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- PDB-4lmv: Crystal structure of glutathione transferase GSTFuA2 from Phanero... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lmv
タイトルCrystal structure of glutathione transferase GSTFuA2 from Phanerochaete chrysosporium
要素Glutathione transferase
キーワードTRANSFERASE / GST fold / glutathione transferase
機能・相同性
機能・相同性情報


glutathione transferase / glutathione transferase activity
類似検索 - 分子機能
: / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal / Glutaredoxin / Glutaredoxin ...: / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / Up-down Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / CITRATE ANION / Glutathione transferase
類似検索 - 構成要素
生物種Phanerochaete chrysosporium (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.204 Å
データ登録者Didierjean, C. / Favier, F. / Prosper, P.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Diversification of fungal specific class a glutathione transferases in saprotrophic fungi.
著者: Mathieu, Y. / Prosper, P. / Favier, F. / Harvengt, L. / Didierjean, C. / Jacquot, J.P. / Morel-Rouhier, M. / Gelhaye, E.
履歴
登録2013年7月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年5月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glutathione transferase
B: Glutathione transferase
C: Glutathione transferase
D: Glutathione transferase
E: Glutathione transferase
F: Glutathione transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)172,91117
ポリマ－171,4816
非ポリマー1,43011
水00
1
A: Glutathione transferase
B: Glutathione transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,6576
ポリマ－57,1602
非ポリマー4964
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3180 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area21580 Å2
手法PISA
2
C: Glutathione transferase
D: Glutathione transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,6576
ポリマ－57,1602
非ポリマー4964
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3230 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area21510 Å2
手法PISA
3
E: Glutathione transferase
F: Glutathione transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,5985
ポリマ－57,1602
非ポリマー4373
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2950 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area21590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.412, 202.466, 192.763
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41
51
61

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111CHAIN A AND (RESSEQ 2:253 ) AND (NOT ELEMENT H)
211CHAIN B AND (RESSEQ 2:253 ) AND (NOT ELEMENT H)
311CHAIN C AND (RESSEQ 2:253 ) AND (NOT ELEMENT H)
411CHAIN D AND (RESSEQ 2:253 ) AND (NOT ELEMENT H)
511CHAIN E AND (RESSEQ 2:253 ) AND (NOT ELEMENT H)
611CHAIN F AND (RESSEQ 2:253 ) AND (NOT ELEMENT H)

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要素

#1: タンパク質
Glutathione transferase


分子量: 28580.236 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Phanerochaete chrysosporium (菌類) / プラスミド: pSBET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: A0A067XG72*PLUS, glutathione transferase
#2: 化合物
ChemComp-FLC / CITRATE ANION


分子量: 189.100 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#3: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION


分子量: 59.044 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
配列の詳細A SEQUENCE REFERENCE FOR THIS PROTEIN DOES NOT CURRENTLY EXIST.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.94 %
結晶化温度: 277 K / 手法: microbatch under oil / pH: 5.6
詳細: 0.1 sodium citrate, 30% w/v PEG 4000, pH 5.6, microbatch under oil, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97911 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年3月27日
放射モノクロメーター: SI 311 CHANNEL CUT MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97911 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.204→48.957 Å / Num. all: 32711 / Num. obs: 32711 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 13.2 % / Biso Wilson estimate: 78.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 20.7
反射 シェル解像度: 3.2→3.37 Å / 冗長度: 11.4 % / Rmerge(I) obs: 0.581 / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / Num. unique all: 4723 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PROXIMA1データ収集
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4G19

4g19


解像度: 3.204→48.957 Å / SU ML: 0.43 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.59 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25 1656 5.07 %RANDOM
Rwork0.1892 ---
all0.1924 32711 --
obs0.1924 32677 99.96 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.204→48.957 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12144 0 98 0 12242
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01712585
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.53617079
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.0914656
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0761740
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0072213
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A2024X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B2024X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.101
13C2024X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.102
14D2024X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.096
15E2024X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.09
16F2024X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.097
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
3.2041-3.29830.2961370.23582542
3.2983-3.40480.33821330.23992561
3.4048-3.52640.31141230.24272564
3.5264-3.66760.32861490.22922542
3.6676-3.83440.31891080.21452582
3.8344-4.03650.24221310.19812592
4.0365-4.28920.251400.18182544
4.2892-4.62020.23661490.1692563
4.6202-5.08470.22161590.16652580
5.0847-5.81940.25551360.17362598
5.8194-7.32790.20721380.17992629
7.3279-48.96250.19711530.16142724

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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