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- PDB-4lor: C1s CUB1-EGF-CUB2 in complex with a collagen-like peptide from C1q -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lor
タイトルC1s CUB1-EGF-CUB2 in complex with a collagen-like peptide from C1q
要素
  • Complement C1s subcomponent heavy chain
  • collagen-like peptide from C1q
キーワードHYDROLASE/protein binding / CUB domain / EGF-like domain / protein collagen complex / C1 complex / HYDROLASE-protein binding complex
機能・相同性
機能・相同性情報


complement subcomponent C_overbar_1s_ / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / complement activation, classical pathway / Regulation of Complement cascade / blood microparticle / innate immune response / serine-type endopeptidase activity / calcium ion binding / proteolysis ...complement subcomponent C_overbar_1s_ / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / complement activation, classical pathway / Regulation of Complement cascade / blood microparticle / innate immune response / serine-type endopeptidase activity / calcium ion binding / proteolysis / extracellular space / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Spermadhesin, CUB domain / Peptidase S1A, complement C1r/C1S/mannan-binding / CUB domain / Domain first found in C1r, C1s, uEGF, and bone morphogenetic protein. / CUB domain / CUB domain profile. / Spermadhesin, CUB domain superfamily / Sushi repeat (SCR repeat) / Domain abundant in complement control proteins; SUSHI repeat; short complement-like repeat (SCR) / Sushi/SCR/CCP domain ...Spermadhesin, CUB domain / Peptidase S1A, complement C1r/C1S/mannan-binding / CUB domain / Domain first found in C1r, C1s, uEGF, and bone morphogenetic protein. / CUB domain / CUB domain profile. / Spermadhesin, CUB domain superfamily / Sushi repeat (SCR repeat) / Domain abundant in complement control proteins; SUSHI repeat; short complement-like repeat (SCR) / Sushi/SCR/CCP domain / Sushi/CCP/SCR domain profile. / Sushi/SCR/CCP superfamily / Laminin / Laminin / Coagulation Factor Xa inhibitory site / EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. / Aspartic acid and asparagine hydroxylation site. / EGF-like calcium-binding domain / Calcium-binding EGF-like domain / Ribbon / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Jelly Rolls / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Complement C1s subcomponent
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Wallis, R. / Venkatraman Girija, U. / Moody, P.C.E. / Marshall, J.E.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: Structural basis of the C1q/C1s interaction and its central role in assembly of the C1 complex of complement activation.
著者: Venkatraman Girija, U. / Gingras, A.R. / Marshall, J.E. / Panchal, R. / Sheikh, M.A. / Gal, P. / Schwaeble, W.J. / Mitchell, D.A. / Moody, P.C. / Wallis, R.
履歴
登録2013年7月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年8月28日Group: Database references
改定 1.22013年9月4日Group: Database references
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Complement C1s subcomponent heavy chain
B: collagen-like peptide from C1q
C: collagen-like peptide from C1q
D: collagen-like peptide from C1q
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,94210
ポリマ－38,5554
非ポリマー3876
水81145
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5480 Å2
ΔGint-75 kcal/mol
Surface area19050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.353, 71.173, 98.393
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 111.120, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド / 糖 , 3種, 5分子 ABCD

#1: タンパク質 Complement C1s subcomponent heavy chain / C1 esterase / Complement component 1 subcomponent s


分子量: 31115.492 Da / 分子数: 1 / 断片: CUB1-EGF-CUB2 fragment (unp residues 17-292) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: C1S
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P09871, complement subcomponent C_overbar_1s_
#2: タンパク質・ペプチド collagen-like peptide from C1q


分子量: 2479.700 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 50分子

#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.3 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 100 mM Tris, 100 mM NaBr, 24% PEG 3350 , pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→48.57 Å / Num. all: 14978 / Num. obs: 14918 / % possible obs: 93.2 % / Observed criterion σ(I): 2.7 / Biso Wilson estimate: 47.37 Å2
反射 シェル解像度: 2.5→2.69 Å / % possible all: 86.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.8.2_1309精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
StructureStudioデータ収集
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→48.57 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.7772 / SU ML: 0.4 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.92 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.252 743 4.99 %
Rwork0.1958 --
obs0.1986 14886 92.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 122.12 Å2 / Biso mean: 47.7734 Å2 / Biso min: 17.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→48.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2628 0 19 45 2692
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0022758
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7413761
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044387
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003501
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.3731027
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.5001-2.69310.38661290.28882623275287
2.6931-2.96410.31941620.24662976313897
2.9641-3.39290.26891870.22282902308997
3.3929-4.27430.21581330.17572766289991
4.2743-48.5810.22341320.16692876300892
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.03590.38580.34351.14950.73340.54740.21120.25190.3380.1014-0.08260.0047-0.339-0.144700.33270.09230.01760.22220.03810.23710.3823-13.941658.0708
21.6440.9431-1.23471.1251-0.13441.15940.05070.8329-0.4749-0.2289-0.20950.04630.1968-0.4654-0.02290.3940.0734-0.0340.4567-0.04550.3993-4.4814-22.305855.4996
30.22150.1218-0.53850.31110.25860.6564-0.13240.2827-0.0184-0.06580.03350.06750.1051-0.4558-00.35070.0294-0.04030.41660.030.271211.5629-18.367838.7099
41.8487-0.57880.61312.297-0.93413.73610.0431-0.0648-0.19090.1383-0.2975-0.32940.04920.03260.00020.2917-0.02690.00150.2362-0.00070.311323.8413-17.1772-0.8094
52.27911.4941-0.01071.96210.83511.90620.1260.18350.1308-0.16490.11450.12610.1634-0.60520.00510.2450.0318-0.01770.27260.01520.264519.5582-16.8864-4.4298
60.4505-0.18520.7050.0755-0.29661.17030.25210.1847-0.04790.13880.055-0.10820.25470.35040.43360.44920.02610.5880.3686-0.38530.9069-15.8906-39.944262.614
70.0714-0.0408-0.10770.9936-0.14550.2397-0.3189-0.19360.36680.0228-0.0220.1909-0.3466-0.4281-0.38190.78550.19240.21360.7254-0.42720.9762-31.3664-13.733373.4046
80.6156-0.70750.42071.01810.16011.84110.6602-0.4625-0.08170.5464-0.14690.3471.0288-0.5770.27980.75220.0703-0.0570.4169-0.13460.6717-15.8523-36.848664.5701
90.3516-0.5131-0.79531.92341.34911.7985-0.34160.5076-1.2201-0.1828-0.2067-0.16150.2853-0.0339-0.76130.15210.09270.0830.7297-0.410.9429-35.2985-11.668271.7893
100.21260.766-0.48852.7578-1.76661.13220.3230.2240.16890.33150.58740.39540.15770.14470.790.58810.0890.23790.4535-0.29770.5474-11.1621-49.580661.3875
110.0540.1540.09060.43840.26820.5316-0.5485-0.1012-0.83380.1005-0.2120.28810.5787-0.142-0.71310.75030.15440.40950.36840.0160.7648-20.5811-32.494568.2401
120.759-0.0630.11270.5665-0.29370.38810.00040.05470.33480.1458-0.19460.4148-0.3055-0.4922-0.67210.39270.35580.23990.8085-0.1540.7488-31.1473-12.03269.9291
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 44 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 45 through 96 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 97 through 158 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 159 through 221 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 222 through 277 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 4 through 17 )B0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 18 through 26 )B0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 4 through 17 )C0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 18 through 26 )C0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'D' and (resid 2 through 8 )D0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 9 through 15 )D0
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 16 through 24 )D0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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