PDB-4lo1: HA17-HA33-Gal

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4lo1

タイトル

HA17-HA33-Gal

要素

HA-17
HA-33

キーワード

PROTEIN TRANSPORT / progenitor toxin complex / botulinum neurotoxin / botulism / neurotoxin associated protein / hemagglutinin / carbohydrate/sugar binding / secreted protein

機能・相同性

機能・相同性情報

Toxicity of botulinum toxin type B (botB) / Toxicity of botulinum toxin type A (botA)
類似検索 - 分子機能

生物種

Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.254 Å

データ登録者

Lee, K. / Gu, S. / Jin, L. / Le, T.T. / Cheng, L.W. / Strotmeier, J. / Kruel, A.M. / Yao, G. / Perry, K. / Rummel, A. / Jin, R.

引用

ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2013
タイトル: Structure of a bimodular botulinum neurotoxin complex provides insights into its oral toxicity.
著者: Kwangkook Lee / Shenyan Gu / Lei Jin / Thi Tuc Nghi Le / Luisa W Cheng / Jasmin Strotmeier / Anna Magdalena Kruel / Guorui Yao / Kay Perry / Andreas Rummel / Rongsheng Jin /

要旨: Botulinum neurotoxins (BoNTs) are produced by Clostridium botulinum and cause the fatal disease botulism, a flaccid paralysis of the muscle. BoNTs are released together with several auxiliary ...

履歴

登録	2013年7月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年10月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月15日	Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / Item: _software.name
改定 1.2	2020年7月29日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_ref_seq_dif.details 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4lo1.cif.gz	311.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4lo1.ent.gz	255.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4lo1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4lo1_validation.pdf.gz	463.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4lo1_full_validation.pdf.gz	468.6 KB	表示
XML形式データ	4lo1_validation.xml.gz	28.4 KB	表示
CIF形式データ	4lo1_validation.cif.gz	40 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lo/4lo1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lo/4lo1	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2416C 2417C 4lo0C 4lo2C 4lo3C 4lo4C 4lo5C 4lo6C 4lo7C 4lo8C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4lo3-d 4lo2-d 4lo0-d 5bqu-d 5bp5-d 4lo7-4 4lo7-6 6zys-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#76 - 2006年4月赤血球凝集素 (Hemagglutinin) 類似性 (1) #161 - 2013年5月リシン (Ricin) 類似性 (4) #167 - 2013年11月 SNAREタンパク質 (SNARE Proteins) 類似性 (1) #156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (1) #69 - 2005年9月コレラ毒素 (Cholera Toxin) 類似性 (4) #198 - 2016年6月 β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#76 - 2006年4月
赤血球凝集素 (Hemagglutinin)
類似性 (1)
#161 - 2013年5月
リシン (Ricin)
類似性 (4)
#167 - 2013年11月
SNAREタンパク質 (SNARE Proteins)
類似性 (1)
#156 - 2012年12月
ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases)
類似性 (1)
#69 - 2005年9月
コレラ毒素 (Cholera Toxin)
類似性 (4)
#198 - 2016年6月
β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: HA-33

C: HA-17

B: HA-33

ヘテロ分子

85.6 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	107.131, 118.697, 162.449
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質

HA-33 / HA-33 protein / HA34 / Non-toxin haemagglutinin HA34

分子量: 34081.656 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)
遺伝子: HA-33, ha33, ha34 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q45871

#2: タンパク質

HA-17 / HA-17 protein / HA17 / Ha17 protein / Non-toxin haemagglutinin HA17

分子量: 17069.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)
遺伝子: ha17, HA-17 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q45878

#3: 糖

ChemComp-GAL / beta-D-galactopyranose / beta-D-galactose / D-galactose / galactose / β-D-ガラクトピラノ-ス

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₆H₁₂O₆

識別子	タイプ	プログラム
DGalpb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
b-D-galactopyranose	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-Galp	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
Gal	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 236 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.4 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 6.2 詳細: 0.1 M MES, 0.1 M magnesium chloride, 5% PEG8000, pH 6.2, EVAPORATION, temperature 292.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97921 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月23日
放射	モノクロメーター: Cryo-Cooled double crystal Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97921 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.254→47.9 Å / Num. all: 49045 / Num. obs: 48977 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 14.5
反射シェル	解像度: 2.254→2.4 Å / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.603 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
JBluIce-EPICS		データ収集
PHASES		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.2_869)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.254→36.169 Å / SU ML: 0.83 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.75 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2274	2480	5.06 %	RANDOM
R_work	0.1985	-	-	-
obs	0.1999	48977	99.66 %	-
all	-	49045	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 41.164 Å² / k_sol: 0.343 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	21.0969 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-15.2563 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-5.8406 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.254→36.169 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5845	0	24	236	6105

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	6009
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.768	8202
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.896	2165
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	923
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	1052

