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Yorodumi- PDB-6ck7: Crystal structure of a peptide deformylase from Legionella pneumo... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6ck7 | ||||||
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Title | Crystal structure of a peptide deformylase from Legionella pneumophila bound to actinonin | ||||||
Components | Peptide deformylase | ||||||
Keywords | HYDROLASE/ANTIBIOTIC / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / NIAID / structural genomics / Legionnaires' disease / formyl-L-methionyl peptide / formate / methionyl peptide / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / HYDROLASE-ANTIBIOTIC complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information peptide deformylase / peptide deformylase activity / translation / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Legionella pneumophila (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.65 Å | ||||||
Authors | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: Crystal structure of a peptide deformylase from Legionella pneumophila bound to actinonin Authors: Edwards, T.E. / Horanyi, P.S. / Lorimer, D.D. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6ck7.cif.gz | 307.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6ck7.ent.gz | 248.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6ck7.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6ck7_validation.pdf.gz | 1.6 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6ck7_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | Display | |
Data in XML | 6ck7_validation.xml.gz | 34.5 KB | Display | |
Data in CIF | 6ck7_validation.cif.gz | 49.4 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ck/6ck7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ck/6ck7 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6cazS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 20288.723 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Legionella pneumophila (bacteria) Gene: def_2, def, def_1, def_3, A1D14_13265, A9P85_13750, ERS240541_01674, ERS240560_02189, ERS253249_00325, lpymg_02824 Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: A0A128NM93, UniProt: Q5ZSC4*PLUS, peptide deformylase #2: Chemical | ChemComp-ZN / #3: Chemical | ChemComp-BB2 / #4: Chemical | ChemComp-SO4 / #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.19 Å3/Da / Density % sol: 61.45 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: 16.2 mg/mL LepnA.00882.a.B1.PW38390 + 2 mM actinonin against Wiz III/IV screen condition C6 (25.5% PEG4000, 0.17 M ammonium, 15% glycerol), cryoprotection: direct, crystal tracking ID ...Details: 16.2 mg/mL LepnA.00882.a.B1.PW38390 + 2 mM actinonin against Wiz III/IV screen condition C6 (25.5% PEG4000, 0.17 M ammonium, 15% glycerol), cryoprotection: direct, crystal tracking ID 297899c6, unique puck ID iap4-1 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 5.0.1 / Wavelength: 0.97741 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: Feb 7, 2018 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si(220) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97741 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.65→43.391 Å / Num. obs: 119433 / % possible obs: 97.9 % / Redundancy: 3.162 % / Biso Wilson estimate: 22.74 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.036 / Rrim(I) all: 0.044 / Χ2: 1.08 / Net I/σ(I): 15.82 / Num. measured all: 377650 / Scaling rejects: 449 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB entry 6CAZ Resolution: 1.65→43.391 Å / SU ML: 0.16 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 21.9
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 113.84 Å2 / Biso mean: 33.0307 Å2 / Biso min: 13.45 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.65→43.391 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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