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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4lkq | ||||||
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タイトル | Crystal structure of PDE10A2 with fragment ZT017 | ||||||
![]() | cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A | ||||||
![]() | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / fragment screening / hydrolase / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() cGMP-stimulated cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase / negative regulation of cGMP-mediated signaling / cGMP catabolic process / cGMP effects / cAMP catabolic process / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / cGMP binding / 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity ...cGMP-stimulated cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase / negative regulation of cGMP-mediated signaling / cGMP catabolic process / cGMP effects / cAMP catabolic process / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / cGMP binding / 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity / cAMP binding / cAMP-mediated signaling / G alpha (s) signalling events / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Sridhar, V. / Badger, J. / Logan, C. / Chie-Leon, B. / Nienaber, V. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Identification and Optimization of PDE10A Inhibitors Using Fragment-Based Screening by Nanocalorimetry and X-ray Crystallography. 著者: Recht, M.I. / Sridhar, V. / Badger, J. / Bounaud, P.Y. / Logan, C. / Chie-Leon, B. / Nienaber, V. / Torres, F.E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 151.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 117.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 451.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 455 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 27.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 39.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4lljC ![]() 4llkC ![]() 4llpC ![]() 4llxC ![]() 4lm0C ![]() 4lm1C ![]() 4lm2C ![]() 4lm3C ![]() 4lm4C ![]() 4mrwC ![]() 4mrzC ![]() 4ms0C ![]() 4msaC ![]() 4mscC ![]() 4mseC ![]() 4mshC ![]() 4msnC ![]() 2ourS C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39479.242 Da / 分子数: 2 / 断片: CATALYTIC DOMAIN, UNP residues 439-779 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: Q9Y233, 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase, 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase #2: 化合物 | ChemComp-1XM / | #3: 化合物 | ChemComp-NI / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 非ポリマーの詳細 | THE FOUR DIVALENT CATIONS ARE REPRESENTE | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.36 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 18% PEG 4450, 0.2M calcium acetate, 50mM BME, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年7月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.62→50 Å / Num. all: 83936 / Num. obs: 83936 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): -4 / Observed criterion σ(I): -4 / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 22.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.62→1.68 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.591 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 8277 / % possible all: 99.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2OUR 解像度: 1.62→43.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 2.439 / SU ML: 0.082 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.105 / ESU R Free: 0.102 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 30.203 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.62→43.85 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.62→1.661 Å / Total num. of bins used: 20 /
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