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- PDB-4ln8: The crystal structure of hemagglutinin from a h7n9 influenza viru... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ln8
タイトルThe crystal structure of hemagglutinin from a h7n9 influenza virus (a/shanghai/2/2013) in complex with lstb
要素(Hemagglutinin) x 2
キーワードVIRAL PROTEIN / RECEPTOR SPECIFICITY
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Hemagglutinin; Chain A, domain 2 / Hemagglutinin Chain A, Domain 2 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B ...Hemagglutinin; Chain A, domain 2 / Hemagglutinin Chain A, Domain 2 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Ribbon / Alpha-Beta Complex / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Yang, H. / Carney, P.J. / Chang, J.C. / Villanueva, J.M. / Stevens, J.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2013
タイトル: Structural Analysis of the Hemagglutinin from the Recent 2013 H7N9 Influenza Virus.
著者: Yang, H. / Carney, P.J. / Chang, J.C. / Villanueva, J.M. / Stevens, J.
履歴
登録2013年7月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月30日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_chiral / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.pdbx_value_order / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年10月9日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Hemagglutinin
B: Hemagglutinin
C: Hemagglutinin
D: Hemagglutinin
E: Hemagglutinin
F: Hemagglutinin
G: Hemagglutinin
H: Hemagglutinin
I: Hemagglutinin
J: Hemagglutinin
K: Hemagglutinin
L: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)348,97039
ポリマ－337,31312
非ポリマー11,65727
水8,071448
1
A: Hemagglutinin
B: Hemagglutinin
C: Hemagglutinin
D: Hemagglutinin
E: Hemagglutinin
F: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)175,42221
ポリマ－168,6576
非ポリマー6,76515
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area38860 Å2
ΔGint-74 kcal/mol
Surface area60210 Å2
手法PISA
2
A: Hemagglutinin
B: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,6367
ポリマ－56,2192
非ポリマー2,4175
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8980 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area24330 Å2
手法PISA
3
C: Hemagglutinin
D: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,4747
ポリマ－56,2192
非ポリマー2,2555
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8660 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area24370 Å2
手法PISA
4
E: Hemagglutinin
F: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,3127
ポリマ－56,2192
非ポリマー2,0935
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8370 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area24350 Å2
手法PISA
5
G: Hemagglutinin
H: Hemagglutinin
ヘテロ分子

I: Hemagglutinin
J: Hemagglutinin
K: Hemagglutinin
L: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)173,54818
ポリマ－168,6576
非ポリマー4,89212
水1086
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation3_555-x,y+1/2,-z+1/21
identity operation1_555x,y,z1
Buried area36600 Å2
ΔGint-112 kcal/mol
Surface area59120 Å2
手法PISA
6
G: Hemagglutinin
H: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,9036
ポリマ－56,2192
非ポリマー1,6854
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8110 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area23880 Å2
手法PISA
7
I: Hemagglutinin
J: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,7416
ポリマ－56,2192
非ポリマー1,5224
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7800 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area23910 Å2
手法PISA
8
K: Hemagglutinin
L: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,9036
ポリマ－56,2192
非ポリマー1,6854
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8040 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area23980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)154.361, 154.441, 154.061
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
12A
22E
13A
23G
14A
24I
15A
25K
16B
26D
17B
27F
18B
28H
19B
29J
110B
210L
111C
211E
112C
212G
113C
213I
114C
214K
115D
215F
116D
216H
117D
217J
118D
218L
119E
219G
120E
220I
121E
221K
122F
222H
123F
223J
124F
224L
125G
225I
126G
226K
127H
227J
128H
228L
129I
229K
130J
230L