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.254-2.297	0.37	165	0.3318	2533	X-RAY DIFFRACTION	99
2.297-2.3439	0.3119	152	0.2914	2542	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3439-2.3948	0.3305	134	0.2925	2534	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3948-2.4505	0.3503	115	0.29	2605	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4505-2.5118	0.3227	118	0.2708	2584	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5118-2.5797	0.3142	125	0.2635	2590	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5797-2.6556	0.3136	145	0.2463	2546	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6556-2.7412	0.2897	142	0.2462	2560	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7412-2.8392	0.2597	154	0.213	2539	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8392-2.9528	0.2238	127	0.196	2602	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9528-3.0871	0.2052	106	0.1946	2584	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0871-3.2498	0.2283	138	0.19	2584	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2498-3.4532	0.19	144	0.2007	2584	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4532-3.7196	0.2471	124	0.1924	2597	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7196-4.0935	0.2038	152	0.1779	2578	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0935-4.6847	0.1689	154	0.1428	2599	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6847-5.8981	0.2043	141	0.1648	2636	X-RAY DIFFRACTION	100
5.8981-36.1738	0.204	144	0.1957	2700	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0496	-0.0048	-0.3356	4.5695	1.8354	5.1218	0.0588	0.0223	-0.0716	0.113	-0.0855	0.0581	0.3519	-0.0267	-0.0087	0.1445	0.0077	-0.011	0.2403	0.0222	0.2576	36.4222	-12.8812	47.8456
2	7.1585	-0.774	0.6474	5.0219	0.8028	6.02	0.2093	0.8691	0.0555	-0.6613	0.0505	0.0891	0.1505	-0.107	-0.2774	0.4547	0.0078	-0.0354	0.4056	0.0186	0.3452	40.5238	-25.1809	17.3591
3	6.2483	1.0849	-2.9677	7.6661	-0.8616	3.763	-0.2084	-1.7903	0.0665	0.5844	-0.5876	-0.3956	-0.1933	0.6858	0.5012	0.9051	-0.0404	-0.0731	0.6786	-0.0391	0.3825	47.3595	8.4624	87.0715
4	2.2071	0.6158	-0.4271	1.3733	1.1233	4.9422	0.0819	0.0078	0.6532	0.6378	0.0394	-0.5754	-0.7906	0.7327	-0.1479	0.611	-0.2153	-0.0682	0.4112	-0.0003	0.401	50.5818	16.9494	66.9923
5	2.3574	0.9626	-2.2967	6.6561	-3.0857	5.4321	0.2987	-0.6051	0.5004	0.7163	-0.3911	-0.3994	-1.7211	0.7858	0.0481	0.9582	-0.1877	-0.2076	0.4846	-0.0789	0.4559	47.8261	19.6743	75.8972
6	1.8	-0.3547	0.9828	4.6564	-2.0357	5.6431	-0.4065	-0.4045	0.3985	0.1421	0.3764	0.2746	-0.7606	-0.3782	0.1802	0.7054	0.0359	-0.0242	0.3896	-0.0486	0.2883	39.1991	10.5374	81.3829
7	2.3274	0.8001	0.5253	5.7095	0.6522	4.845	-0.0857	-0.3893	0.3376	1.2019	0.0013	0.0364	-0.7245	-0.1038	0.1224	0.5635	-0.0568	0.0096	0.2782	-0.0191	0.3275	39.3973	12.9182	72.2206
8	7.8263	-0.2082	2.0693	7.796	0.6096	8.8098	-0.1635	-0.298	0.2624	0.3061	-0.1338	0.4752	0.1818	-0.5578	0.1775	0.4225	0.0217	0.0213	0.3178	0.0118	0.2516	37.7969	1.9417	70.8988
9	2.9458	0.1325	0.054	6.9048	-0.6282	5.3751	-0.2051	0.3874	0.1026	-0.1224	0.0248	-0.6561	-0.102	0.464	0.1501	0.2323	-0.0484	0.0068	0.3555	-0.0101	0.2898	46.8101	5.6552	61.5624
10	2.8977	5.1165	1.372	2.0759	2.7013	0.7465	0.3128	-0.214	0.6994	0.6856	-0.4486	-0.6699	-0.1259	0.8679	-0.0662	0.4827	-0.0934	-0.1831	0.5254	0.0069	0.5676	52.3716	9.0079	70.8334
11	3.9007	-0.008	2.1225	2.4415	-0.1958	4.5933	-0.0433	0.2788	0.4609	-0.2682	-0.0945	-0.1358	-0.741	0.2385	0.0997	0.4113	0.018	0.0529	0.2269	0.0427	0.3243	36.3782	18.7398	39.3345
12	1.8046	-0.9513	1.5689	3.0718	-0.9434	5.1794	0.0081	-0.0754	0.0191	-0.0125	-0.0169	0.223	-0.2307	-0.341	0.0196	0.2239	0.0106	0.0431	0.2393	0.0143	0.3247	31.3272	10.3427	44.9776
13	6.4818	-2.0892	0.4596	4.0426	1.363	4.1528	1.0903	1.4754	-0.9525	-1.0067	-0.9981	0.4307	0.5345	-0.0684	-0.0113	0.7489	0.3166	-0.1078	0.6738	-0.1977	0.6551	10.9744	14.7243	17.0963
14	5.2068	-3.0246	1.8434	4.5212	0.8704	3.7267	1.5245	1.9666	-0.7239	-1.1788	-1.5304	-0.0852	0.4046	0.3544	-0.1768	1.1056	0.6942	0.0565	1.1021	-0.189	0.7313	18.8726	13.1297	12.492

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 9:150)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 151:294)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'C' and (resseq 3:10)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'C' and (resseq 11:36)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'C' and (resseq 37:50)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'C' and (resseq 51:60)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resseq 61:96)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resseq 97:109)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resseq 110:136)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resseq 137:146)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resseq 10:94)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resseq 95:150)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resseq 151:222)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resseq 223:294)

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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