PDB-6rav: Complement factor B protease domain in complex with the reversibl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6rav

タイトル

Complement factor B protease domain in complex with the reversible inhibitor 4-((2S,4S)-4-ethoxy-1-((5-methoxy-7-methyl-1H-indol-4-yl)methyl)piperidin-2-yl)benzoic acid

要素

Complement factor B

キーワード

HYDROLASE / Complement / immune / inhibitor / c3 convertase

機能・相同性

機能・相同性情報

alternative-complement-pathway C3/C5 convertase / complement binding / Alternative complement activation / Activation of C3 and C5 / complement activation / complement activation, alternative pathway / Regulation of Complement cascade / response to bacterium / blood microparticle / serine-type endopeptidase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Adams, C.M. / Sellner, H. / Ehara, T. / Mac Sweeney, A. / Crowley, M. / Anderson, K. / Karki, R. / Mainolfi, N. / Valeur, E. / Sirockin, F. ...

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2019
タイトル: Small-molecule factor B inhibitor for the treatment of complement-mediated diseases.
著者: Schubart, A. / Anderson, K. / Mainolfi, N. / Sellner, H. / Ehara, T. / Adams, C.M. / Mac Sweeney, A. / Liao, S.M. / Crowley, M. / Littlewood-Evans, A. / Sarret, S. / Wieczorek, G. / Perrot, L. ...

履歴

登録	2019年4月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え	2019年4月17日	ID: 6QSV
改定 1.0	2019年4月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年4月24日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc Item: _citation.country / _citation.id ..._citation.country / _citation.id / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.citation_id / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2019年8月14日	Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: pdbx_poly_seq_scheme / Item: _pdbx_poly_seq_scheme.auth_seq_num
改定 1.3	2019年9月18日	Group: Data collection / Refinement description / Structure summary カテゴリ: pdbx_poly_seq_scheme / struct_ncs_dom / Item: _pdbx_poly_seq_scheme.auth_seq_num
改定 1.4	2019年10月30日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.5	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.6	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6rav.cif.gz	239.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6rav.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6rav.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ra/6rav ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ra/6rav	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6qswC 6qsxC 1dleS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6qsx-1 6sxu-2 6t8u-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#132 - 2010年12月アデノウイルス (Adenovirus) 類似性 (5) #231 - 2019年3月麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins) 類似性 (5) #134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (5) #55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (3) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (3)

登録構造単位

AAA: Complement factor B

BBB: Complement factor B

ヘテロ分子

67.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Complement factor B

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
33.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

BBB: Complement factor B

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
33.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.463, 97.446, 61.815
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 100.475, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Complement factor B / C3/C5 convertase / Glycine-rich beta glycoprotein / GBG / PBF2 / Properdin factor B 分子量: 32955.883 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CFB, BF, BFD 発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 参照: UniProt: P00751, alternative-complement-pathway C3/C5 convertase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-JGQ / 4-[(2~{S},4~{S})-4-ethoxy-1-[(5-methoxy-7-methyl-1~{H}-indol-4-yl)methyl]piperidin-2-yl]benzoic acid 分子量: 422.517 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₅H₃₀N₂O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 366 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.59 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 24 % (w/v) PEG3350, 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M Bis-Tris (pH 5.5), 2mM inhibitor

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→48.723 Å / Num. obs: 68802 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.068 / R_rim(I) all: 0.081 / Net I/σ(I): 10.82
反射シェル	解像度: 1.7→1.77 Å / 冗長度: 3.15 % / R_merge(I) obs: 0.814 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 7743 / R_rim(I) all: 0.991 / % possible all: 96.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0238 2018/15/10	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1dle

1dle

解像度: 1.7→48.723 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.945 / SU B: 3.89 / SU ML: 0.113 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.112 / ESU R Free: 0.108 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2267	3435	-
R_work	0.1952	-	-
all	0.197	-	-
obs	-	68598	98.491 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.753 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.501 Å²	0 Å²	4.074 Å²
2-	-	-0.945 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.867 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→48.723 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4409	0	89	366	4864

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	4674
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	4261
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.557	1.667	6361
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.322	1.58	9927
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.826	5	577
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.263	22.696	230
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.208	15	794
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.273	15	26
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.076	0.2	594
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	5167
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	927
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.191	0.2	831
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.186	0.2	4075
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.166	0.2	2166
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	2126
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.145	0.2	339
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.037	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.184	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.188	0.2	46
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.231	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.063	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.069	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.544	3.132	2269
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.543	3.132	2268
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.715	4.685	2835
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.715	4.685	2836
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.495	3.568	2405
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.393	3.549	2317
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.27	5.186	3518
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.119	5.15	3392
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.934	37.202	5159
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.845	37.122	4963
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.096	0.05	8512

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.7-1.744	0.372	238	0.343	4433	5139	90.8932	0.325
1.744-1.792	0.327	248	0.293	4706	4969	99.6981	0.265
1.792-1.844	0.248	241	0.285	4576	4844	99.4426	0.256
1.844-1.9	0.235	234	0.247	4454	4735	99.0074	0.217
1.9-1.963	0.319	228	0.29	4321	4605	98.7839	0.265
1.963-2.031	0.229	220	0.206	4189	4423	99.6835	0.182
2.031-2.108	0.245	212	0.206	4020	4267	99.1797	0.181
2.108-2.194	0.242	206	0.191	3915	4128	99.8304	0.168
2.194-2.291	0.246	192	0.246	3656	3956	97.27	0.224
2.291-2.403	0.227	188	0.172	3576	3775	99.7086	0.156
2.403-2.532	0.218	178	0.167	3381	3567	99.7757	0.155
2.532-2.686	0.235	171	0.173	3251	3448	99.2459	0.165
2.686-2.87	0.21	160	0.171	3032	3206	99.5633	0.169
2.87-3.1	0.237	147	0.176	2801	2975	99.0924	0.18
3.1-3.394	0.205	135	0.178	2563	2757	97.86	0.185
3.394-3.792	0.221	122	0.178	2309	2469	98.4609	0.188
3.792-4.375	0.169	108	0.152	2056	2206	98.0961	0.174
4.375-5.347	0.195	93	0.149	1762	1872	99.0919	0.177
5.347-7.517	0.193	72	0.175	1375	1464	98.8388	0.206
7.517-48.723	0.188	42	0.204	786	835	99.1617	0.244

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関連情報:EMDBヘッダ

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