTION	31	C	204 - 231
32	X-RAY DIFFRACTION	32	C	232 - 261
33	X-RAY DIFFRACTION	33	C	262 - 284
34	X-RAY DIFFRACTION	34	C	285 - 292
35	X-RAY DIFFRACTION	35	C	293 - 311
36	X-RAY DIFFRACTION	36	C	312 - 339
37	X-RAY DIFFRACTION	37	D	-3 - 109
38	X-RAY DIFFRACTION	38	D	110 - 122
39	X-RAY DIFFRACTION	39	D	123 - 158
40	X-RAY DIFFRACTION	40	D	159 - 170
41	X-RAY DIFFRACTION	41	D	171 - 205
42	X-RAY DIFFRACTION	42	D	206 - 231
43	X-RAY DIFFRACTION	43	D	232 - 262
44	X-RAY DIFFRACTION	44	D	263 - 282
45	X-RAY DIFFRACTION	45	D	283 - 289
46	X-RAY DIFFRACTION	46	D	290 - 303
47	X-RAY DIFFRACTION	47	D	304 - 329
48	X-RAY DIFFRACTION	48	D	330 - 339

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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