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- PDB-4lmd: Crystal structure of the JCV large t-antigen origin binding domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lmd
タイトルCrystal structure of the JCV large t-antigen origin binding domain
要素Large T antigen
キーワードHYDROLASE / Origin Binding Domain / DNA Replication
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of JAK1 activity / DNA 3'-5' helicase / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / DNA replication origin binding / helicase activity / DNA replication / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / host cell nucleus / ATP hydrolysis activity ...symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of JAK1 activity / DNA 3'-5' helicase / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / DNA replication origin binding / helicase activity / DNA replication / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / host cell nucleus / ATP hydrolysis activity / zinc ion binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Replication Protein E1; Chain: A, - #20 / Replication Protein E1; Chain: A, / Large T antigen, polyomaviridae / Large T antigen, polyomavirus, C-terminal / Zinc finger, large T-antigen D1-type / Origin of replication binding protein / Polyomavirus large T antigen C-terminus / Large T-antigen (T-ag) origin-binding domain (OBD) profile. / Zinc finger large T-antigen (T-ag) D1-type profile. / T antigen, Ori-binding ...Replication Protein E1; Chain: A, - #20 / Replication Protein E1; Chain: A, / Large T antigen, polyomaviridae / Large T antigen, polyomavirus, C-terminal / Zinc finger, large T-antigen D1-type / Origin of replication binding protein / Polyomavirus large T antigen C-terminus / Large T-antigen (T-ag) origin-binding domain (OBD) profile. / Zinc finger large T-antigen (T-ag) D1-type profile. / T antigen, Ori-binding / Zinc finger, large T-antigen D1 domain superfamily / Helicase, superfamily 3, DNA virus / Superfamily 3 helicase of DNA viruses domain profile. / DnaJ molecular chaperone homology domain / dnaJ domain profile. / Chaperone J-domain superfamily / DnaJ domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRATE ANION / Large T antigen
類似検索 - 構成要素
生物種JC polyomavirus (JC ポリオーマウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Meinke, G. / Bohm, A. / Bullock, P.
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2014
タイトル: Insights into the Initiation of JC Virus DNA Replication Derived from the Crystal Structure of the T-Antigen Origin Binding Domain.
著者: Meinke, G. / Phelan, P.J. / Kalekar, R. / Shin, J. / Archambault, J. / Bohm, A. / Bullock, P.A.
履歴
登録2013年7月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年4月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Large T antigen
B: Large T antigen
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,9036
ポリマ－30,3412
非ポリマー5624
水6,684371
1
A: Large T antigen
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,2622
ポリマ－15,1701
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Large T antigen
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,6414
ポリマ－15,1701
非ポリマー4703
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)146.067, 37.133, 64.753
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.58, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-554-

HOH

詳細THE FULL LENGTH T-ANTIGEN FUNCTIONS AS A HEXAMER. THE ISOLATED ORIGIN BINDING DOMAIN (OBD) IS MONOMERIC IN SOLUTION

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要素

#1: タンパク質 Large T antigen / LT / LT-AG


分子量: 15170.390 Da / 分子数: 2 / 断片: Origin Binding Domain (unp residues 132-261) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) JC polyomavirus (JC ポリオーマウイルス)
遺伝子: Large T antigen / プラスミド: pGEX-4T / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(DE3)
参照: UniProt: P03072, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 371 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.97 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.1 M sodium citrate, 30 % Peg 3350, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月13日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→50 Å / Num. all: 51842 / Num. obs: 51172 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 21.17 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 22
反射 シェル解像度: 1.5→1.55 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.799 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique all: 4660 / % possible all: 90.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.5→38.064 Å / SU ML: 0.17 / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 22.27 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2016 2598 5.13 %random
Rwork0.1667 ---
obs0.1685 50601 97.43 %-
all-51842 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→38.064 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2088 0 38 371 2497
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0142332
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5293180
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.919875
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.113334
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008415
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.499-1.52630.27251180.26821979X-RAY DIFFRACTION78
1.5263-1.55560.25361230.25732249X-RAY DIFFRACTION87
1.5556-1.58740.28161090.24532380X-RAY DIFFRACTION93
1.5874-1.62190.30881640.23912503X-RAY DIFFRACTION98
1.6219-1.65960.2741300.24812526X-RAY DIFFRACTION99
1.6596-1.70110.25011350.21222573X-RAY DIFFRACTION99
1.7011-1.74710.24931330.19672556X-RAY DIFFRACTION99
1.7471-1.79850.24821350.18752576X-RAY DIFFRACTION99
1.7985-1.85660.20451320.17562574X-RAY DIFFRACTION100
1.8566-1.92290.20561280.17392565X-RAY DIFFRACTION100
1.9229-1.99990.1941540.16942574X-RAY DIFFRACTION100
1.9999-2.09090.19911320.1642609X-RAY DIFFRACTION100
2.0909-2.20120.20841510.1582572X-RAY DIFFRACTION100
2.2012-2.33910.20611390.14982599X-RAY DIFFRACTION100
2.3391-2.51960.20671280.16672598X-RAY DIFFRACTION100
2.5196-2.77310.21021230.17332617X-RAY DIFFRACTION100
2.7731-3.17420.20511570.16992618X-RAY DIFFRACTION100
3.1742-3.99850.18471470.14362627X-RAY DIFFRACTION100
3.9985-38.07610.17291600.15362708X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.97560.4743-0.481.5709-0.36851.1717-0.03890.09150.04550.00390.0027-0.0832-0.0280.1088-0.00030.1619-0.0043-0.00980.1639-0.00040.132734.739529.606919.8569
21.549-0.7580.25980.5654-0.29911.58620.027-0.0259-0.0326-0.0245-0.03470.03940.0406-0.0124-0.00010.1895-0.00590.0150.16370.00540.171929.202122.055422.0073
31.7944-0.71360.31380.8714-0.32082.25110.0637-0.02190.25880.0139-0.0719-0.0716-0.03020.0104-0.0030.1665-0.0337-0.00710.16510.00520.193556.945739.25960.7462
40.7276-0.5493-0.18470.58280.10120.6692-0.0876-0.2372-0.50880.3053-0.11840.02290.5362-0.0196-0.01270.3165-0.03160.00720.25080.02510.235759.661428.069310.3978
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 134:214)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 215:261)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain B and resid 133:229)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain B and resid 230:261)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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