[日本語] English
万見
- PDB-4lqk: Structure of the vaccinia virus NF- B antagonist A46 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lqk
タイトルStructure of the vaccinia virus NF- B antagonist A46
要素Protein A46
キーワードVIRAL PROTEIN / Bcl-2-like fold
機能・相同性
機能・相同性情報


extrinsic component of cytoplasmic side of plasma membrane / protein sequestering activity / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / symbiont-mediated suppression of host NF-kappaB cascade
類似検索 - 分子機能
dsDNA poxvirus / Poxvirus Bcl-2-like / Poxvirus domain superfamily / Poxvirus Bcl-2-like proteins / Apoptosis Regulator Bcl-x / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
BROMIDE ION / Protein OPG176
類似検索 - 構成要素
生物種Vaccinia virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.99 Å
データ登録者Grishkovskaya, I. / Fedosyuk, S. / Skern, T. / Djinovic-Carugo, K.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Characterization and Structure of the Vaccinia Virus NF-kappa B Antagonist A46.
著者: Fedosyuk, S. / Grishkovskaya, I. / de Almeida Ribeiro, E. / Skern, T.
履歴
登録2013年7月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年12月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年3月5日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.32019年7月17日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.classification / _software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42019年8月14日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.52024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
C: Protein A46
D: Protein A46
A: Protein A46
B: Protein A46
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,1567
ポリマ－67,0304
非ポリマー1263
水4,125229
1
C: Protein A46
D: Protein A46
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,5383
ポリマ－33,5152
非ポリマー231
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1520 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area13130 Å2
手法PISA
2
A: Protein A46
B: Protein A46
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,6184
ポリマ－33,5152
非ポリマー1032
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1680 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area13040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.114, 107.633, 137.899
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11D-409-

HOH

21D-436-

HOH

31B-412-

HOH

41B-442-

HOH

詳細2 dimers molecules present in asymmetric unit between monomers C and D; and A and B

-
要素

#1: タンパク質
Protein A46


分子量: 16757.527 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 87-229 / 変異: C205S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vaccinia virus (ウイルス) / 株: Western Reserve / 遺伝子: VACWR172, A46R / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P26672
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-BR / BROMIDE ION


分子量: 79.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 229 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.51 %
結晶化温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: 100 mM bis-tris-propane pH 7.5, 150 mM NaBr, 18% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, temperature 295.15K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年2月14日
放射モノクロメーター: Si(311) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.99→75.924 Å / Num. all: 54679 / Num. obs: 54421 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.9 % / Biso Wilson estimate: 24.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.163 / Net I/σ(I): 10.4
反射 シェル解像度: 1.99→2.04 Å / 冗長度: 7.8 % / Rmerge(I) obs: 1.809 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique all: 3762 / % possible all: 92.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxCuBEデータ収集
SHELXCD位相決定
SHELXEモデル構築
REFMAC5.7.0032精密化
PHENIX精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.99→42.46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 3.731 / SU ML: 0.101 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): 0 / ESU R: 0.151 / ESU R Free: 0.134 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21872 2759 5.1 %RANDOM
Rwork0.1969 ---
obs0.19803 51639 99.48 %-
all-54679 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.764 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.36 Å20 Å2-0 Å2
2---0.22 Å2-0 Å2
3----0.15 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.99→42.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4352 0 3 229 4584
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_refined_d0.0080.0194549
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_other_d0.0010.024391
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_refined_deg1.2021.9776152
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_other_deg0.749310134
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_1_deg4.675570
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_2_deg34.26923.704216
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_3_deg13.91215829
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_4_deg19.0211531
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0650.2697
X-RAY DIFFRACTIONf_gen_planes_refined0.0040.025064
X-RAY DIFFRACTIONf_gen_planes_other0.0010.021063
X-RAY DIFFRACTIONf_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONf_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONf_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONf_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONf_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONf_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONf_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONf_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONf_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONf_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONf_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONf_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONf_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONf_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONf_mcbond_it1.6862.9212175
X-RAY DIFFRACTIONf_mcbond_other1.6842.922174
X-RAY DIFFRACTIONf_mcangle_it2.6414.372723
X-RAY DIFFRACTIONf_mcangle_other2.6414.3712724
X-RAY DIFFRACTIONf_scbond_it2.1753.1672374
X-RAY DIFFRACTIONf_scbond_other2.1743.1652372
X-RAY DIFFRACTIONf_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONf_scangle_other3.4894.6443410
X-RAY DIFFRACTIONf_long_range_B_refined5.01523.3775541
X-RAY DIFFRACTIONf_long_range_B_other4.93123.2465496
X-RAY DIFFRACTIONf_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONf_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONf_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.992→2.044 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.349 159 -
Rwork0.31 3577 -
obs--93.59 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る