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- PDB-4lrl: Structure of an Enterococcus Faecalis HD-domain protein complexed... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lrl
タイトルStructure of an Enterococcus Faecalis HD-domain protein complexed with dGTP and dTTP
要素HD domain protein
キーワードHYDROLASE / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / HD Domain / Phosphohydrolase / dNTPase / Allosteric Regulation / METAL BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


dGTPase activity / dGTP catabolic process / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Growth Hormone; Chain: A; - #30 / HD-associated domain / HD associated region / Hypothetical protein af1432 / Hypothetical protein af1432 / : / HD domain / HD domain / Growth Hormone; Chain: A; / Metal dependent phosphohydrolases with conserved 'HD' motif. ...Growth Hormone; Chain: A; - #30 / HD-associated domain / HD associated region / Hypothetical protein af1432 / Hypothetical protein af1432 / : / HD domain / HD domain / Growth Hormone; Chain: A; / Metal dependent phosphohydrolases with conserved 'HD' motif. / HD/PDEase domain / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / MALONATE ION / NICKEL (II) ION / THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / HD domain protein
類似検索 - 構成要素
生物種Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Vorontsov, I.I. / Minasov, G. / Shuvalova, L. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Mechanisms of Allosteric Activation and Inhibition of the Deoxyribonucleoside Triphosphate Triphosphohydrolase from Enterococcus faecalis.
著者: Vorontsov, I.I. / Wu, Y. / Delucia, M. / Minasov, G. / Mehrens, J. / Shuvalova, L. / Anderson, W.F. / Ahn, J.
履歴
登録2013年7月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年2月12日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: HD domain protein
B: HD domain protein
C: HD domain protein
D: HD domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)227,34219
ポリマ－223,5444
非ポリマー3,79815
水13,223734
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area20220 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area68420 Å2
手法PISA
2
A: HD domain protein
B: HD domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,85411
ポリマ－111,7722
非ポリマー2,0829
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6560 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area37510 Å2
手法PISA
3
C: HD domain protein
D: HD domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,4888
ポリマ－111,7722
非ポリマー1,7166
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6180 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area38390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.541, 144.625, 155.560
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細Chains A, B, C and D form a tetramer

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
HD domain protein


分子量: 55886.008 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 株: V583 / 遺伝子: EF-1143, EF_1143 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-DE3 / 参照: UniProt: Q836G9

-
非ポリマー , 6種, 749分子

#2: 化合物
ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 化合物
ChemComp-DGT / 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / dGTP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3
#4: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-TTP / THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / dTTP


分子量: 482.168 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N2O14P3
#6: 化合物 ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト


分子量: 102.046 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H2O4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 734 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.6 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 0.1 M MIB buffer (pH 5) and 25 % w/v PEG 1500, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月6日 / 詳細: Beryllium Lenses, Diamond [111] Laue monochromator
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→30 Å / Num. all: 86389 / Num. obs: 86389 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 25.9
反射 シェル解像度: 2.35→2.43 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.43 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 8133 / % possible all: 94.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3IRH

