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- PDB-4ltc: Crystal structure of yeast 20S proteasome in complex with enone c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ltc
タイトルCrystal structure of yeast 20S proteasome in complex with enone carmaphycin analogue 6
要素
  • (Proteasome subunit alpha type- ...) x 6
  • (Proteasome subunit beta type- ...) x 7
  • Probable proteasome subunit alpha type-7
キーワードHydrolase/Hydrolase Inhibitor / proteasome / inhibitor / carmaphycin / epoxyketone / vinylketone / Hydrolase-Hydrolase Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


proteasome core complex assembly / nuclear outer membrane-endoplasmic reticulum membrane network / Proteasome assembly / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / proteasomal ubiquitin-independent protein catabolic process / Ubiquitin Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Regulation of PTEN stability and activity / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis ...proteasome core complex assembly / nuclear outer membrane-endoplasmic reticulum membrane network / Proteasome assembly / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / proteasomal ubiquitin-independent protein catabolic process / Ubiquitin Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Regulation of PTEN stability and activity / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / KEAP1-NFE2L2 pathway / Neddylation / Orc1 removal from chromatin / MAPK6/MAPK4 signaling / proteasome storage granule / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / endopeptidase activator activity / Ub-specific processing proteases / proteasome endopeptidase complex / proteasome core complex, beta-subunit complex / proteasome assembly / threonine-type endopeptidase activity / proteasome core complex, alpha-subunit complex / Neutrophil degranulation / proteasome complex / peroxisome / endopeptidase activity / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / mRNA binding / endoplasmic reticulum membrane / mitochondrion / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Aminohydrolase, N-terminal nucleophile (Ntn) domain / Glutamine Phosphoribosylpyrophosphate, subunit 1, domain 1 / Proteasome beta subunit, C-terminal / Proteasome beta subunits C terminal / Proteasome subunit beta 4 / Proteasome subunit beta 2 / Proteasome beta 3 subunit / Proteasome subunit alpha6 / Proteasome subunit alpha5 / Proteasome beta-type subunits signature. ...Aminohydrolase, N-terminal nucleophile (Ntn) domain / Glutamine Phosphoribosylpyrophosphate, subunit 1, domain 1 / Proteasome beta subunit, C-terminal / Proteasome beta subunits C terminal / Proteasome subunit beta 4 / Proteasome subunit beta 2 / Proteasome beta 3 subunit / Proteasome subunit alpha6 / Proteasome subunit alpha5 / Proteasome beta-type subunits signature. / Peptidase T1A, proteasome beta-subunit / Proteasome beta-type subunit, conserved site / Proteasome subunit A N-terminal signature / Proteasome alpha-type subunits signature. / Proteasome alpha-subunit, N-terminal domain / Proteasome subunit A N-terminal signature Add an annotation / Proteasome B-type subunit / Proteasome beta-type subunit profile. / : / Proteasome alpha-type subunit / Proteasome alpha-type subunit profile. / Proteasome subunit / Proteasome, subunit alpha/beta / Nucleophile aminohydrolases, N-terminal / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N-HEXANOYL-L-VALYL-N~1~-[(4S,5S,6R)-5-HYDROXY-2,6-DIMETHYLOCTAN-4-YL]-N~5~,N~5~-DIMETHYL-L-GLUTAMAMIDE / Chem-EC6 / Probable proteasome subunit alpha type-7 / Proteasome subunit alpha type-1 / Proteasome subunit beta type-4 / Proteasome subunit alpha type-3 / Proteasome subunit alpha type-2 / Proteasome subunit beta type-6 / Proteasome subunit beta type-2 / Proteasome subunit beta type-3 ...N-HEXANOYL-L-VALYL-N~1~-[(4S,5S,6R)-5-HYDROXY-2,6-DIMETHYLOCTAN-4-YL]-N~5~,N~5~-DIMETHYL-L-GLUTAMAMIDE / Chem-EC6 / Probable proteasome subunit alpha type-7 / Proteasome subunit alpha type-1 / Proteasome subunit beta type-4 / Proteasome subunit alpha type-3 / Proteasome subunit alpha type-2 / Proteasome subunit beta type-6 / Proteasome subunit beta type-2 / Proteasome subunit beta type-3 / Proteasome subunit beta type-5 / Proteasome subunit beta type-7 / Proteasome subunit alpha type-5 / Proteasome subunit beta type-1 / Proteasome subunit alpha type-6 / Proteasome subunit alpha type-4
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Stein, M. / Trivella, D.B.B. / Groll, M.
引用ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2014
タイトル: Enzyme inhibition by hydroamination: design and mechanism of a hybrid carmaphycin-syringolin enone proteasome inhibitor.
著者: Trivella, D.B. / Pereira, A.R. / Stein, M.L. / Kasai, Y. / Byrum, T. / Valeriote, F.A. / Tantillo, D.J. / Groll, M. / Gerwick, W.H. / Moore, B.S.
履歴
登録2013年7月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Proteasome subunit alpha type-2
B: Proteasome subunit alpha type-3
C: Proteasome subunit alpha type-4
D: Proteasome subunit alpha type-5
E: Proteasome subunit alpha type-6
F: Probable proteasome subunit alpha type-7
G: Proteasome subunit alpha type-1
O: Proteasome subunit alpha type-2
P: Proteasome subunit alpha type-3
Q: Proteasome subunit alpha type-4
R: Proteasome subunit alpha type-5
S: Proteasome subunit alpha type-6
T: Probable proteasome subunit alpha type-7
U: Proteasome subunit alpha type-1
H: Proteasome subunit beta type-2
I: Proteasome subunit beta type-3
J: Proteasome subunit beta type-4
K: Proteasome subunit beta type-5
L: Proteasome subunit beta type-6
M: Proteasome subunit beta type-7
N: Proteasome subunit beta type-1
V: Proteasome subunit beta type-2
W: Proteasome subunit beta type-3
X: Proteasome subunit beta type-4
Y: Proteasome subunit beta type-5
Z: Proteasome subunit beta type-6
a: Proteasome subunit beta type-7
b: Proteasome subunit beta type-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)729,33130
ポリマ－728,27828
非ポリマー1,0542
水46,9652607
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area118690 Å2
ΔGint-357 kcal/mol
Surface area216220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)135.170, 300.230, 144.380
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 112.790, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21O
12B
22P
13C
23Q
14D
24R
15E
25S
16F
26T
17G
27U
18H
28V
19I
29W
110J
210X
111K
211Y
112L
212Z
113M
213a
114N
214b

