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- PDB-4lt7: Crystal structure of the c2a domain of rabphilin-3a in complex wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lt7
タイトルCrystal structure of the c2a domain of rabphilin-3a in complex with a calcium
要素Rabphilin-3A
キーワードPROTEIN TRANSPORT / calcium binding / C2 domain / signal transduction
機能・相同性
機能・相同性情報


selenium binding / spontaneous neurotransmitter secretion / calcium-dependent activation of synaptic vesicle fusion / positive regulation of calcium ion-dependent exocytosis / cholinergic synapse / extrinsic component of synaptic vesicle membrane / inositol 1,4,5 trisphosphate binding / calcium-dependent phospholipid binding / dendritic spine organization / regulation of NMDA receptor activity ...selenium binding / spontaneous neurotransmitter secretion / calcium-dependent activation of synaptic vesicle fusion / positive regulation of calcium ion-dependent exocytosis / cholinergic synapse / extrinsic component of synaptic vesicle membrane / inositol 1,4,5 trisphosphate binding / calcium-dependent phospholipid binding / dendritic spine organization / regulation of NMDA receptor activity / extrinsic component of membrane / synaptic vesicle priming / phosphate ion binding / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / secretory granule / intracellular protein transport / neuromuscular junction / small GTPase binding / phospholipid binding / synaptic vesicle membrane / synaptic vesicle / dendritic spine / postsynaptic membrane / neuron projection / synapse / calcium ion binding / protein-containing complex binding / protein-containing complex / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Rabphilin-3A / Rabphilin/DOC2/Noc2 / : / FYVE-type zinc finger / FYVE-type zinc finger / Rab-binding domain / Rab-binding domain profile. / Zinc finger, FYVE-related / Zinc finger FYVE/FYVE-related type profile. / Synaptotagmin ...Rabphilin-3A / Rabphilin/DOC2/Noc2 / : / FYVE-type zinc finger / FYVE-type zinc finger / Rab-binding domain / Rab-binding domain profile. / Zinc finger, FYVE-related / Zinc finger FYVE/FYVE-related type profile. / Synaptotagmin / C2 domain / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain / C2 domain / C2 domain profile. / C2 domain superfamily / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Verdaguer, N. / Ferrer-Orta, C. / Buxaderas, M. / Corbalan-Garcia, S. / Perez-Sanchez, D. / Guerrero-Valero, M. / Luengo, G. / Pous, J. / Guerra, P. / Gomez-Fernandez, J.C. / Guillen, J.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: Structural insights into the Ca2+ and PI(4,5)P2 binding modes of the C2 domains of rabphilin 3A and synaptotagmin 1.
著者: Guillen, J. / Ferrer-Orta, C. / Buxaderas, M. / Perez-Sanchez, D. / Guerrero-Valero, M. / Luengo-Gil, G. / Pous, J. / Guerra, P. / Gomez-Fernandez, J.C. / Verdaguer, N. / Corbalan-Garcia, S.
履歴
登録2013年7月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年1月15日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / Structure summary / カテゴリ: audit_author / software / Item: _audit_author.name
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Rabphilin-3A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,3462
ポリマ－15,3051
非ポリマー401
水181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.690, 40.030, 90.250
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Rabphilin-3A / Exophilin-1


分子量: 15305.478 Da / 分子数: 1 / 断片: C2 1 domain residues 378-510 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Rph3a / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P47709
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.13 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 10 mM CaCl2, 150mM NaCl, 25mM HEPES ph 7.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5417 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年5月10日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: osmic confocals focusing optics / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5417 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→40 Å / Num. obs: 3660 / % possible obs: 72.3 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.143 / Net I/σ(I): 3.6
反射 シェル解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.515 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 68.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
REFMAC5.7.0032精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2CHD

2chd


解像度: 2.5→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.912 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.891 / SU B: 31.97 / SU ML: 0.305 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R Free: 0.447 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28943 164 4.5 %RANDOM
Rwork0.24318 ---
obs0.24531 3490 70.15 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 45.055 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.86 Å20 Å2-0 Å2
2--0.37 Å20 Å2
3----1.23 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1019 0 1 1 1021
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0191035
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021012
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9341.9671393
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.64332320
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8125127
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.59723.87849
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.53815196
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.574159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0550.2157
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.021167
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02244
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4332.005511
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.4332.004510
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.7983.007637
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other0.7983.007638
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.3422.034524
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.3412.034525
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other0.633.02757
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined2.19915.0431054
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other2.19815.0491055
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.269 10 -
Rwork0.295 233 -
obs--65.15 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 10.4876 Å / Origin y: 9.8121 Å / Origin z: 32.0332 Å
111213212223313233
T0.2666 Å2-0.0125 Å2-0.0244 Å2-0.134 Å20.0179 Å2--0.1107 Å2
L3.8746 °2-0.8191 °2-2.975 °2-2.133 °21.969 °2--6.3323 °2
S0.1271 Å °0.1722 Å °-0.1103 Å °-0.1218 Å °-0.2594 Å °0.1194 Å °0.0616 Å °-0.3676 Å °0.1323 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A382 - 509
2X-RAY DIFFRACTION1A701

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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