PDB-4lmo: Structure of a vertebrate RNA binding domain of telomerase (TRBD)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4lmo

タイトル

Structure of a vertebrate RNA binding domain of telomerase (TRBD)

要素

Telomerase reverse transcriptase

キーワード

RNA BINDING PROTEIN / RNA binding domain of the reverse transcriptase telomerase

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA strand elongation / telomerase catalytic core complex / : / telomerase RNA binding / telomere maintenance via telomerase / RNA-directed DNA polymerase / chromosome, telomeric region / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Takifugu rubripes (トラフグ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.37 Å

データ登録者

Harkisheimer, M. / Mason, M. / Shuvaeva, E. / Skordalakes, E.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2013
タイトル: A Motif in the Vertebrate Telomerase N-Terminal Linker of TERT Contributes to RNA Binding and Telomerase Activity and Processivity.
著者: Harkisheimer, M. / Mason, M. / Shuvaeva, E. / Skordalakes, E.

履歴

登録	2013年7月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年10月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年10月30日	Group: Database references

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4lmo.cif.gz	409.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4lmo.ent.gz	350.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4lmo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4lmo_validation.pdf.gz	454 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4lmo_full_validation.pdf.gz	469.3 KB	表示
XML形式データ	4lmo_validation.xml.gz	36.9 KB	表示
CIF形式データ	4lmo_validation.cif.gz	50.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lm/4lmo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lm/4lmo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2r4g 3du5 3du6
類似構造データ	2dzn-1 2dzo-1 1zoq-1 3g9i-d 3aji-1 3a8q-1 3g9m-d 1w9g-d 1ea4-2 3a8p-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#227 - 2018年11月テロメラーゼ (Telomerase) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Telomerase reverse transcriptase

B: Telomerase reverse transcriptase

C: Telomerase reverse transcriptase

D: Telomerase reverse transcriptase

119 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Telomerase reverse transcriptase

登録者が定義した集合体
29.8 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Telomerase reverse transcriptase

登録者が定義した集合体
29.8 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Telomerase reverse transcriptase

登録者が定義した集合体
29.8 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Telomerase reverse transcriptase

登録者が定義した集合体
29.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.629, 84.508, 137.174
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 94.31, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Telomerase reverse transcriptase 分子量: 29756.006 Da / 分子数: 4 / 断片: RNA Binding Domain (UNP residues 295-544) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Takifugu rubripes (トラフグ) / 遺伝子: TERT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4KTA7
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 144 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.39 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 50 mM Hepes 7.0, 40% v/v Tacsimate, pH 7.0, 0.002 M Spermine, 0.002 M Hexammine cobalt(III) chloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2		1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	NSLS	X25	1	1.1, 1.008
			2

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
DECTRIS PILATUS 6M	1	PIXEL	2012年7月27日
	2

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	Si(111)	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	Si(111)	MAD	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1.1	1
2	1.008	1

反射

解像度: 2.37→40 Å / Num. all: 42409 / Num. obs: 42409 / % possible obs: 98.64 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2

反射シェル

解像度: 2.37→2.43 Å / % possible all: 87.08

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CBASS		データ収集
SOLVE		位相決定
REFMAC	5.6.0117	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.37→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.938 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.915 / SU B: 21.37 / SU ML: 0.222 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.528 / ESU R Free: 0.28 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25901	2163	4.9 %	RANDOM
R_work	0.21999	-	-	-
obs	0.22191	42409	98.64 %	-
all	-	44682	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 45.913 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.29 Å²	0 Å²	1.57 Å²
2-	-	-3.44 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.62 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.37→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8312	0	0	144	8456

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.019	8520
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.943	1.958	11440
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.762	5	1000
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	28.056	20.98	408
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.287	15	1576
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.764	15	108
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.065	0.2	1196
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.021	6412
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.37→2.431 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.327	153	-
R_work	0.304	2651	-
obs	-	-	87.08 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.318	0.19	-0.2734	0.7337	0.222	1.5282	-0.0133	-0.0227	0.0619	0.0551	0.0528	-0.0684	0.04	0.1153	-0.0395	0.0264	-0.0052	-0.0071	0.0961	-0.0086	0.0881	4.4753	8.7537	53.2334
2	0.173	-0.063	-0.0976	0.6644	-0.2752	1.8137	-0.0139	-0.0102	-0.0003	-0.0634	-0.0037	0.0192	-0.0055	-0.0393	0.0176	0.0303	0.0113	-0.0148	0.0952	0.008	0.0901	18.0922	-32.5714	16.9759
3	0.0789	-0.176	0.0801	1.007	0.0669	1.8792	0.0081	-0.0265	-0.0433	-0.0503	0.0708	-0.1238	-0.02	0.0513	-0.0788	0.021	0.0115	-0.0141	0.1061	-0.0102	0.119	31.2268	-51.9345	16.7659
4	0.3388	0.2932	-0.3344	0.7494	-0.3158	1.762	-0.0156	0.0159	-0.0119	-0.0289	0.0642	0.0787	0.0699	-0.0113	-0.0485	0.047	0.0022	-0.0252	0.0738	0.0112	0.08	-7.8696	-10.647	50.3534
5	0.0194	-0.046	-0.0369	0.2191	0.1099	0.2027	-0.0086	-0.0283	-0.0145	0.011	0.0175	0.0015	-0.017	0.0272	-0.0089	0.0229	-0.0035	-0.0415	0.1311	0.0215	0.1525	10.682	-22.5345	33.6053

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	294 - 544
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	294 - 544
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	294 - 544
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	294 - 544
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	601 - 630
6	X-RAY DIFFRACTION	5	B	601 - 637
7	X-RAY DIFFRACTION	5	C	601 - 638
8	X-RAY DIFFRACTION	5	D	601 - 639

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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