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1114A1 - 500
2114O1 - 500
1124B1 - 500
2124P1 - 500
1134C1 - 500
2134Q1 - 500
1144D1 - 500
2144R1 - 500
1154E1 - 500
2154S1 - 500
1164F1 - 500
2164T1 - 500
1174G1 - 500
2174U1 - 500
1184H1 - 500
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21134a1 - 500
11144N1 - 500
21144b1 - 500

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14

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要素

-
Proteasome subunit alpha type- ... , 6種, 12分子 AOBPCQDRESGU

#1: タンパク質 Proteasome subunit alpha type-2 / Macropain subunit Y7 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit Y7 / Proteasome component Y7 / ...Macropain subunit Y7 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit Y7 / Proteasome component Y7 / Proteinase YSCE subunit 7


分子量: 27191.828 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: S288c / 参照: UniProt: P23639, proteasome endopeptidase complex
#2: タンパク質 Proteasome subunit alpha type-3 / Macropain subunit Y13 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit Y13 / Proteasome component Y13 ...Macropain subunit Y13 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit Y13 / Proteasome component Y13 / Proteinase YSCE subunit 13


分子量: 28748.230 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: S288c / 参照: UniProt: P23638, proteasome endopeptidase complex
#3: タンパク質 Proteasome subunit alpha type-4 / Macropain subunit PRE6 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PRE6 / Proteasome component ...Macropain subunit PRE6 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PRE6 / Proteasome component PRE6 / Proteinase YSCE subunit PRE6


分子量: 28478.111 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: S288c / 参照: UniProt: P40303, proteasome endopeptidase complex
#4: タンパク質 Proteasome subunit alpha type-5 / Macropain subunit PUP2 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PUP2 / Proteasome component ...Macropain subunit PUP2 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PUP2 / Proteasome component PUP2 / Proteinase YSCE subunit PUP2


分子量: 28649.086 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: S288c / 参照: UniProt: P32379, proteasome endopeptidase complex
#5: タンパク質 Proteasome subunit alpha type-6 / Macropain subunit PRE5 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PRE5 / Proteasome component ...Macropain subunit PRE5 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PRE5 / Proteasome component PRE5 / Proteinase YSCE subunit PRE5


