PDB-4lq8: Rickettsia rickettsii cell surface antigen 4 (sca4) head domain (...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4lq8

タイトル

Rickettsia rickettsii cell surface antigen 4 (sca4) head domain (residues 21-360)

要素

Sca-family protein

キーワード

CELL ADHESION

機能・相同性

Rickettsia surface antigen, 120kDa / 120 KDa Rickettsia surface antigen / cytoplasm / Antigenic heat-stable 120 kDa protein / Antigenic heat-stable 120 kDa protein

機能・相同性情報

生物種

Rickettsia rickettsii (ロッキー山紅斑熱リケッチア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Lee, J.H. / Vonrhein, C. / Bricogne, G. / Izard, T.

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2013
タイトル: Crystal structure of the N-terminal domains of the surface cell antigen 4 of Rickettsia.
著者: Lee, J.H. / Vonrhein, C. / Bricogne, G. / Izard, T.

履歴

登録	2013年7月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年8月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年10月23日	Group: Database references
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4lq8.cif.gz	243.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4lq8.ent.gz	197.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4lq8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4lq8_validation.pdf.gz	430.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4lq8_full_validation.pdf.gz	433.6 KB	表示
XML形式データ	4lq8_validation.xml.gz	24.3 KB	表示
CIF形式データ	4lq8_validation.cif.gz	35.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lq/4lq8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lq/4lq8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3h2u 3h2v 3smx PDB 未公開エントリ 3vf0 3zzy 3zzz
類似構造データ	4kd1-d 3qqk-d 1yjk-d 3r7e-d 5tnz-d 2cfv-d 6nck-d 3mih-d 1h0v-d 3qru-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Sca-family protein

B: Sca-family protein

75.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Sca-family protein

ソフトウェアが定義した集合体
37.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Sca-family protein

ソフトウェアが定義した集合体
37.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	98.152, 98.152, 155.526
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	170
Space group name H-M	P6₅

詳細

THE AUTHOR STATES THAT THE BIOLOGICAL UNIT OF THIS PROTEIN IS UNKNOWN.

#1: タンパク質	Sca-family protein 分子量: 37673.852 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 38-349 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Rickettsia rickettsii (ロッキー山紅斑熱リケッチア) 遺伝子: sca4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-DE3 / 参照: UniProt: E3T8S6, UniProt: B0BXR4*PLUS
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 259 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 61 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 1.8M sodium malonate (pH 6), 5% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年3月31日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 40961 / % possible obs: 95.4 % / 冗長度: 3.5 % / B_iso Wilson estimate: 35.92 Å² / R_merge(I) obs: 0.075 / R_sym value: 0.075 / Net I/σ(I): 16.2

-
解析

ソフトウェア

名称: BUSTER / バージョン: 2.13.0 / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.2→49.08 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9459 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9331 / SU R Cruickshank DPI: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2139	2050	5 %	RANDOM
R_work	0.1781	-	-	-
obs	0.1799	40960	95.24 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.63 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.2878 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.2878 Å²	0 Å²
3-	-	-	4.5757 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.251 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→49.08 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4628	0	0	259	4887

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	4715	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.08	6361	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		1699	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		151	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		659	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		4715	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	3.33
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	16.23
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		639	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies		2	HARMONIC	1
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		5561	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.26 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2676	132	4.52 %
R_work	0.2209	2790	-
all	0.223	2922	-
obs	-	-	95.24 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.586	-0.7415	-0.2822	0.7545	0.2045	1.0927	0.0032	-0.0019	-0.1177	0.0106	-0.0612	0.1275	-0.0143	-0.0205	0.058	-0.1504	-0.0045	0.0038	-0.1164	-0.0413	-0.1588	22.2903	65.3165	21.993
2	1.2116	-0.4139	0.2122	0.7068	-0.1144	1.2963	-0.0059	-0.0343	0.107	-0.0421	0.0052	0.0005	-0.0893	0.0564	0.0008	-0.0997	-0.0205	-0.0182	-0.1539	0.0006	-0.1731	8.7776	31.7394	-9.6116

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|49 - A\|360 }	A	49 - 360
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B\|49 - B\|359 }	B	49 - 359

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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