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- PDB-4lok: Crystal structure of mSting in complex with c[G(3',5')pA(3',5')p] -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lok
タイトルCrystal structure of mSting in complex with c[G(3',5')pA(3',5')p]
要素Stimulator of interferon genes protein
キーワードIMMUNE SYSTEM / innate immunity
機能・相同性
機能・相同性情報


STING mediated induction of host immune responses / STAT6-mediated induction of chemokines / IRF3-mediated induction of type I IFN / STING complex / Regulation of innate immune responses to cytosolic DNA / protein localization to endoplasmic reticulum / 2',3'-cyclic GMP-AMP binding / cyclic-di-GMP binding / positive regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / proton channel activity ...STING mediated induction of host immune responses / STAT6-mediated induction of chemokines / IRF3-mediated induction of type I IFN / STING complex / Regulation of innate immune responses to cytosolic DNA / protein localization to endoplasmic reticulum / 2',3'-cyclic GMP-AMP binding / cyclic-di-GMP binding / positive regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / proton channel activity / cGAS/STING signaling pathway / regulation of metabolic process / reticulophagy / cellular response to exogenous dsRNA / protein complex oligomerization / positive regulation of macroautophagy / autophagosome membrane / autophagosome assembly / positive regulation of type I interferon production / cellular response to interferon-beta / signaling adaptor activity / positive regulation of defense response to virus by host / antiviral innate immune response / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / activation of innate immune response / autophagosome / positive regulation of interferon-beta production / peroxisome / regulation of gene expression / regulation of inflammatory response / defense response to virus / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / mitochondrial outer membrane / endosome / ciliary basal body / Golgi membrane / lysosomal membrane / innate immune response / ubiquitin protein ligase binding / endoplasmic reticulum membrane / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #5200 / Stimulator of interferon genes protein / : / STING transmembrane domain / : / : / Stimulator of interferon genes protein / Stimulator of interferon genes protein, C-terminal domain superfamily / STING ligand-binding domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #5200 / Stimulator of interferon genes protein / : / STING transmembrane domain / : / : / Stimulator of interferon genes protein / Stimulator of interferon genes protein, C-terminal domain superfamily / STING ligand-binding domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1YD / Stimulator of interferon genes protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.07 Å
データ登録者Gao, P. / Patel, D.J.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2013
タイトル: Structure-Function Analysis of STING Activation by c[G(2',5')pA(3',5')p] and Targeting by Antiviral DMXAA.
著者: Gao, P. / Ascano, M. / Zillinger, T. / Wang, W. / Dai, P. / Serganov, A.A. / Gaffney, B.L. / Shuman, S. / Jones, R.A. / Deng, L. / Hartmann, G. / Barchet, W. / Tuschl, T. / Patel, D.J.
履歴
登録2013年7月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月2日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Stimulator of interferon genes protein
B: Stimulator of interferon genes protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,7653
ポリマ－43,0912
非ポリマー6741
水2,504139
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3670 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area16130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.385, 47.379, 156.201
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Stimulator of interferon genes protein / mSTING / Endoplasmic reticulum interferon stimulator / ERIS / Mediator of IRF3 activation / MMITA / ...mSTING / Endoplasmic reticulum interferon stimulator / ERIS / Mediator of IRF3 activation / MMITA / Transmembrane protein 173


分子量: 21545.457 Da / 分子数: 2 / 断片: c-di-GMP-binding domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Tmem173, Eris Mita, Mpys, Sting / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q3TBT3
#2: 化合物 ChemComp-1YD / 2-amino-9-[(2R,3R,3aR,5S,7aS,9R,10R,10aR,12R,14aS)-9-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,5,10,12-tetrahydroxy-5,12-dioxidooctahydro-2H,7H-difuro[3,2-d:3',2'-j][1,3,7,9,2,8]tetraoxadiphosphacyclododecin-2-yl]-1,9-dihydro-6H-purin-6-one


分子量: 674.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H24N10O13P2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 139 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.24 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.2 M sodium formate, 20% PEG3350, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月13日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.07→50 Å / Num. all: 20709 / Num. obs: 20191 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 2.07→2.14 Å / % possible all: 94.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.07→45.38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 12.297 / SU ML: 0.145 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.197 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.236 1070 5 %RANDOM
Rwork0.177 ---
obs0.18 20191 97.1 %-
all-20709 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 42.52 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.56 Å20 Å20 Å2
2--2.67 Å20 Å2
3----0.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.07→45.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2901 0 45 139 3085
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.023066
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022884
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8432.0124172
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2543.0116594
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2845360
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.32423.462156
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.33415512
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.5551532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1220.2458
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0213470
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02748
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr12.14535950
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free10.454551
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded19.32255970
LS精密化 シェル解像度: 2.07→2.12 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.297 62 -
Rwork0.236 1361 -
obs--90.23 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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