分子量: 25634.000 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: S288c / 参照: UniProt: P40302, proteasome endopeptidase complex
#7: タンパク質 Proteasome subunit alpha type-1 / Macropain subunit C7-alpha / Multicatalytic endopeptidase complex C7 / Proteasome component C7- ...Macropain subunit C7-alpha / Multicatalytic endopeptidase complex C7 / Proteasome component C7-alpha / Proteasome component Y8 / Proteinase YSCE subunit 7 / SCL1 suppressor protein


分子量: 28033.830 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: S288c / 参照: UniProt: P21243, proteasome endopeptidase complex

-
タンパク質 , 1種, 2分子 FT

#6: タンパク質 Probable proteasome subunit alpha type-7 / Macropain subunit C1 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit C1 / Proteasome component C1 / ...Macropain subunit C1 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit C1 / Proteasome component C1 / Proteinase YSCE subunit 1


分子量: 31443.875 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: S288c / 参照: UniProt: P21242, proteasome endopeptidase complex

-
Proteasome subunit beta type- ... , 7種, 14分子 HVIWJXKYLZMaNb

#8: タンパク質 Proteasome subunit beta type-2 / Macropain subunit PUP1 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PUP1 / Proteasome component ...Macropain subunit PUP1 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PUP1 / Proteasome component PUP1 / Proteinase YSCE subunit PUP1


分子量: 25114.459 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: S288c / 参照: UniProt: P25043, proteasome endopeptidase complex
#9: タンパク質 Proteasome subunit beta type-3 / Macropain subunit PUP3 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PUP3 / Proteasome component PUP3


分子量: 22627.842 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: S288c / 参照: UniProt: P25451, proteasome endopeptidase complex
#10: タンパク質 Proteasome subunit beta type-4 / Macropain subunit C11 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit C11 / Proteasome component C11 ...Macropain subunit C11 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit C11 / Proteasome component C11 / Proteinase YSCE subunit 11


分子量: 22545.676 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: S288c / 参照: UniProt: P22141, proteasome endopeptidase complex
#11: タンパク質 Proteasome subunit beta type-5 / Macropain subunit PRE2 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PRE2 / Proteasome component ...Macropain subunit PRE2 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PRE2 / Proteasome component PRE2 / Proteinase YSCE subunit PRE2


分子量: 23325.248 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: S288c / 参照: UniProt: P30656, proteasome endopeptidase complex
#12: タンパク質 Proteasome subunit beta type-6 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit C5 / Proteasome component C5


分子量: 24883.928 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: S288c / 参照: UniProt: P23724, proteasome endopeptidase complex
#13: タンパク質 Proteasome subunit beta type-7 / Macropain subunit PRE4 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PRE4 / Proteasome component ...Macropain subunit PRE4 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PRE4 / Proteasome component PRE4 / Proteinase YSCE subunit PRE4


分子量: 25945.496 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: S288c / 参照: UniProt: P30657, proteasome endopeptidase complex
#14: タンパク質 Proteasome subunit beta type-1 / Macropain subunit PRE3 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PRE3 / Proteasome component ...Macropain subunit PRE3 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PRE3 / Proteasome component PRE3 / Proteinase YSCE subunit PRE3


分子量: 21517.186 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: S288c / 参照: UniProt: P38624, proteasome endopeptidase complex

-
非ポリマー , 2種, 2609分子

#15: 化合物 ChemComp-EC6 / N-hexanoyl-L-valyl-N~1~-[(4S,5S,6R)-5-hydroxy-2,6-dimethyloctan-4-yl]-N~5~,N~5~-dimethyl-L-glutamamide / Double bound form of enone carmaphycin analogue 6 / (S)-N1-((S,Z)-2,6-dimethyl-5-oxooct-6-en-4-yl)-2-((S)-2-hexanamido-3-methylbutanamido)-N5,N5-dimethylpentanediamide


