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- PDB-4lsm: Crystal structure of a glycosomal glyceraldehyde-3-phosphate dehy... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lsm
タイトルCrystal structure of a glycosomal glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase from Trypanosoma cruzi
要素Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, cytosolic
キーワードOXIDOREDUCTASE / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / NAD-depenent / glucose metabolic process
機能・相同性
機能・相同性情報


glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (phosphorylating) / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NAD+) (phosphorylating) activity / glycolytic process / glucose metabolic process / NAD binding / NADP binding
類似検索 - 分子機能
Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, type I / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, active site / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase active site. / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD(P) binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, catalytic domain / Glyceraldehyde/Erythrose phosphate dehydrogenase family / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, C-terminal domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 ...Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, type I / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, active site / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase active site. / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD(P) binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, catalytic domain / Glyceraldehyde/Erythrose phosphate dehydrogenase family / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, C-terminal domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal structure of a glycosomal glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase from Trypanosoma cruzi
著者: Edwards, T.E. / Abendroth, J.
履歴
登録2013年7月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, cytosolic
B: Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, cytosolic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,77910
ポリマ－75,0802
非ポリマー1,6998
水11,620645
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7190 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area25270 Å2
手法PISA
2
A: Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, cytosolic
B: Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, cytosolic
ヘテロ分子

A: Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, cytosolic
B: Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, cytosolic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)153,55920
ポリマ－150,1604
非ポリマー3,39916
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_675x-y+1,-y+2,-z+1/31
Buried area22640 Å2
ΔGint-73 kcal/mol
Surface area42260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.490, 80.490, 203.060
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, cytosolic / GAPDH


分子量: 37540.012 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
株: CL Brener / 遺伝子: Tc00.1047053510105.230 / プラスミド: pBG1861 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q4DZT1, glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (phosphorylating)
#2: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 645 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.37 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: TrcrA.00814.b.B1.PS01922 at 29.1 mg/mL against JCSG+ screen condition G8 (0.15 M DL-malic acid, 25% PEG3350), cryoprotectant: 15% ethylene glycol, crystal tracking ID 246268g8, unique puck ID ...詳細: TrcrA.00814.b.B1.PS01922 at 29.1 mg/mL against JCSG+ screen condition G8 (0.15 M DL-malic acid, 25% PEG3350), cryoprotectant: 15% ethylene glycol, crystal tracking ID 246268g8, unique puck ID roi5-9, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月2日
放射モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→50 Å / Num. all: 92667 / Num. obs: 92582 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.3 % / Biso Wilson estimate: 25.482 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 16.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
1.65-1.690.4345.06736176739100
1.69-1.740.376722246608100
1.74-1.790.3057.3705786458100
1.79-1.840.2578.81676516188100
1.84-1.910.2210.45657006055100
1.91-1.970.18412.64632475877100
1.97-2.050.15914.61597915648100
2.05-2.130.14416.01569125458100
2.13-2.220.12717.75537365237100
2.22-2.330.11519.15504305011100
2.33-2.460.10620.44477734787100
2.46-2.610.09821.84446034533100
2.61-2.790.09123.21419454287100
2.79-3.010.08224.31385723963100
3.01-3.30.07825.91358403690100
3.3-3.690.07426.95327213377100
3.69-4.260.06627.77291372980100
4.26-5.220.06328.2324740253999.8
5.22-7.380.05627.8819837202499.8
7.380.05325.299132112393.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å48.56 Å
Translation3 Å48.56 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.5.2位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1GAD

1gad


解像度: 1.65→48.61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / WRfactor Rfree: 0.175 / WRfactor Rwork: 0.136 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.9259 / SU B: 2.904 / SU ML: 0.046 / SU R Cruickshank DPI: 0.0891 / SU Rfree: 0.0734 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.089 / ESU R Free: 0.073 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1702 4627 5 %RANDOM
Rwork0.1317 ---
obs0.1337 92504 99.92 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 71.52 Å2 / Biso mean: 22.6967 Å2 / Biso min: 9.86 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.14 Å20.14 Å20 Å2
2--0.14 Å20 Å2
3----0.47 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→48.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4934 0 112 645 5691
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0195256
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025085
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3961.9787167
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.778311673
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3415698
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.27224.089203
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.16515866
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.3391532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2842
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.025981
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021161
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3561.2182690
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.3571.2172689
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.7661.8333371
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.23310341
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free29.0295169
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded7.039510714
LS精密化 シェル解像度: 1.65→1.693 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.176 349 -
Rwork0.132 6382 -
all-6731 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.16970.0298-0.04740.32170.17910.56870.00710.03760.0077-0.05510.0002-0.0402-0.08360.0634-0.00730.1357-0.00750.01660.02210.00450.055168.381968.459514.1895
20.2690.0476-0.15380.1541-0.13410.177-0.02760.0256-0.045-0.02360.00290.02680.0401-0.02920.02470.1349-0.02950.01220.0241-0.03880.082139.626950.107232.0783
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A8 - 338
2X-RAY DIFFRACTION1A401
3X-RAY DIFFRACTION2B8 - 338
4X-RAY DIFFRACTION2B401

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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