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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4lk7 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Pseudomonas aeruginosa Lectin LecA Complexed with Resorufin-b-D-galactopyranoside at 1.76 A Resolution | ||||||
![]() | PA-I galactophilic lectin | ||||||
![]() | SUGAR BINDING PROTEIN / Lectin Fold / Galactose | ||||||
機能・相同性 | ![]() heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / carbohydrate binding / periplasmic space / cell surface / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kadam, R.U. / Stocker, A. / Reymond, J.L. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: CH-pi "T-Shape" Interaction with Histidine Explains Binding of Aromatic Galactosides to Pseudomonas aeruginosa Lectin LecA 著者: Kadam, R.U. / Garg, D. / Schwartz, J. / Visini, R. / Sattler, M. / Stocker, A. / Darbre, T. / Reymond, J.L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 117.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 90.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 482.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 493.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 27.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 39.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12770.137 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-CA / #3: 化合物 | ChemComp-04G / #4: 糖 | ChemComp-GAL / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.98 % 解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.1M Sodium acetate trihydrate, 2.0M sodium chloride, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月12日 |
放射 | モノクロメーター: Bartels Monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.758→47.318 Å / Num. all: 103028 / Num. obs: 103028 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 25.97 Å2 / Net I/σ(I): 11.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.76→1.86 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.711 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 103028 / % possible all: 89.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3ZYF 解像度: 1.758→47.31 Å / SU ML: 0.2 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 26.39 / 立体化学のターゲット値: ML 詳細: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS
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溶媒の処理 | 減衰半径: 1.06 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 25.749 Å2 / ksol: 0.352 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.758→47.31 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10
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