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- PDB-4lmk: GLIC Liganded-closed-channel Conformation, Mutant Y27'A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lmk
タイトルGLIC Liganded-closed-channel Conformation, Mutant Y27'A
要素Proton-gated ion channel
キーワードTRANSPORT PROTEIN / pentameric ligand-gated ion channel / membrane protein / prokaryotic CYS-loop receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


sodium channel activity / potassium channel activity / transmembrane transporter complex / extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / transmembrane signaling receptor activity / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain / Acetylcholine Binding Protein; Chain: A, / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Gamma-aminobutyric acid A receptor/Glycine receptor alpha / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain superfamily / Neuronal acetylcholine receptor / Neurotransmitter-gated ion-channel / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain superfamily / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain ...Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain / Acetylcholine Binding Protein; Chain: A, / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Gamma-aminobutyric acid A receptor/Glycine receptor alpha / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain superfamily / Neuronal acetylcholine receptor / Neurotransmitter-gated ion-channel / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain superfamily / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Distorted Sandwich / Up-down Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Proton-gated ion channel
類似検索 - 構成要素
生物種Gloeobacter violaceus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.22 Å
データ登録者Grosman, C. / Gonzalez-Gutierrez, G.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: Gating of the proton-gated ion channel from Gloeobacter violaceus at pH 4 as revealed by X-ray crystallography.
著者: Gonzalez-Gutierrez, G. / Cuello, L.G. / Nair, S.K. / Grosman, C.
履歴
登録2013年7月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年10月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年11月13日Group: Database references
改定 1.22013年11月27日Group: Database references
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Proton-gated ion channel
E: Proton-gated ion channel
C: Proton-gated ion channel
B: Proton-gated ion channel
D: Proton-gated ion channel
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)182,16616
ポリマ－181,3645
非ポリマー80311
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area23430 Å2
ΔGint-239 kcal/mol
Surface area63570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)180.990, 134.280, 159.940
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.060, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A and (resseq 7:316 )
21chain E and (resseq 7:316 )
31chain C and (resseq 7:316 )
41chain B and (resseq 7:316 )
51chain D and (resseq 7:316 )

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: PRO / Beg label comp-ID: PRO / End auth comp-ID: PHE / End label comp-ID: PHE / Auth seq-ID: 7 - 316 / Label seq-ID: 9 - 318

Dom-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
1chain 'A' and (resseq 7:316 )AA
2chain 'E' and (resseq 7:316 )EB
3chain 'C' and (resseq 7:316 )CC
4chain 'B' and (resseq 7:316 )BD
5chain 'D' and (resseq 7:316 )DE

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要素

#1: タンパク質
Proton-gated ion channel / GLIC / Ligand-gated ion channel / LGIC


分子量: 36272.711 Da / 分子数: 5 / 断片: UNP residues 44-359 / 変異: T293A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Gloeobacter violaceus (バクテリア)
遺伝子: glvI, glr4197 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q7NDN8
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 糖 ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / コメント: 可溶化剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.5 % / 解説: RPIM = 0.113 (0.700 FOR HIGHEST RESOLUTION SHELL)
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4
詳細: 10-12% PEG4000, 225 mM ammonium sulfate, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月20日
放射モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.22→49.27 Å / Num. obs: 39396 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 47.21 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.206 / Net I/σ(I): 8.4
反射 シェル最高解像度: 3.22 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 1.268 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / % possible all: 85.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.8.2_1309精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3EHZ

3ehz


解像度: 3.22→48.761 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.36 / σ(F): 0.11 / 位相誤差: 25.99 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2383 1953 4.96 %
Rwork0.2108 --
obs0.2121 39347 64.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 165.58 Å2 / Biso mean: 46.1502 Å2 / Biso min: 2.37 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.22→48.761 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12570 0 22 0 12592
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01112916
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.37817640
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1022060
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062210
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.8944619
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A2514X-RAY DIFFRACTIONTORSIONAL0.051
12E2514X-RAY DIFFRACTIONTORSIONAL0.051
13C2514X-RAY DIFFRACTIONTORSIONAL0.047
14B2514X-RAY DIFFRACTIONTORSIONAL0.056
15D2514X-RAY DIFFRACTIONTORSIONAL0.055
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.22-3.30080.5043320.36156159314
3.3008-3.39010.3563320.293774677818
3.3901-3.48980.3551550.28586091521
3.4898-3.60240.2693620.2571182124429
3.6024-3.73110.3134780.25071538161637
3.7311-3.88040.27631310.24432135226653
3.8804-4.0570.2721560.23232968312472
4.057-4.27070.2272000.18823559375987
4.2707-4.53810.22191950.17823827402293
4.5381-4.88820.17161980.14773883408194
4.8882-5.37960.19662080.17073976418496
5.3796-6.15670.24652040.21213973417797
6.1567-7.75180.26761930.25024068426198
7.7518-48.76650.23762090.24424118432797

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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