PDB-4lhr: Crystal structure of a deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohyd...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4lhr

タイトル

Crystal structure of a deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase from Burkholderia thailandensis

要素

Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase

キーワード

HYDROLASE / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / nucleotide metabolism / pyrimidine

機能・相同性

機能・相同性情報

dUTP catabolic process / dUMP biosynthetic process / dUTP diphosphatase / dUTP diphosphatase activity / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Burkholderia thailandensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal structure of a deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase from Burkholderia thailandensis
著者: Edwards, T.E. / Abendroth, J. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

履歴

登録	2013年7月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年8月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年10月11日	Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell / Item: _reflns_shell.percent_possible_all
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4lhr.cif.gz	76.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4lhr.ent.gz	55.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4lhr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lh/4lhr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lh/4lhr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1eu5S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4ao5-1 1dud-1 2xcd-2 2xcd-1 6mai-1 1mq7-1 2y1t-2 1seh-1 3h6x-d 2baz-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: ButhA.00115.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase

ヘテロ分子

17 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase

ヘテロ分子

A: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase

ヘテロ分子

A: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
51.1 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	84.360, 84.360, 54.620
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃

#1: タンパク質	Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase / dUTPase / dUTP pyrophosphatase 分子量: 16831.303 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Burkholderia thailandensis (バクテリア) 株: E264 / 遺伝子: BTH_I0767, dut / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2T0H6, dUTP diphosphatase
#2: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 163 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.1 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2 詳細: ButhA.00115.a.B1.PW37235 at 35.5 mg/mL against JCSG+ C6, 40% PEG 300, 0.1 M phosphate-citrate pH 4.2, crystal tracking ID 242052c6, unique puck ID ozx5-6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月19日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97872 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.5→50 Å / Num. all: 35554 / Num. obs: 35545 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 15.3 % / R_merge(I) obs: 0.047 / Net I/σ(I): 34.27

反射シェル

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
1.5-1.54		0.454	5.02	1	100
1.54-1.58		0.365	6.15	1	100
1.58-1.63		0.285	7.82	1	100
1.63-1.68		0.237	9.32	1	100
1.68-1.73		0.25	11.98	1	100
1.73-1.79		0.216	16.81	1	100
1.79-1.86		0.168	21.66	1	100
1.86-1.94		0.129	27.41	1	100
1.94-2.02		0.089	35.66	1	100
2.02-2.12		0.077	40.21	1	100
2.12-2.24		0.067	45.98	1	100
2.24-2.37		0.059	50.19	1	100
2.37-2.54		0.049	57.93	1	100
2.54-2.74		0.044	64.71	1	100
2.74-3		0.04	68.31	1	99.9
3-3.35		0.036	77.04	1	100
3.35-3.87		0.034	80.96	1	100
3.87-4.74		0.031	83.84	1	99.9
4.74-6.71		0.029	84.05	1	100
	6.71	0.026	77.77	1	97.9

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	3.2 Å	43.75 Å
Translation	3.2 Å	43.75 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER	2.5.2	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1eu5

1eu5

解像度: 1.5→43.78 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.982 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.976 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 1.262 / SU ML: 0.022 / SU R Cruickshank DPI: 0.0423 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.042 / ESU R Free: 0.04 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.13471	1778	5 %	RANDOM
R_work	0.11718	-	-	-
obs	0.11805	33748	99.97 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.149 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.06 Å²	0.06 Å²	-0 Å²
2-	-	0.06 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.18 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→43.78 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1006	0	13	163	1182

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.019	1126
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1139
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.387	1.999	1549
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.736	3	2625
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.725	5	159
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.693	23.111	45
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.029	15	189
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	24.038	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.087	0.2	185
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	1277
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	248
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.556	1.544	561
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.457	1.54	560
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.019	2.326	706
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.173	1.925	565
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	2.262	3	2264
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	30.54	5	50
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	8.134	5	2345

LS精密化シェル

解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.144	127	-
R_work	0.132	2466	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 30.7285 Å / Origin y: -27.7218 Å / Origin z: 13.5647 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0117 Å²	-0.0092 Å²	-0.0017 Å²	-	0.0274 Å²	0.0175 Å²	-	-	0.0158 Å²
L	0.4187 °²	0.156 °²	-0.0336 °²	-	0.2594 °²	-0.0055 °²	-	-	0.3233 °²
S	0.0213 Å °	0.0157 Å °	0.0039 Å °	0.0157 Å °	0.0314 Å °	0.0324 Å °	0.0304 Å °	-0.0857 Å °	-0.0526 Å °

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関連情報:EMDBヘッダ

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