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- PDB-4lt5: Structure of a Naegleria Tet-like dioxygenase in complex with 5-m... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lt5
タイトルStructure of a Naegleria Tet-like dioxygenase in complex with 5-methylcytosine DNA
要素
  • (DNAデオキシリボ核酸) x 2
  • Naegleria Tet-like dioxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE/DNA / 5-METHYLCYTOSINE (5-メチルシトシン) / DIOXYGENASE-DNA COMPLEX / OXIDOREDUCTASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


methylcytosine dioxygenase / 5-methylcytosine dioxygenase activity / double-stranded methylated DNA binding / iron ion binding
類似検索 - 分子機能
Double-stranded beta-helix - #30 / Double-stranded beta-helix / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / N-OXALYLGLYCINE / デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / Tet-like dioxygenase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Naegleria gruberi (グルーバーネグレリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.893 Å
データ登録者Hashimoto, H. / Pais, J.E. / Zhang, X. / Saleh, L. / Fu, Z.Q. / Dai, N. / Correa, I.R. / Roberts, R.J. / Zheng, Y. / Cheng, X.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2014
タイトル: Structure of a Naegleria Tet-like dioxygenase in complex with 5-methylcytosine DNA.
著者: Hashimoto, H. / Pais, J.E. / Zhang, X. / Saleh, L. / Fu, Z.Q. / Dai, N. / Correa, I.R. / Zheng, Y. / Cheng, X.
履歴
登録2013年7月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年12月25日Group: Database references
改定 1.22014年2月5日Group: Database references
改定 1.32014年3月5日Group: Database references
改定 1.42017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.52024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Naegleria Tet-like dioxygenase
B: DNA
C: DNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,10718
ポリマ－45,9623
非ポリマー1,14515
水1,802100
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)83.954, 108.648, 166.384
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number24
Space group name H-MI212121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-412-

SO4

21A-560-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Naegleria Tet-like dioxygenase


分子量: 37374.145 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Naegleria gruberi (グルーバーネグレリア)
遺伝子: NAEGRDRAFT_55029 / プラスミド: pXC1010 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3)-Gold cells / 参照: UniProt: D2W6T1

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DNA鎖 , 2種, 2分子 BC

#2: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


分子量: 4293.831 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthesis
#3: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


分子量: 4293.831 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthesis

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非ポリマー , 5種, 115分子

#4: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 化合物 ChemComp-OGA / N-OXALYLGLYCINE / N-オキサリルグリシン / N-Oxalylglycine


分子量: 147.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H5NO5 / コメント: 阻害剤*YM
#8: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 100 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
14.1370.2
2
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法pH詳細
2891蒸気拡散法, シッティングドロップ法5.52 M ammonium sulfate, 0.1 M BisTris-HCl, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K
2892蒸気拡散法, シッティングドロップ法820% (w/v) polyethylene glycol 3350, and 0.2 M sodium citrate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21002
放射光源
由来サイトビームラインID波長
シンクロトロンAPS 22-BM11
シンクロトロンAPS 22-ID20.91931
検出器
タイプID検出器日付詳細
MARMOSAIC 225 mm CCD1CCD2012年11月16日Rosenbaum-Rock double-crystal monochromator: liquid nitrogen cooled; sagitally focusing 2nd crystal, Rosenbaum-Rock vertical focusing mirror
MARMOSAIC 300 mm CCD2CCD2013年2月6日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1double crystal - liquor nitrogen cooledSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
20.919311
反射解像度: 2.89→30 Å / Num. obs: 17328 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 67.98 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 22.8
反射 シェル解像度: 2.89→2.99 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.783 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 1699 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SGXPROモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SGXPRO位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.893→29.547 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.33 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2154 869 5.02 %Random
Rwork0.1933 ---
obs0.1944 17321 99.76 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.893→29.547 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2141 570 67 100 2878
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062894
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6754027
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.0721097
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041435
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003412
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.8933-3.07440.31941730.29382641264199
3.0744-3.31150.262870.252127472747100
3.3115-3.64420.28561740.227827022702100
3.6442-4.17030.23011740.189627082708100
4.1703-5.24930.1717870.15428052805100
5.2493-29.54810.16611740.17628492849100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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