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASPASPGLUGLUAA1 - 3165 - 320
21ASPASPGLUGLUCC1 - 3165 - 320
12ASPASPGLUGLUAA1 - 3165 - 320
22ASPASPGLUGLUEE1 - 3165 - 320
13ASPASPGLUGLUAA1 - 3165 - 320
23ASPASPGLUGLUGG1 - 3165 - 320
14ASPASPGLUGLUAA1 - 3165 - 320
24ASPASPGLUGLUII1 - 3165 - 320
15ASPASPGLUGLUAA1 - 3165 - 320
25ASPASPGLUGLUKK1 - 3165 - 320
16ALAALAILEILEBB5 - 1715 - 171
26ALAALAILEILEDD5 - 1715 - 171
17ALAALAILEILEBB5 - 1715 - 171
27ALAALAILEILEFF5 - 1715 - 171
18ALAALAILEILEBB5 - 1715 - 171
28ALAALAILEILEHH5 - 1715 - 171
19ALAALAILEILEBB5 - 1715 - 171
29ALAALAILEILEJJ5 - 1715 - 171
110ALAALAILEILEBB5 - 1715 - 171
210ALAALAILEILELL5 - 1715 - 171
111ASPASPGLUGLUCC1 - 3165 - 320
211ASPASPGLUGLUEE1 - 3165 - 320
112ASPASPGLUGLUCC1 - 3165 - 320
212ASPASPGLUGLUGG1 - 3165 - 320
113ASPASPGLUGLUCC1 - 3165 - 320
213ASPASPGLUGLUII1 - 3165 - 320
114ASPASPGLUGLUCC1 - 3165 - 320
214ASPASPGLUGLUKK1 - 3165 - 320
115ALAALAILEILEDD5 - 1715 - 171
215ALAALAILEILEFF5 - 1715 - 171
116ALAALAILEILEDD5 - 1715 - 171
216ALAALAILEILEHH5 - 1715 - 171
117ALAALAILEILEDD5 - 1715 - 171
217ALAALAILEILEJJ5 - 1715 - 171
118ALAALAILEILEDD5 - 1715 - 171
218ALAALAILEILELL5 - 1715 - 171
119ASPASPGLUGLUEE1 - 3165 - 320
219ASPASPGLUGLUGG1 - 3165 - 320
120ASPASPGLUGLUEE1 - 3165 - 320
220ASPASPGLUGLUII1 - 3165 - 320
121ASPASPGLUGLUEE1 - 3165 - 320
221ASPASPGLUGLUKK1 - 3165 - 320
122ALAALAILEILEFF5 - 1715 - 171
222ALAALAILEILEHH5 - 1715 - 171
123ALAALAILEILEFF5 - 1715 - 171
223ALAALAILEILEJJ5 - 1715 - 171
124ALAALAILEILEFF5 - 1715 - 171
224ALAALAILEILELL5 - 1715 - 171
125ASPASPGLUGLUGG1 - 3165 - 320
225ASPASPGLUGLUII1 - 3165 - 320
126ASPASPGLUGLUGG1 - 3165 - 320
226ASPASPGLUGLUKK1 - 3165 - 320
127ALAALAILEILEHH5 - 1715 - 171
227ALAALAILEILEJJ5 - 1715 - 171
128ALAALAILEILEHH5 - 1715 - 171
228ALAALAILEILELL5 - 1715 - 171
129ASPASPGLUGLUII1 - 3165 - 320
229ASPASPGLUGLUKK1 - 3165 - 320
130ALAALAILEILEJJ5 - 1715 - 171
230ALAALAILEILELL5 - 1715 - 171

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 12分子 ACEGIKBDFHJL

#1: タンパク質
Hemagglutinin


分子量: 35333.891 Da / 分子数: 6 / 断片: HA1 subunit residues 19-339 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Shanghai/02/2013(H7N9) / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: R4NN21*PLUS
#2: タンパク質
Hemagglutinin


分子量: 20884.959 Da / 分子数: 6 / 断片: HA2 subunit residues 340-517 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Shanghai/02/2013(H7N9) / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: R4NN21*PLUS

-
糖 , 6種, 21分子

#3: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 732.682 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_a6-d1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖
beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 beta-D-galactopyranose-(1-3)-[N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D- ...beta-D-galactopyranose-(1-3)-[N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-galactopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 836.744 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGalpb1-3[DNeup5Aca2-6]DGlcpNAcb1-3DGalpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2112h-1b_1-5][a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O]/1-2-1-3/a3-b1_b3-c1_b6-d2WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Galp]{[(3+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][b-D-Galp]{}[(6+2)][a-D-Neup5Ac]{}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 beta-D-galactopyranose-(1-3)-[N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 674.604 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGalpb1-3[DNeup5Aca2-6]DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a2112h-1b_1-5][Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O]/1-2-3/a3-b1_a6-c2WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(3+1)][b-D-Galp]{}[(6+2)][a-D-Neup5Ac]{}}LINUCSPDB-CARE
#7: 多糖 N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 512.463 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DNeup5Aca2-6DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O]/1-2/a6-b2WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1,3-deoxy-GlcpNAc]{[(6+2)][a-D-Neup5Ac]{}}LINUCSPDB-CARE
#9: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 454分子

