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- PDB-4lmp: Mycobacterium tuberculosis L-alanine dehydrogenase x-ray structur... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lmp
タイトルMycobacterium tuberculosis L-alanine dehydrogenase x-ray structure in complex with N6-methyl adenosine
要素Alanine dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Structural Genomics / PSI-Biology / Susceptibility to Known Mtb Inhibitors / MTBI / Rossmann Fold / N6-methyl adenosine binding / Structures of Mtb Proteins Conferring Susceptibility to Known Mtb Inhibitors
機能・相同性NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / N-methyladenosine / :
機能・相同性情報
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Kim, H.-B. / Hung, L.-W. / Goulding, C.W. / Terwilliger, T.C. / Kim, C.-Y. / Structures of Mtb Proteins Conferring Susceptibility to Known Mtb Inhibitors (MTBI)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Drug target analysis by dye-ligand affinity chromatography
著者: Kim, H.-B. / Hung, L.-W. / Goulding, C.W. / Terwilliger, T.C. / Kim, C.-Y.
履歴
登録2013年7月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alanine dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,6919
ポリマ－38,7531
非ポリマー9388
水3,801211
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Alanine dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Alanine dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,38218
ポリマ－77,5062
非ポリマー1,87616
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation18_655-x+4/3,-x+y+2/3,-z+2/31
Buried area7250 Å2
ΔGint-115 kcal/mol
Surface area26260 Å2
手法PISA
3
A: Alanine dehydrogenase
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)238,14654
ポリマ－232,5196
非ポリマー5,62748
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
crystal symmetry operation16_545y+1/3,x-1/3,-z+2/31
crystal symmetry operation17_555x-y+1/3,-y+2/3,-z+2/31
crystal symmetry operation18_655-x+4/3,-x+y+2/3,-z+2/31
Buried area31060 Å2
ΔGint-364 kcal/mol
Surface area69480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.730, 89.730, 290.401
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-673-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Alanine dehydrogenase


分子量: 38753.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: ald, RVBD_2780 / プラスミド: pETM11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: I6YEC9, alanine dehydrogenase
#2: 化合物 ChemComp-6MD / N-methyladenosine / N6-メチルアデノシン


分子量: 281.268 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H15N5O4
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 211 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.63 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.4
詳細: 2M ammonium sulfate, 5% 2-propanol, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.9774 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月22日 / 詳細: Si111
放射モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9774 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→50 Å / Num. all: 33325 / Num. obs: 33325 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 23.97 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 22.84
反射 シェル解像度: 1.95→1.98 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.478 / Mean I/σ(I) obs: 2.234 / Num. unique all: 1602 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
SOLVE位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2VHY

2vhy


解像度: 1.95→48.4 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 21.68 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2273 1933 6 %RANDOM
Rwork0.183 ---
all0.1857 32213 --
obs0.1857 32213 100 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 23.97 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→48.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2716 0 59 211 2986
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082837
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1363867
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.4921002
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.075454
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005499
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.95-1.99870.28591240.24371948X-RAY DIFFRACTION88
1.9987-2.05280.28971300.21691991X-RAY DIFFRACTION92
2.0528-2.11320.25751340.20512077X-RAY DIFFRACTION94
2.1132-2.18140.26021320.20052108X-RAY DIFFRACTION95
2.1814-2.25930.23131340.18862120X-RAY DIFFRACTION96
2.2593-2.34980.25111370.18682127X-RAY DIFFRACTION97
2.3498-2.45670.23461370.18372151X-RAY DIFFRACTION97
2.4567-2.58620.23481390.18832188X-RAY DIFFRACTION97
2.5862-2.74830.20891380.19562189X-RAY DIFFRACTION98
2.7483-2.96040.25161430.19022215X-RAY DIFFRACTION99
2.9604-3.25830.24481410.19772222X-RAY DIFFRACTION100
3.2583-3.72960.2131460.172274X-RAY DIFFRACTION100
3.7296-4.69830.18141450.15042274X-RAY DIFFRACTION100
4.6983-48.41510.22711530.18032396X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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