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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4lip | ||||||
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タイトル | PSEUDOMONAS LIPASE COMPLEXED WITH RC-(RP, SP)-DIBUTYLCARBAMOYLGLYCERO-3-O-BUTYLPHOSPHONATE | ||||||
![]() | TRIACYL-GLYCEROL-HYDROLASE | ||||||
![]() | LIPASE / HYDROLASE / PSEUDOMONADACEAE / COVALENT INTERMEDIATE / TRIGLYCERIDE ANALOGUE / ENANTIOSELECTIVITY | ||||||
機能・相同性 | ![]() triacylglycerol lipase / triacylglycerol lipase activity / lipid catabolic process / extracellular region / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lang, D.A. / Dijkstra, B.W. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural basis of the chiral selectivity of Pseudomonas cepacia lipase 著者: Lang, D.A. / Mannesse, M.L.M. / De Haas, G. / Verheij, H.M. / Dijkstra, B.W. #1: ![]() タイトル: The Open Conformation of a Pseudomonas Lipase 著者: Schrag, J.D. / Li, Y. / Cygler, M. / Lang, D. / Burgdorf, T. / Hecht, H.J. / Schmid, R. / Schomburg, D. / Rydel, T.J. / Oliver, J.D. / Strickland, L.C. / Dunaway, C.M. / Larson, S.B. / Day, J. / McPherson, A. #2: ![]() タイトル: Extracellular Lipase of Pseudomonas Sp. Strain Atcc 21808: Purification, Characterization, Crystallization, and Preliminary X-Ray Diffraction Data 著者: Kordel, M. / Hofmann, B. / Schomburg, D. / Schmid, R.D. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 137.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 107.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 387.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 390.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 23.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.9998, 0.0208, 0.001), ベクター: |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33150.766 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 細胞内の位置: EXTRACELLULAR / プラスミド: PHES12 / 発現宿主: ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 非ポリマーの詳細 | THE STARTING MATERIAL FOR THE INHIBITOR WAS RC-(RP,SP)-1,2-DIBUTYLCARBAMOYL-GLYCERO-3-O-P- ...THE STARTING MATERIAL FOR THE INHIBITOR WAS RC-(RP,SP)-1,2-DIBUTYLCAR | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 8.5 / 詳細: 20 % MPD, 100 MM CACL2, 0.1 M TRIS/HCL, PH 8.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 12 ℃ / pH: 9 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 90 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年7月1日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.75→30 Å / Num. obs: 56937 / % possible obs: 95.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.46 % / Rsym value: 0.031 / Net I/σ(I): 45.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.75→1.83 Å / Mean I/σ(I) obs: 26.2 / Rsym value: 0.059 / % possible all: 93.9 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 140279 / Rmerge(I) obs: 0.031 |
反射 シェル | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.059 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 3LIP 解像度: 1.75→20 Å / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / σ(F): 0 詳細: THE STRUCTURE WAS INITIALLY REFINED WITH STRICT NON-CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY, AND THEN WITH TIGHTLY RESTRAINED NON-CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY FOR ALL PARTS OF THE MOLECULE EXCEPT RESIDUES 16 - ...詳細: THE STRUCTURE WAS INITIALLY REFINED WITH STRICT NON-CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY, AND THEN WITH TIGHTLY RESTRAINED NON-CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY FOR ALL PARTS OF THE MOLECULE EXCEPT RESIDUES 16 - 28, 127 - 159, AND 218 - 224. THE CHAINS ARE NAMED D AND E, WITH MOLECULE D AS THE REFERENCE FOR SECONDARY STRUCTURE DEFINITION. DEVIATIONS FROM NON-CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY CORRESPOND TO THOSE PARTS OF THE PROTEIN EXCLUDED FROM THE NCS-RESTRAINT.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 8.35 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.2 Å / Luzzati d res low obs: 8 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.75→20 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: PARTIAL RESTRAINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.75→1.83 Å / Total num. of bins used: 8 /
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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