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- PDB-4lmq: Development and Preclinical Characterization of a Humanized Antib... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lmq
タイトルDevelopment and Preclinical Characterization of a Humanized Antibody Targeting CXCL12
要素
  • Stromal cell-derived factor 1
  • hu30D8 Fab heavy chain
  • hu30D8 Fab light chain
キーワードcell adhesion/immune system / immunoglobulin / cell adhesion-immune system complex
機能・相同性
機能・相同性情報


chemokine (C-X-C motif) ligand 12 signaling pathway / negative regulation of leukocyte tethering or rolling / regulation of actin polymerization or depolymerization / telencephalon cell migration / chemokine receptor binding / response to ultrasound / CXCL12-activated CXCR4 signaling pathway / CXCR chemokine receptor binding / positive regulation of axon extension involved in axon guidance / positive regulation of vasculature development ...chemokine (C-X-C motif) ligand 12 signaling pathway / negative regulation of leukocyte tethering or rolling / regulation of actin polymerization or depolymerization / telencephalon cell migration / chemokine receptor binding / response to ultrasound / CXCL12-activated CXCR4 signaling pathway / CXCR chemokine receptor binding / positive regulation of axon extension involved in axon guidance / positive regulation of vasculature development / positive regulation of dopamine secretion / Signaling by ROBO receptors / induction of positive chemotaxis / integrin activation / negative regulation of dendritic cell apoptotic process / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / chemokine-mediated signaling pathway / cellular response to chemokine / positive regulation of monocyte chemotaxis / chemokine activity / Chemokine receptors bind chemokines / blood circulation / positive regulation of calcium ion import / detection of temperature stimulus involved in sensory perception of pain / animal organ regeneration / positive regulation of T cell migration / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain / Nuclear signaling by ERBB4 / positive regulation of endothelial cell proliferation / positive regulation of cell adhesion / positive regulation of neuron differentiation / axon guidance / adult locomotory behavior / cell chemotaxis / growth factor activity / defense response / response to virus / response to peptide hormone / intracellular calcium ion homeostasis / neuron migration / chemotaxis / integrin binding / : / G alpha (i) signalling events / Estrogen-dependent gene expression / response to hypoxia / cell adhesion / immune response / positive regulation of cell migration / G protein-coupled receptor signaling pathway / external side of plasma membrane / signaling receptor binding / signal transduction / extracellular exosome / extracellular region
類似検索 - 分子機能
CXC Chemokine domain / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily / Small cytokines (intecrine/chemokine), interleukin-8 like / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Immunoglobulins / Beta Barrel ...CXC Chemokine domain / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily / Small cytokines (intecrine/chemokine), interleukin-8 like / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Immunoglobulins / Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Stromal cell-derived factor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.773 Å
データ登録者Zhong, Z. / Wang, J. / Li, B. / Xiang, H. / Ultsch, M. / Coons, M. / Wong, T. / Chiang, N.Y. / Clark, S. / Clark, R. ...Zhong, Z. / Wang, J. / Li, B. / Xiang, H. / Ultsch, M. / Coons, M. / Wong, T. / Chiang, N.Y. / Clark, S. / Clark, R. / Quintana, L. / Gribling, P. / Suto, E. / Barck, K. / Corpuz, R. / Yao, J. / Takkar, R. / Lee, W.P. / Damico-Beyer, L.A. / Carano, R.D. / Adams, C. / Kelley, R.F. / Wang, W. / Ferrara, N.
引用ジャーナル: Clin.Cancer Res. / 年: 2013
タイトル: Development and Preclinical Characterization of a Humanized Antibody Targeting CXCL12.
著者: Zhong, C. / Wang, J. / Li, B. / Xiang, H. / Ultsch, M. / Coons, M. / Wong, T. / Chiang, N.Y. / Clark, S. / Clark, R. / Quintana, L. / Gribling, P. / Suto, E. / Barck, K. / Corpuz, R. / Yao, J. ...著者: Zhong, C. / Wang, J. / Li, B. / Xiang, H. / Ultsch, M. / Coons, M. / Wong, T. / Chiang, N.Y. / Clark, S. / Clark, R. / Quintana, L. / Gribling, P. / Suto, E. / Barck, K. / Corpuz, R. / Yao, J. / Takkar, R. / Lee, W.P. / Damico-Beyer, L.A. / Carano, R.D. / Adams, C. / Kelley, R.F. / Wang, W. / Ferrara, N.
履歴
登録2013年7月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年8月28日Group: Database references
改定 1.22018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.32021年10月27日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: database_2 / entity / entity_name_com
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_fragment
改定 1.42024年11月20日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: Stromal cell-derived factor 1
E: hu30D8 Fab heavy chain
F: Stromal cell-derived factor 1
H: hu30D8 Fab heavy chain
I: hu30D8 Fab light chain
L: hu30D8 Fab light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,2126
ポリマ－108,2126
非ポリマー00
水1,06359
1
D: Stromal cell-derived factor 1
H: hu30D8 Fab heavy chain
L: hu30D8 Fab light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,1063
ポリマ－54,1063
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: hu30D8 Fab heavy chain
F: Stromal cell-derived factor 1
I: hu30D8 Fab light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,1063
ポリマ－54,1063
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)64.949, 73.101, 106.626
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.40, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細antibody-antigen complex

