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Yorodumi- PDB-2r4g: The high resolution structure of the RNA-binding domain of telomerase -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2r4g | ||||||
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Title | The high resolution structure of the RNA-binding domain of telomerase | ||||||
Components | Telomerase reverse transcriptase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / Telomeres / Telomerase / Chromosomal protein / DNA-binding / Nucleotidyltransferase / Nucleus / RNA-directed DNA polymerase | ||||||
Function / homology | Function and homology information telomerase RNA reverse transcriptase activity / telomerase RNA binding / telomerase holoenzyme complex / telomeric DNA binding / telomere maintenance via telomerase / RNA-directed DNA polymerase / chromosome, telomeric region / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Tetrahymena thermophila (eukaryote) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MAD / Resolution: 1.71 Å | ||||||
Authors | Rouda, S. / Skordalakes, E. | ||||||
Citation | Journal: Structure / Year: 2007 Title: Structure of the RNA-Binding Domain of Telomerase: Implications for RNA Recognition and Binding. Authors: Rouda, S. / Skordalakes, E. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 2r4g.cif.gz | 70.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb2r4g.ent.gz | 52.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 2r4g.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r4/2r4g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r4/2r4g | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 32432.797 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: RNA-binding domain (residues 254-519) Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Tetrahymena thermophila (eukaryote) / Gene: TERT / Plasmid: pET28b / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: O77448, RNA-directed DNA polymerase | ||
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#2: Chemical | ChemComp-BR / #3: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.1 Å3/Da / Density % sol: 41.47 % |
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-Data collection
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSLS / Beamline: X6A / Wavelength: 0.9795 Å |
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Detector | Type: ADSC QUANTUM 210 / Detector: CCD / Date: Jun 16, 2007 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.71→20 Å / Num. all: 29502 / Num. obs: 27457 / % possible obs: 99.87 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 21.1 Å2 / Rsym value: 0.047 / Net I/σ(I): 27.3 |
Reflection shell | Resolution: 1.71→1.77 Å / Redundancy: 3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 2704 / Rsym value: 0.481 / % possible all: 99.3 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MAD / Resolution: 1.71→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 5.278 / SU ML: 0.079 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.126 / ESU R Free: 0.122 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 27.424 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.71→20 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.712→1.756 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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