タイプ: peptide-like, Peptide-like / クラス: 阻害剤 / 分子量: 526.752 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H54N4O5
詳細: Originated from (S)-N1-((S,Z)-2,6-dimethyl-5-oxooct-6-en-4-yl)-2-((S)-2-hexanamido-3-methylbutanamido)-N5,N5-dimethylpentanediamide that reacts with N-terminal Thr of the protein, opening ...詳細: Originated from (S)-N1-((S,Z)-2,6-dimethyl-5-oxooct-6-en-4-yl)-2-((S)-2-hexanamido-3-methylbutanamido)-N5,N5-dimethylpentanediamide that reacts with N-terminal Thr of the protein, opening double bonds of the original compound and making two covalent linkages with the amino group and side chain hydroxyl of the Thr. The PRD represents the bound form.
参照: N-HEXANOYL-L-VALYL-N~1~-[(4S,5S,6R)-5-HYDROXY-2,6-DIMETHYLOCTAN-4-YL]-N~5~,N~5~-DIMETHYL-L-GLUTAMAMIDE
#16: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2607 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.83 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: 30 mM of magnesium acetate, 100 mM of MES (pH 7.2) and 12% of MPD, vapor diffusion, temperature 297K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年7月5日
放射モノクロメーター: Double Multilayer Monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射最高解像度: 2.5 Å / Num. obs: 354256 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 55.34 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 16.34
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
2.5-2.60.5381.711036553932597.5
2.6-2.70.3712.44902893380997.6
2.7-2.80.2773.29820852917297.8
2.8-2.90.214.33703402533197.7
2.9-30.1765.17604502213697.8
3-3.10.1396.46501451921597.6
3.1-3.20.1118.12448081689597.5
3.2-40.05417.032195888213596.8
4-50.02535.821095924179196
5-60.02239.01488181862796.8
6-100.01552.09553832025897.3
10-200.01167.2413057494397.2
20-300.01279.69147550797.5
300.01779.3230411249.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
REFMAC5.7.0032精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 21.293 / SU ML: 0.198 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.338 / ESU R Free: 0.236 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2325 17633 5 %RANDOM
Rwork0.2041 ---
obs0.2055 352662 96.82 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 153.79 Å2 / Biso mean: 57.9261 Å2 / Biso min: 16.03 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.19 Å2-0 Å20.19 Å2
2--0.03 Å20 Å2
3----0.22 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数49538 0 74 2607 52219
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.01950526
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0248322
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.911.96568358
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.6953111274
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X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.056158778
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.93215288
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0660.27702
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0257358
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.0211326
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1124.225436
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.1124.225435
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.0226.29231746
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
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5E3553MEDIUM THERMAL4.32
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14N2949MEDIUM POSITIONAL0.070.5
14N2949MEDIUM THERMAL1.462
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.563 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.372 1274 -
Rwork0.351 24219 -
all-25493 -
obs--97.57 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4861-0.20150.22780.6392-0.13390.4366-0.04460.06940.01330.05720.0258-0.146-0.06760.01840.01880.0816-0.03920.04660.1603-0.03480.170266.9158-92.091445.8658
20.655-0.04150.05580.3710.17010.4708-0.03720.0069-0.01-0.1095-0.0225-0.0337-0.14110.12520.05970.1812-0.05420.08910.1850.05670.110259.4999-87.843516.3015
30.32630.19530.08670.3679-0.06510.4163-0.08560.0570.0563-0.14510.06030.0505-0.06710.07760.02540.2177-0.02110.00550.15990.07720.090932.19-87.28810.8602
40.36040.07790.04110.54810.01120.3339-0.0492-0.01880.0666-0.0790.00790.2592-0.06660.03420.04130.09230.0545-0.07450.11710.05720.24513.4237-90.404414.1087
