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- PDB-4lpa: Crystal structure of a Cdc6 phosphopeptide in complex with Cks1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lpa
タイトルCrystal structure of a Cdc6 phosphopeptide in complex with Cks1
要素Cyclin-dependent kinases regulatory subunit
キーワードPROTEIN BINDING / TRANSFERASE REGULATOR / Phospho-protein
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of cell cycle G1/S phase transition / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activator activity / SCF ubiquitin ligase complex / protein kinase activator activity / cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex / regulation of mitotic cell cycle / ubiquitin binding / histone binding / cell division / regulation of transcription by RNA polymerase II ...regulation of cell cycle G1/S phase transition / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activator activity / SCF ubiquitin ligase complex / protein kinase activator activity / cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex / regulation of mitotic cell cycle / ubiquitin binding / histone binding / cell division / regulation of transcription by RNA polymerase II / protein kinase binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cyclin-Dependent Kinase Subunit Type 2 / Cyclin-dependent kinase, regulatory subunit / Cyclin-dependent kinase, regulatory subunit / Cyclin-dependent kinase, regulatory subunit superfamily / Cyclin-dependent kinase regulatory subunit / Cyclin-dependent kinases regulatory subunits signature 1. / Cyclin-dependent kinases regulatory subunits signature 2. / Cyclin-dependent kinase regulatory subunit / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cyclin-dependent kinases regulatory subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者McGrath, D.A. / Balog, E.R.M. / Koivomagi, M. / Lucena, R. / Mai, M.V. / Hirschi, A. / Kellogg, D.R. / Loog, M. / Rubin, S.M.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2013
タイトル: Cks confers specificity to phosphorylation-dependent CDK signaling pathways.
著者: McGrath, D.A. / Balog, E.R. / Koivomagi, M. / Lucena, R. / Mai, M.V. / Hirschi, A. / Kellogg, D.R. / Loog, M. / Rubin, S.M.
履歴
登録2013年7月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年2月5日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cyclin-dependent kinases regulatory subunit
B: Cyclin-dependent kinases regulatory subunit
C: Cyclin-dependent kinases regulatory subunit
D: Cyclin-dependent kinases regulatory subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,0484
ポリマ－57,0484
非ポリマー00
水93752
1
A: Cyclin-dependent kinases regulatory subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,2621
ポリマ－14,2621
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Cyclin-dependent kinases regulatory subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,2621
ポリマ－14,2621
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Cyclin-dependent kinases regulatory subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,2621
ポリマ－14,2621
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Cyclin-dependent kinases regulatory subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,2621
ポリマ－14,2621
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
A: Cyclin-dependent kinases regulatory subunit
B: Cyclin-dependent kinases regulatory subunit

C: Cyclin-dependent kinases regulatory subunit
D: Cyclin-dependent kinases regulatory subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,0484
ポリマ－57,0484
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_454y-1/2,-x+1/2,z-1/41
Buried area5950 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area25350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.690, 84.690, 239.930
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質
Cyclin-dependent kinases regulatory subunit / Cell division control protein CKS1


分子量: 14261.974 Da / 分子数: 4
断片: Cyclin-dependent kinases regulatory subunit (unp residues 1-113)
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: CKS1, YBR1011, YBR135W / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P20486
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.38 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 400mM potassium sodium tartrate, 0.1M MES, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月5日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→59.98 Å / Num. all: 20290 / Num. obs: 20254 / % possible obs: 99.79 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Rmerge(I) obs: 0.0463 / Net I/σ(I): 12.65
反射 シェル解像度: 2.9→3.004 Å / Rmerge(I) obs: 0.2598 / Mean I/σ(I) obs: 3.57 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
JBluIce-EPICSデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALEITデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1QB3

1qb3


解像度: 2.9→58.147 Å / SU ML: 0.43 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 31.86 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2814 1993 9.9 %
Rwork0.2448 --
obs0.2485 20140 99.59 %
all-20290 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→58.147 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3772 0 0 52 3824
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0113916
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3885332
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.2041480
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.058552
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009692
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9002-2.97270.37921370.32511257X-RAY DIFFRACTION100
2.9727-3.05310.32511410.33431275X-RAY DIFFRACTION100
3.0531-3.14290.38781380.31921263X-RAY DIFFRACTION99
3.1429-3.24430.33981390.29021258X-RAY DIFFRACTION99
3.2443-3.36030.30981380.27741262X-RAY DIFFRACTION100
3.3603-3.49480.31881400.26431269X-RAY DIFFRACTION100
3.4948-3.65380.28651400.25381276X-RAY DIFFRACTION100
3.6538-3.84640.2841440.24221303X-RAY DIFFRACTION100
3.8464-4.08740.28461370.23561276X-RAY DIFFRACTION100
4.0874-4.40290.26051430.20231290X-RAY DIFFRACTION100
4.4029-4.84580.22961430.18941300X-RAY DIFFRACTION99
4.8458-5.54650.22691460.21291325X-RAY DIFFRACTION100
5.5465-6.98610.30781480.26621343X-RAY DIFFRACTION100
6.9861-58.15860.25261590.24441450X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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