3irh


解像度: 2.35→29.86 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 14.423 / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.408 / ESU R Free: 0.247 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23461 4304 5 %RANDOM
Rwork0.18437 ---
obs0.18693 81766 99.45 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 52.559 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.17 Å20 Å20 Å2
2---0.82 Å2-0 Å2
3---2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→29.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14717 0 224 734 15675
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.02215461
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1531.96821013
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.28551820
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.97523.524806
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.041152604
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.98215114
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.22251
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02111897
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.41.59000
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.762214637
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.21636461
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.0154.56359
LS精密化 シェル解像度: 2.35→2.411 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.305 286 -
Rwork0.253 5677 -
obs--94.22 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.8832-0.26360.39532.3987-0.43380.98760.0127-0.04-0.05790.1230.0152-0.03620.08630.1334-0.02780.0320.01390.00580.0299-0.01850.053745.6823.258835.5588
20.8808-0.2496-0.00453.7058-1.5211.74080.05230.27240.0467-0.01790.11920.0677-0.02720.0796-0.17150.07760.00340.00530.1594-0.04050.059843.89296.229718.9476
31.29140.36310.8161.19280.18144.3946-0.1240.52120.1351-0.28890.097-0.205-0.1510.37560.0270.1514-0.10470.05640.26930.07310.218149.864321.62589.545
43.84550.8380.93098.492-1.10212.13030.04520.6168-0.0565-0.7415-0.1811-0.7220.07140.54350.13590.24610.05680.00910.2256-0.06510.246746.4267-14.216318.2316
55.44783.8953-0.23797.21640.47819.0168-0.34910.79980.2729-0.76210.02990.172-0.3436-0.14610.31920.315-0.13780.0570.55540.00430.140442.649617.2051-7.525
62.03390.32680.56881.635-0.37681.2861-0.10420.12190.3443-0.1540.05050.3816-0.2227-0.24350.05370.14040.0424-0.04360.08420.02280.272319.305525.500217.2758
79.8431-0.3364-2.93654.29760.55351.4762-0.1993-0.5446-0.14980.23950.25540.36780.2261-0.3742-0.05610.1075-0.0799-0.09910.630.06750.41545.921814.585324.3949
81.13980.76631.03682.14380.57561.1265-0.0145-0.21310.21260.2449-0.08620.064-0.1989-0.1880.10070.21690.00350.03530.0499-0.04270.187234.100530.5841.4609
915.3563-8.10022.18293.9292-1.10610.06420.07391.43121.347-0.1371-0.6227-0.591-0.02320.17360.54880.852-0.14280.01091.1368-0.04952.115311.581928.30137.5013
1010.9917-1.32479.92732.9527-1.829814.3025-0.3897-0.6721.11590.4249-0.15810.2891-0.9752-0.36470.54780.2660.05430.10340.4658-0.07230.721-0.605119.340434.2015
1110.28072.30651.32037.07151.097414.6875-0.0041-0.8047-0.71311.3288-0.4118-0.00110.4313-0.35980.41580.5697-0.08860.08650.11960.01250.169233.389523.509960.5597
121.71330.11850.60121.5874-0.31162.31050.1421-0.2267-0.30590.2296-0.0552-0.0870.37530.0561-0.08690.1953-0.03890.00620.19950.02370.086412.7031-19.88541.0196
132.75520.20641.59390.4450.39812.2537-0.02730.02590.10310.1-0.0073-0.0232-0.11480.1660.03450.1278-0.03320.04830.20010.00030.05255.2724-5.030136.9757
143.1063-1.6936-0.05643.0439-0.10720.71490.0157-0.0094-0.26670.1069-0.02030.21010.2251-0.26180.00460.1162-0.12110.01780.2867-0.0020.1361-15.979-15.032326.9097
153.44014.66811.1537.83043.29183.51250.322-0.77570.45660.5539-0.5630.9826-0.0494-0.59060.2410.30110.08820.1910.95750.1880.25928.31582.042751.6613
169.1824-1.5371-0.62628.5019-0.5832.02010.10281.14810.5793-1.0987-0.0369-0.1409-0.18390.0746-0.06590.1893-0.0290.06740.35120.05660.313-20.6354.882920.6464
172.20670.96620.04261.6701-0.2882.7984-0.12490.3831-0.0165-0.27030.09890.04950.1045-0.10340.0260.1274-0.05850.00250.2461-0.02730.00586.0723-7.59214.3952
182.00570.5708-0.37413.1128-1.3872.0639-0.07220.2626-0.51570.01870.1675-0.03650.45190.15-0.09530.29060.0376-0.00240.2657-0.12040.158715.6684-20.71549.6645
193.9381-0.22961.7333.483-0.59464.54070.25980.0914-0.8777-0.00780.19670.06861.0884-0.1627-0.45650.5278-0.0922-0.05480.1477-0.06290.37353.288-33.533217.2444
203.15172.1462-0.16912.11930.72590.9447-0.53660.8076-0.9639-0.35510.5932-0.57450.29590.3616-0.05661.41390.37870.03321.1061-0.35351.468623.8029-35.45667.5245
213.53564.4866-3.4227.6208-5.24564.7942-0.32450.225-1.0124-0.9986-0.2106-0.70790.99350.80380.53510.62790.2413-0.11060.8347-0.35410.487529.5038-18.40424.9456
2232.912517.4982-0.67846.81240.49120.89630.88291.97782.00260.87661.38370.7240.98241.0834-2.26661.44621.2092-0.61141.5424-0.72754.089628.6918-48.619326.8179
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 196
2X-RAY DIFFRACTION2A197 - 280
3X-RAY DIFFRACTION3A281 - 370
4X-RAY DIFFRACTION4A371 - 412
5X-RAY DIFFRACTION5A413 - 456
6X-RAY DIFFRACTION6B2 - 196
7X-RAY DIFFRACTION7B197 - 223
8X-RAY DIFFRACTION8B224 - 365
9X-RAY DIFFRACTION9B366 - 383
10X-RAY DIFFRACTION10B384 - 413
11X-RAY DIFFRACTION11B414 - 456
12X-RAY DIFFRACTION12C2 - 193
13X-RAY DIFFRACTION13C194 - 267
14X-RAY DIFFRACTION14C268 - 370
15X-RAY DIFFRACTION15C371 - 412
16X-RAY DIFFRACTION16C413 - 456
17X-RAY DIFFRACTION17D1 - 195
18X-RAY DIFFRACTION18D196 - 284
19X-RAY DIFFRACTION19D285 - 332
20X-RAY DIFFRACTION20D333 - 383
21X-RAY DIFFRACTION21D384 - 426
22X-RAY DIFFRACTION22D435 - 447

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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