50.40570.06260.20410.1955-0.03270.689-0.049-0.02080.02480.07510.04030.2385-0.1088-0.13750.00870.05790.05870.09990.1878-0.00510.3535-3.0358-94.23545.6194
60.55140.16930.2420.4551-0.04610.1467-0.0027-0.08720.07620.118-0.02480.1057-0.0166-0.06060.02750.25650.01780.16720.1891-0.06830.146115.2593-95.027169.7483
70.22390.01130.08390.6395-0.0310.4782-0.00270.04080.00730.1938-0.043-0.0784-0.0519-0.03650.04570.2574-0.02150.01350.1162-0.04790.044947.6643-93.313971.0066
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90.35560.15860.27610.67880.00610.4503-0.0401-0.07370.0164-0.15330.02710.0270.0505-0.0990.0130.1279-0.0084-0.08450.1244-0.0610.14358.6926-205.5696.7078
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120.24290.2218-0.30440.3069-0.16180.68060.03950.0533-0.12560.07310.0897-0.32770.11850.0952-0.12910.09690.1033-0.14110.1126-0.13890.518272.1287-204.296335.2315
130.93260.4180.09180.25180.05590.4130.1726-0.0773-0.26250.1953-0.0535-0.22810.0755-0.0509-0.11910.2851-0.0177-0.25340.0360.05640.273854.3502-207.685659.4706
140.22870.1277-0.12070.5017-0.04770.39410.03170.0087-0.01520.15970.00790.07350.03450.0419-0.03960.2598-0.0351-0.06890.06520.06890.126822.0664-209.823361.0898
150.19620.0628-0.05750.22250.02930.03290.0710.03540.03760.0989-0.0163-0.17360.0106-0.0022-0.05470.1158-0.0034-0.02550.1698-0.02610.210367.6774-129.962148.2277
160.22560.0245-0.09390.98370.14740.33060.03560.0992-0.0093-0.0412-0.0162-0.2221-0.0662-0.0101-0.01940.08340.0040.10320.221-0.02570.188568.2946-127.437420.7895
170.6963-0.10360.37931.08220.0620.2214-0.01370.04270.0004-0.18970.02660.0141-0.03980.0188-0.01290.2239-0.0030.08840.19960.00730.043944.7175-126.7596-1.0203
180.50350.5758-0.1161.25220.15150.3016-0.00910.00440.0704-0.21770.04270.2529-0.02940.0413-0.03360.11310.031-0.09690.15960.04550.153610.9593-130.83722.1497
190.3384-0.06410.28520.6060.27950.5170.0393-0.046-0.0464-0.0571-0.0170.2343-0.02280.0088-0.02230.02570.0080.0350.19770.03310.3039-4.4622-134.464128.5254
200.2156-0.05330.13271.0808-0.010.10090.0617-0.0430.04730.1912-0.04490.19140.0092-0.0197-0.01690.1274-0.02060.14570.20750.00280.17597.8462-137.975660.3819
210.6081-0.002-0.06360.88550.0280.2490.08190.01510.0450.243-0.0505-0.0540.0101-0.0131-0.03140.2361-0.02370.01270.1586-0.0240.017339.8715-134.022870.8238
220.1341-0.04710.00310.3408-0.00680.02150.0557-0.0003-0.04320.0776-0.0260.22950.0389-0.0042-0.02970.1319-0.02960.00680.15430.05110.22131.5885-169.691245.5809
230.14610.140.05130.894-0.11920.32580.04690.02620.0196-0.1315-0.02070.22560.08980.0042-0.02620.0722-0.0048-0.08040.16070.00780.20490.3293-167.440218.0962
240.6489-0.0034-0.18191.2361-0.13580.3035-0.02840.025-0.0648-0.2140.07240.0516-0.00580.0213-0.0440.23240.0154-0.06610.1314-0.03440.047423.3935-164.3239-4.0568
250.59490.64860.21781.21080.00720.2915-0.00290.0322-0.0583-0.23830.0868-0.16050.05830.0736-0.08390.18790.03660.11710.209-0.06170.150657.2283-160.8199-0.9695
260.0460.03150.0230.3110.01080.05290.01540.0126-0.0162-0.0240.0206-0.12960.00660.0286-0.0360.02890.01750.04340.2169-0.02990.137956.4257-155.307328.9926
270.3206-0.1155-0.04371.00750.27780.09760.03210.0328-0.04740.2225-0.0009-0.21240.0404-0.0419-0.03120.15780.0112-0.10660.12310.00090.143661.7003-163.760557.5065
280.54280.03310.13160.8990.19590.56050.0807-0.0256-0.03920.1908-0.01610.05320.0432-0.0169-0.06450.2298-0.04110.01910.14250.05010.034829.9193-169.524467.8888
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-10 - 9999
2X-RAY DIFFRACTION2B-10 - 9999
3X-RAY DIFFRACTION3C-10 - 9999
4X-RAY DIFFRACTION4D-10 - 9999
5X-RAY DIFFRACTION5E-10 - 9999
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7X-RAY DIFFRACTION7G-10 - 9999
8X-RAY DIFFRACTION8O-10 - 9999
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10X-RAY DIFFRACTION10Q-10 - 9999
11X-RAY DIFFRACTION11R-10 - 9999
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13X-RAY DIFFRACTION13T-10 - 9999
14X-RAY DIFFRACTION14U-10 - 9999
15X-RAY DIFFRACTION15H-10 - 9999
16X-RAY DIFFRACTION16I-10 - 9999
17X-RAY DIFFRACTION17J-10 - 9999
18X-RAY DIFFRACTION18K-10 - 9999
19X-RAY DIFFRACTION19L-10 - 9999
20X-RAY DIFFRACTION20M-10 - 9999
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28X-RAY DIFFRACTION28b-10 - 9999

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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