#8: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 448 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.81 %
結晶化温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 8
詳細: 0.2M CaCl2, 20% PEG3350, pH 8.0, Microbatch, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年7月3日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 8775 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 2.5→2.57 Å / % possible all: 89.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→38.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 22.566 / SU ML: 0.235 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.5 / ESU R: 0.558 / ESU R Free: 0.281 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24574 6301 5 %RANDOM
Rwork0.21715 ---
all0.22 126412 --
obs0.21862 119004 98.19 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 62.627 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.02 Å20 Å20 Å2
2---1.03 Å20 Å2
3---1.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→38.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数22632 0 765 448 23845
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.01923879
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.0222021
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6251.97432311
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9253.00250384
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.58152886
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.76524.5361164
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.358153966
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.8415168
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.23610
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0227093
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.025571
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A188480
12C188480
21A188500
22E188500
31A188260.01
32G188260.01
41A188250.01
42I188250.01
51A188260.01
52K188260.01
61B91570
62D91570
71B91610
72F91610
81B91440.02
82H91440.02
91B91390.02
92J91390.02
101B91410.02
102L91410.02
111C188440
112E188440
121C188240.01
122G188240.01
131C188240.01
132I188240.01
141C188250.01
142K188250.01
151D91600
152F91600
161D91360.02
162H91360.02
171D91360.02
172J91360.02
181D91320.02
182L91320.02
191E188220.01
192G188220.01
201E188220.01
202I188220.01
211E188220.01
212K188220.01
221F91430.02
222H91430.02
231F91430.02
232J91430.02
241F91400.02
242L91400.02
251G188570
252I188570
261G188510
262K188510
271H91640
272J91640
281H91610
282L91610
291I188560
292K188560
301J91580
302L91580
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.415 428 -
Rwork0.339 7949 -
obs--89.86 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.38010.31150.3730.8260.58590.5219-0.09770.1338-0.0632-0.00350.11430.0677-0.06430.173-0.01660.0968-0.01460.04850.1468-0.03780.0452-19.2187-36.576831.3035
21.33320.87390.7750.95770.65290.50990.0769-0.06780.0160.0217-0.0456-0.10710.0177-0.0401-0.03120.0878-0.06780.00010.1502-0.00450.03863.4987-5.304162.9032
30.53070.34960.60260.33270.31130.8037-0.0352-0.07840.1268-0.0581-0.07060.11240.0568-0.03680.10570.10540.0503-0.03790.1384-0.01520.0454-45.7035-19.186340.5716
40.61710.86780.78131.45660.98261.0646-0.05840.0084-0.0327-0.01050.1067-0.068-0.12790.0078-0.04830.0934-0.00210.0030.1464-0.0550.0237-14.15333.507771.7676
50.85650.61470.41650.50940.38670.4040.09750.0569-0.0170.1415-0.0242-0.04120.11-0.0508-0.07330.1045-0.0294-0.01730.14990.04210.0238-36.483-45.616457.9978
60.80820.59970.72710.47980.66771.1686-0.0334-0.11910.0143-0.0152-0.04950.0198-0.0422-0.00240.08290.1030.0077-0.05310.152-0.00650.0375-5.2801-14.16280.5495
70.9830.4592-0.52070.268-0.28580.40170.11410.0373-0.08710.076-0.0796-0.0282-0.17860.0053-0.03450.13040.0210.06640.18930.01050.0592-3.9428-59.066882.9911
80.93541.039-0.77091.1842-0.86860.6482-0.05660.07040.0141-0.00480.08240.03110.0395-0.0953-0.02580.1478-0.070.0130.16420.03610.014829.3935-35.671952.8063
90.2299-0.2556-0.39460.38440.46510.8224-0.0434-0.0373-0.0578-0.0144-0.04910.138-0.04590.09510.09250.11860.0161-0.01750.155-0.05540.0752-18.1847-5.8521-3.9206
101.5667-1.2409-1.26140.99431.01761.0710.0820.03160.0123-0.088-0.0342-0.0345-0.0633-0.0168-0.04780.10850.04230.0550.1573-0.00960.0605-41.529924.286129.3394
110.4264-0.5342-0.29410.89310.45220.311-0.0517-0.185-0.033-0.07210.10430.0458-0.03450.0817-0.05260.120.05660.01650.18680.01340.07135.9657-3.925218.1294
120.7519-0.7929-0.98330.89651.03031.2987-0.01430.0707-0.0880.0175-0.08820.07150.0202-0.04160.10250.09640.02140.02920.2153-0.05990.0463-24.27429.421841.4694
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 316
2X-RAY DIFFRACTION1A402 - 411
3X-RAY DIFFRACTION2B5 - 171
4X-RAY DIFFRACTION2B500
5X-RAY DIFFRACTION3C1 - 316
6X-RAY DIFFRACTION3C402 - 410
7X-RAY DIFFRACTION4D5 - 171
8X-RAY DIFFRACTION4D500
9X-RAY DIFFRACTION5E1 - 316
10X-RAY DIFFRACTION5E402 - 409
11X-RAY DIFFRACTION6F5 - 171
12X-RAY DIFFRACTION6F500
13X-RAY DIFFRACTION7G1 - 316
14X-RAY DIFFRACTION7G401 - 407
15X-RAY DIFFRACTION8H5 - 171
16X-RAY DIFFRACTION8H500
17X-RAY DIFFRACTION9I1 - 316
18X-RAY DIFFRACTION9I401 - 406
19X-RAY DIFFRACTION10J5 - 171
20X-RAY DIFFRACTION10J500
21X-RAY DIFFRACTION11K1 - 316
22X-RAY DIFFRACTION11K401 - 407
23X-RAY DIFFRACTION12L5 - 171
24X-RAY DIFFRACTION12L500

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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