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万見
- PDB-4lsd: Myokine structure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lsd
タイトルMyokine structure
要素Fibronectin type III domain-containing protein 5
キーワードHORMONE / myokine / metabolism
機能・相同性
機能・相同性情報


peroxisomal membrane / response to muscle activity / positive regulation of brown fat cell differentiation / hormone activity / endoplasmic reticulum / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Fibronectin type III domain-containing protein 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.28 Å
データ登録者Schumacher, M.A. / Ohashi, T. / Shah, R.S. / Chinnam, N. / Erickson, H.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: The structure of irisin reveals a novel intersubunit beta-sheet fibronectin type III (FNIII) dimer: implications for receptor activation.
著者: Schumacher, M.A. / Chinnam, N. / Ohashi, T. / Shah, R.S. / Erickson, H.P.
履歴
登録2013年7月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月23日Group: Database references
改定 1.22014年2月12日Group: Database references
改定 1.32024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fibronectin type III domain-containing protein 5
B: Fibronectin type III domain-containing protein 5
C: Fibronectin type III domain-containing protein 5
D: Fibronectin type III domain-containing protein 5
E: Fibronectin type III domain-containing protein 5
F: Fibronectin type III domain-containing protein 5
G: Fibronectin type III domain-containing protein 5
H: Fibronectin type III domain-containing protein 5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,7318
ポリマ－89,7318
非ポリマー00
水4,288238
1
A: Fibronectin type III domain-containing protein 5
B: Fibronectin type III domain-containing protein 5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,4332
ポリマ－22,4332
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1250 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area10450 Å2
手法PISA
2
C: Fibronectin type III domain-containing protein 5
D: Fibronectin type III domain-containing protein 5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,4332
ポリマ－22,4332
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1360 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area10090 Å2
手法PISA
3
G: Fibronectin type III domain-containing protein 5
H: Fibronectin type III domain-containing protein 5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,4332
ポリマ－22,4332
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1340 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area10120 Å2
手法PISA
4
E: Fibronectin type III domain-containing protein 5
F: Fibronectin type III domain-containing protein 5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,4332
ポリマ－22,4332
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)93.200, 93.200, 284.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質
Fibronectin type III domain-containing protein 5 / Fibronectin type III repeat-containing protein 2 / Irisin


分子量: 11216.376 Da / 分子数: 8 / 断片: UNP residues 33-130 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FNDC5, FRCP2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8NAU1
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 238 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.32 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: citrate, cacodylate buffer, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月13日
放射モノクロメーター: si (III) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.28→66.52 Å / Num. all: 58408 / Num. obs: 53502 / % possible obs: 91.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 47.3 Å2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
CNS精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散
開始モデル: thimerosal derivative

解像度: 2.28→66.52 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 2853600.76 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.236 6312 11.8 %RANDOM
Rwork0.224 ---
obs0.224 53502 91.6 %-
all-58408 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 39.8233 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 51.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.89 Å20 Å20 Å2
2--2.89 Å20 Å2
3----5.78 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.37 Å0.34 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.43 Å0.41 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.28→66.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5987 0 0 238 6225
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.25
LS精密化 シェル解像度: 2.28→2.42 Å / Rfactor Rfree error: 0.016 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.378 567 8.9 %
Rwork0.36 5826 -
obs--67.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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