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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4lpu | ||||||
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タイトル | Crystal structure of TENCON variant P40AR2-32R2 | ||||||
要素 | TENCON variant P40AR2-32R2 | ||||||
キーワード | DE NOVO PROTEIN / fibronectin type III fold / alternate scaffold | ||||||
機能・相同性 | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | artificial gene (人工物) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.4 Å | ||||||
データ登録者 | Teplyakov, A. / Obmolova, G. / Gilliland, G.L. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proteins / 年: 2014 タイトル: C-terminal beta-strand swapping in a consensus-derived fibronectin Type III scaffold. 著者: Teplyakov, A. / Obmolova, G. / Malia, T.J. / Luo, J. / Jacobs, S.A. / Chan, W. / Domingo, D. / Baker, A. / O'Neil, K.T. / Gilliland, G.L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4lpu.cif.gz | 46.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4lpu.ent.gz | 33.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4lpu.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lp/4lpu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lp/4lpu | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10988.093 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) artificial gene (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.06 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M MES, pH 6.5, 25% PEG3000, 0.2 M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 95 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月17日 / 詳細: VARIMAX HF |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.4→30 Å / Num. all: 3822 / Num. obs: 3822 / % possible obs: 93.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 16.4 % / Biso Wilson estimate: 66.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.101 |
反射 シェル | 解像度: 3.4→3.5 Å / 冗長度: 12 % / Rmerge(I) obs: 0.475 / % possible all: 65.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 3TES 解像度: 3.4→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.886 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.834 / SU B: 40.959 / SU ML: 0.643 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.719 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 64.6 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.4→15 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.4→3.484 Å / Total num. of bins used: 20
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