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- PDB-4lmo: Structure of a vertebrate RNA binding domain of telomerase (TRBD) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lmo
タイトルStructure of a vertebrate RNA binding domain of telomerase (TRBD)
要素Telomerase reverse transcriptase
キーワードRNA BINDING PROTEIN / RNA binding domain of the reverse transcriptase telomerase
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA strand elongation / telomerase catalytic core complex / telomerase RNA binding / telomeric DNA binding / telomere maintenance via telomerase / RNA-directed DNA polymerase / telomerase activity / chromosome, telomeric region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Topoisomerase I; Chain A, domain 4 - #70 / : / Telomerase reverse transcriptase, C-terminal extension / Telomerase ribonucleoprotein complex - RNA binding domain / Telomerase reverse transcriptase / Telomerase ribonucleoprotein complex - RNA-binding domain / Telomerase ribonucleoprotein complex - RNA binding domain / Topoisomerase I; Chain A, domain 4 / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) ...Topoisomerase I; Chain A, domain 4 - #70 / : / Telomerase reverse transcriptase, C-terminal extension / Telomerase ribonucleoprotein complex - RNA binding domain / Telomerase reverse transcriptase / Telomerase ribonucleoprotein complex - RNA-binding domain / Telomerase ribonucleoprotein complex - RNA binding domain / Topoisomerase I; Chain A, domain 4 / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / DNA/RNA polymerase superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Telomerase reverse transcriptase
類似検索 - 構成要素
生物種Takifugu rubripes (トラフグ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.37 Å
データ登録者Harkisheimer, M. / Mason, M. / Shuvaeva, E. / Skordalakes, E.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2013
タイトル: A Motif in the Vertebrate Telomerase N-Terminal Linker of TERT Contributes to RNA Binding and Telomerase Activity and Processivity.
著者: Harkisheimer, M. / Mason, M. / Shuvaeva, E. / Skordalakes, E.
履歴
登録2013年7月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月30日Group: Database references
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Telomerase reverse transcriptase
B: Telomerase reverse transcriptase
C: Telomerase reverse transcriptase
D: Telomerase reverse transcriptase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,0244
ポリマ－119,0244
非ポリマー00
水2,594144
1
A: Telomerase reverse transcriptase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,7561
ポリマ－29,7561
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Telomerase reverse transcriptase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,7561
ポリマ－29,7561
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Telomerase reverse transcriptase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,7561
ポリマ－29,7561
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Telomerase reverse transcriptase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,7561
ポリマ－29,7561
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)48.629, 84.508, 137.174
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.31, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Telomerase reverse transcriptase


分子量: 29756.006 Da / 分子数: 4 / 断片: RNA Binding Domain (UNP residues 295-544) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Takifugu rubripes (トラフグ) / 遺伝子: TERT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4KTA7
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 144 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.39 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 50 mM Hepes 7.0, 40% v/v Tacsimate, pH 7.0, 0.002 M Spermine, 0.002 M Hexammine cobalt(III) chloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンNSLS X2511.1, 1.008
2
検出器
タイプID検出器日付
DECTRIS PILATUS 6M1PIXEL2012年7月27日
2
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Si(111)MADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.11
21.0081
反射解像度: 2.37→40 Å / Num. all: 42409 / Num. obs: 42409 / % possible obs: 98.64 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 2.37→2.43 Å / % possible all: 87.08

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
SOLVE位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.37→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 21.37 / SU ML: 0.222 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.528 / ESU R Free: 0.28 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25901 2163 4.9 %RANDOM
Rwork0.21999 ---
obs0.22191 42409 98.64 %-
all-44682 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 45.913 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.29 Å20 Å21.57 Å2
2---3.44 Å20 Å2
3----0.62 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.37→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8312 0 0 144 8456
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0198520
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9431.95811440
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.76251000
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.05620.98408
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.287151576
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.76415108
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0650.21196
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0216412
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.37→2.431 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.327 153 -
Rwork0.304 2651 -
obs--87.08 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3180.19-0.27340.73370.2221.5282-0.0133-0.02270.06190.05510.0528-0.06840.040.1153-0.03950.0264-0.0052-0.00710.0961-0.00860.08814.47538.753753.2334
20.173-0.063-0.09760.6644-0.27521.8137-0.0139-0.0102-0.0003-0.0634-0.00370.0192-0.0055-0.03930.01760.03030.0113-0.01480.09520.0080.090118.0922-32.571416.9759
30.0789-0.1760.08011.0070.06691.87920.0081-0.0265-0.0433-0.05030.0708-0.1238-0.020.0513-0.07880.0210.0115-0.01410.1061-0.01020.11931.2268-51.934516.7659
40.33880.2932-0.33440.7494-0.31581.762-0.01560.0159-0.0119-0.02890.06420.07870.0699-0.0113-0.04850.0470.0022-0.02520.07380.01120.08-7.8696-10.64750.3534
50.0194-0.046-0.03690.21910.10990.2027-0.0086-0.0283-0.01450.0110.01750.0015-0.0170.0272-0.00890.0229-0.0035-0.04150.13110.02150.152510.682-22.534533.6053
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A294 - 544
2X-RAY DIFFRACTION2B294 - 544
3X-RAY DIFFRACTION3C294 - 544
4X-RAY DIFFRACTION4D294 - 544
5X-RAY DIFFRACTION5A601 - 630
6X-RAY DIFFRACTION5B601 - 637
7X-RAY DIFFRACTION5C601 - 638
8X-RAY DIFFRACTION5D601 - 639

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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