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- PDB-4lpq: Crystal structure of the L,D-transpeptidase (residues 123-326) fr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lpq
タイトルCrystal structure of the L,D-transpeptidase (residues 123-326) from Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894
要素ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein
キーワードTRANSFERASE / MCSG / LD-transpeptidase / Structural Genomics / Midwest Center for Structural Genomics / L / D-transpeptidase / PSI-Biology
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidoglycan-protein cross-linking / peptidoglycan L,D-transpeptidase activity / cell wall organization / regulation of cell shape / transferase activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Muramoyl-pentapeptide Carboxypeptidase; domain 1 / PGBD-like superfamily/PGBD / PGBD superfamily / L,D-transpeptidase catalytic domain-like / L,D-transpeptidase catalytic domain-like / : / L,D-transpeptidase (L,D-TPase) catalytic domain profile. / L,D-transpeptidase catalytic domain / L,D-transpeptidase catalytic domain-like / L,D-transpeptidase catalytic domain ...Muramoyl-pentapeptide Carboxypeptidase; domain 1 / PGBD-like superfamily/PGBD / PGBD superfamily / L,D-transpeptidase catalytic domain-like / L,D-transpeptidase catalytic domain-like / : / L,D-transpeptidase (L,D-TPase) catalytic domain profile. / L,D-transpeptidase catalytic domain / L,D-transpeptidase catalytic domain-like / L,D-transpeptidase catalytic domain / Peptidoglycan binding-like / Putative peptidoglycan binding domain / PGBD-like superfamily / Beta Barrel / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein
類似検索 - 構成要素
生物種Xylanimonas cellulosilytica (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.37 Å
データ登録者Nocek, B. / Bigelow, L. / Endres, M. / Babnigg, G. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the L,D-transpeptidase (residues 123-326) from Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894
著者: Nocek, B. / Bigelow, L. / Endres, M. / Babnigg, G. / Joachimiak, A.
履歴
登録2013年7月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,1715
ポリマ－23,0291
非ポリマー1424
水4,918273
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.849, 62.849, 167.210
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-750-

HOH

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要素

#1: タンパク質 ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein


分子量: 23028.896 Da / 分子数: 1 / 変異: V323T / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xylanimonas cellulosilytica (バクテリア)
株: DSM 15894 / CECT 5975 / LMG 20990 / XIL07 / 遺伝子: Xcel_0604 / プラスミド: pMCSG68 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: D1BWR1
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 273 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.69 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 30% Peg6000, 1M Lithium Chloride, 0.1 M Sodium acetate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年2月25日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.37→23.62 Å / Num. all: 71690 / Num. obs: 69682 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 29
反射 シェル解像度: 1.37→1.39 Å / % possible all: 87

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000位相決定
MLPHARE位相決定
直接法モデル構築
ARP/wARPモデル構築
CCP$モデル構築
REFMAC5.7.0029精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
直接法位相決定
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.37→23.61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.982 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.979 / SU B: 1.195 / SU ML: 0.021 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.034 / ESU R Free: 0.035 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THERE IS UNIDENTIFY DENSITY AROUND RESIDUE W162. WE WERE UNABLE TO ASSIGN IT THEREFORE IT WAS LEFT UNMODELED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.14555 3516 5.1 %RANDOM
Rwork0.12187 ---
obs0.1231 66080 97.73 %-
all-69597 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.404 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.06 Å20 Å20 Å2
2--0.06 Å20 Å2
3----0.12 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.37→23.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1570 0 4 273 1847
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0240.0191662
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021530
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1761.962277
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.96933519
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.935221
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.15422.56874
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.84315232
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.2631515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1220.2240
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.0211940
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02405
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr6.61133192
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free31.63554
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded16.16453413
LS精密化 シェル解像度: 1.371→1.407 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.274 236 -
Rwork0.24 4574 -
obs--93.18 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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