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要素

#1: タンパク質 Stromal cell-derived factor 1 / SDF-1 / hSDF-1 / C-X-C motif chemokine 12 / Intercrine reduced in hepatomas / IRH / hIRH / Pre-B ...SDF-1 / hSDF-1 / C-X-C motif chemokine 12 / Intercrine reduced in hepatomas / IRH / hIRH / Pre-B cell growth-stimulating factor / PBSF / SDF-1-beta(3-72) / SDF-1-alpha(3-67)


分子量: 7202.547 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 29-89 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CXCL12, SDF1, SDF1A, SDF1B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P48061
#2: 抗体 hu30D8 Fab heavy chain


分子量: 23370.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 抗体 hu30D8 Fab light chain


分子量: 23533.162 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CXCL12, SDF1, SDF1A, SDF1B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 59 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.41 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2M NaF, 0.1M Bis-tris, propane, 23%w/v PEG 3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.95369 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年3月28日
放射モノクロメーター: Curved Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95369 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.77→73 Å / Num. all: 25573 / Num. obs: 25088 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 2.77→2.78 Å / % possible all: 87.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.773→55.296 Å / SU ML: 0.49 / σ(F): 1.11 / 位相誤差: 32.05 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3007 2351 5.02 %
Rwork0.2527 --
obs0.255 25067 94.2 %
all-25573 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 14.616 Å2 / ksol: 0.315 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-8.1715 Å2-0 Å2-14.1637 Å2
2---0.4526 Å20 Å2
3---6.5537 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.773→55.296 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7339 0 0 59 7398
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0037519
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.71710196
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.4142702
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0561149
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061297
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7732-2.82980.38971260.3592671X-RAY DIFFRACTION94
2.8298-2.89130.39741480.34462594X-RAY DIFFRACTION95
2.8913-2.95860.34151240.33322684X-RAY DIFFRACTION94
2.9586-3.03260.36661480.31812512X-RAY DIFFRACTION93
3.0326-3.11460.38221230.33132579X-RAY DIFFRACTION93
3.1146-3.20620.35491590.30362648X-RAY DIFFRACTION96
3.2062-3.30970.32321220.29772667X-RAY DIFFRACTION95
3.3097-3.4280.32631250.28172645X-RAY DIFFRACTION95
3.428-3.56520.341500.27352593X-RAY DIFFRACTION94
3.5652-3.72740.34671350.2512624X-RAY DIFFRACTION94
3.7274-3.92390.35871360.24372629X-RAY DIFFRACTION93
3.9239-4.16960.29341450.22852524X-RAY DIFFRACTION92
4.1696-4.49140.25381250.1962628X-RAY DIFFRACTION95
4.4914-4.94320.23421380.17822684X-RAY DIFFRACTION95
4.9432-5.65790.27281410.2152587X-RAY DIFFRACTION93
5.6579-7.12590.25471480.25432607X-RAY DIFFRACTION94
7.1259-55.30750.22251580.21582622X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0138-0.0346-0.0060.0931-0.0370.09270.02550.02610.0396-0.11020.0371-0.0140.0526-0.00740.13310.0347-0.07990.0572-0.05150.05280.04275.8347-5.285741.6541
20.0131-0.0091-0.00140.0386-0.01250.0248-0.02790.0150.0271-0.0538-0.02970.0324-0.1022-0.0619-0.09020.19740.0218-0.11540.14090.0430.1078-22.28270.255923.3307
30.0793-0.0144-0.01330.02450.00380.0973-0.0724-0.0451-0.0932-0.014-0.0506-0.05010.05150.0287-0.172-0.0051-0.02630.06050.03420.04410.095554.2161-0.941780.9387
40.0724-0.0293-0.02280.0273-0.00740.02120.0242-0.04480.06240.04610.1010.0454-0.00280.07480.00720.50370.0831-0.02170.53480.14460.227770.5552-4.5507110.2947
50.02160.0055-0.01420.0048-0.00620.0122-0.01140.0131-0.0269-0.0162-0.0132-0.04790.02370.015-0.01870.0359-0.0267-0.01630.01830.02180.064234.8567-7.776656.8481
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN H AND RESID 1:117 ) OR ( CHAIN L AND RESID 1:110 )H1 - 117
2X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN H AND RESID 1:117 ) OR ( CHAIN L AND RESID 1:110 )L1 - 110
3X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN H AND RESID 118:213 ) OR ( CHAIN L AND RESID 111:214 )H118 - 213
4X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN H AND RESID 118:213 ) OR ( CHAIN L AND RESID 111:214 )L111 - 214
5X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN I AND RESID 1:110 ) OR ( CHAIN E AND RESID 1:115 )I1 - 110
6X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN I AND RESID 1:110 ) OR ( CHAIN E AND RESID 1:115 )E1 - 115
7X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN I AND RESID 111:214 ) OR ( CHAIN E AND RESID 118:213 )I111 - 214
8X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN I AND RESID 111:214 ) OR ( CHAIN E AND RESID 118:213 )E118 - 213
9X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN D AND RESID 11:68 )D11 - 68

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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