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- PDB-4lql: Crystal structure of L-arabinose isomerase from Lactobacillus fer... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lql
タイトルCrystal structure of L-arabinose isomerase from Lactobacillus fermentum CGMCC2921
要素L-arabinose isomerase
キーワードISOMERASE / hexamer / isomerization
機能・相同性
機能・相同性情報


L-arabinose isomerase / L-arabinose isomerase activity / L-arabinose catabolic process to D-xylulose 5-phosphate / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Rossmann fold - #10940 / L-arabinose isomerase / L-arabinose isomerase, C-terminal / L-arabinose isomerase, N-terminal domain superfamily / L-arabinose isomerase N-terminal domain / L-arabinose isomerase C-terminal domain / L-fucose/L-arabinose isomerase, C-terminal / L-fucose isomerase, N-terminal/central domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
L-arabinose isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Lactobacillus fermentum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.232 Å
データ登録者Xu, Z.
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of L-arabinose isomerase from Lactobacillus fermentum CGMCC2921
著者: Xu, Z.
履歴
登録2013年7月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年7月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: L-arabinose isomerase
B: L-arabinose isomerase
C: L-arabinose isomerase
D: L-arabinose isomerase
E: L-arabinose isomerase
F: L-arabinose isomerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)320,9536
ポリマ－320,9536
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area27220 Å2
ΔGint-208 kcal/mol
Surface area101720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.201, 184.831, 186.347
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
L-arabinose isomerase / LFAI


分子量: 53492.164 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Lactobacillus fermentum (バクテリア) / 参照: UniProt: D9ILD9, L-arabinose isomerase

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.19 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.1M Bis-Tris, 25% PEGMME5000, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 173 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 1.054 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.054 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.23→46.59 Å / Num. all: 90230 / Num. obs: 47550 / % possible obs: 99 % / Biso Wilson estimate: 94.79 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.102
反射 シェル最高解像度: 3.23 Å / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASES位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2AJT

2ajt


解像度: 3.232→44.849 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.5237 / SU ML: 0.85 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 50.03 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4316 2404 5.06 %
Rwork0.3143 --
obs0.3203 47536 99.11 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 265.02 Å2 / Biso mean: 80.7835 Å2 / Biso min: 13.76 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.232→44.849 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18516 0 0 0 18516
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01118784
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.62225428
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1012956
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0063298
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.2525878
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 17

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.2316-3.29750.48381330.36462255238886
3.2975-3.36920.47121460.352526322778100
3.3692-3.44750.44981500.323226392789100
3.4475-3.53370.43641350.311926292764100
3.5337-3.62920.45241360.308926672803100
3.6292-3.73590.4471480.295526272775100
3.7359-3.85650.43891450.295226612806100
3.8565-3.99420.42781230.308126522775100
3.9942-4.1540.50991400.330626622802100
4.154-4.34290.47041430.32726642807100
4.3429-4.57170.40161320.294526782810100
4.5717-4.85780.43631470.291426652812100
4.8578-5.23240.42321360.306326912827100
5.2324-5.7580.49321350.354927032838100
5.758-6.58890.49391450.353227312876100
6.5889-8.29270.39891490.3227302879100
8.2927-44.85380.37151610.29082846300799

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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