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万見
- PDB-4lsj: Crystal Structure of the Glucocorticoid Receptor Ligand Binding D... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lsj
タイトルCrystal Structure of the Glucocorticoid Receptor Ligand Binding Domain Bound to a Dibenzoxapine Sulfonamide
要素
  • D30 peptide
  • Glucocorticoid receptor
キーワードTRANSCRIPTION / nuclear hormone receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


Regulation of NPAS4 gene transcription / regulation of glucocorticoid biosynthetic process / nuclear glucocorticoid receptor activity / response to cortisol / steroid hormone binding / glucocorticoid metabolic process / PTK6 Expression / neuroinflammatory response / mammary gland duct morphogenesis / microglia differentiation ...Regulation of NPAS4 gene transcription / regulation of glucocorticoid biosynthetic process / nuclear glucocorticoid receptor activity / response to cortisol / steroid hormone binding / glucocorticoid metabolic process / PTK6 Expression / neuroinflammatory response / mammary gland duct morphogenesis / microglia differentiation / astrocyte differentiation / maternal behavior / cellular response to glucocorticoid stimulus / motor behavior / adrenal gland development / regulation of gluconeogenesis / cellular response to steroid hormone stimulus / estrogen response element binding / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / core promoter sequence-specific DNA binding / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / steroid binding / TBP-class protein binding / cellular response to dexamethasone stimulus / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / synaptic transmission, glutamatergic / chromosome segregation / SUMOylation of intracellular receptors / promoter-specific chromatin binding / Hsp90 protein binding / Nuclear Receptor transcription pathway / positive regulation of miRNA transcription / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / response to wounding / spindle / nuclear receptor activity / Regulation of RUNX2 expression and activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / positive regulation of neuron apoptotic process / : / chromatin organization / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / gene expression / Potential therapeutics for SARS / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / nuclear speck / mitochondrial matrix / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / cell division / negative regulation of DNA-templated transcription / apoptotic process / synapse / centrosome / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / protein kinase binding / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Glucocorticoid receptor / Glucocorticoid receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. ...Glucocorticoid receptor / Glucocorticoid receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-LSJ / Glucocorticoid receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Carson, M. / Luz, J.G. / Clawson, D. / Coghlan, M.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2014
タイトル: Glucocorticoid receptor modulators informed by crystallography lead to a new rationale for receptor selectivity, function, and implications for structure-based design.
著者: Carson, M.W. / Luz, J.G. / Suen, C. / Montrose, C. / Zink, R. / Ruan, X. / Cheng, C. / Cole, H. / Adrian, M.D. / Kohlman, D.T. / Mabry, T. / Snyder, N. / Condon, B. / Maletic, M. / Clawson, D. ...著者: Carson, M.W. / Luz, J.G. / Suen, C. / Montrose, C. / Zink, R. / Ruan, X. / Cheng, C. / Cole, H. / Adrian, M.D. / Kohlman, D.T. / Mabry, T. / Snyder, N. / Condon, B. / Maletic, M. / Clawson, D. / Pustilnik, A. / Coghlan, M.J.
履歴
登録2013年7月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年3月12日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glucocorticoid receptor
B: D30 peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,3894
ポリマ－31,5182
非ポリマー8712
水90150
1
A: Glucocorticoid receptor
B: D30 peptide
ヘテロ分子

A: Glucocorticoid receptor
B: D30 peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,7778
ポリマ－63,0354
非ポリマー1,7424
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area7480 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area24090 Å2
手法PISA
2


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1090 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area14700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.9620, 139.3980, 48.0680
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Glucocorticoid receptor / GR / Nuclear receptor subfamily 3 group C member 1


分子量: 29942.820 Da / 分子数: 1 / 断片: Steroid-binding region, residues 522-777 / 変異: F602Y, C638G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NR3C1, GRL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04150
#2: タンパク質・ペプチド D30 peptide


分子量: 1574.800 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: D30 synthetic peptide
#3: 化合物 ChemComp-LSJ / N-{3-[(1Z)-1-(10-methoxydibenzo[b,e]oxepin-11(6H)-ylidene)propyl]phenyl}methanesulfonamide / N-[3-[(Z)-1-[10-メトキシジベンゾ[b,e]オキセピン-11(6H)-イリデン]プロピル]フェニル]メタ(以下略)


分子量: 435.535 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H25NO4S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 50 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.55 %
結晶化温度: 294.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1 M bis-tris propane pH 5.5, 0.3 M Magnesium Formate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 32-ID / 波長: 0.97931 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD
放射モノクロメーター: Kohzu HLD-4 Double Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→139.4 Å / Num. obs: 11516 / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 36.68 Å2
反射 シェル解像度: 2.35→2.48 Å / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.9.5精密化
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.35→25.35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9303 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8967 / SU R Cruickshank DPI: 0.407 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2358 1008 8.79 %RANDOM
Rwork0.1799 ---
obs0.1847 11472 99.71 %-
原子変位パラメータBiso mean: 36.74 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.5199 Å20 Å20 Å2
2--9.0277 Å20 Å2
3----6.5078 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.248 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→25.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2065 0 62 50 2177
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.012262HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.153069HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d779SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes70HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes321HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2262HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.73
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.63
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion281SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2737SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.35→2.57 Å / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2399 243 9.08 %
Rwork0.1838 2432 -
all0.1889 2675 -
obs--99.71 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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