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- PDB-4lho: Crystal Structure of FG41Malonate Semialdehyde Decarboxylase inhi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lho
タイトルCrystal Structure of FG41Malonate Semialdehyde Decarboxylase inhibited by 3-bromopropiolate
要素FG41 Malonate Semialdehyde Decarboxylase
キーワードISOMERASE/ISOMERASE INHIBITOR / The tautomerase Superfamily / beta-alpha-beta-motif / Malonate Semialdehyde Decarboxylase / ISOMERASE-ISOMERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


付加脱離酵素（リアーゼ）; C-Cリアーゼ; カルボキシル基の付加脱離
類似検索 - 分子機能
Tautomerase, MSAD family / Tautomerase enzyme / Macrophage Migration Inhibitory Factor / Macrophage Migration Inhibitory Factor / Tautomerase/MIF superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / 3-chloro-3-oxopropanoic acid / FG41 Malonate Semialdehyde Decarboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種coryneform bacterium (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.224 Å
データ登録者Guo, Y. / Serrano, H. / Poelarends, G.J. / Johnson Jr., W.H. / Hackert, M.L. / Whitman, C.P.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2013
タイトル: Kinetic, Mutational, and Structural Analysis of Malonate Semialdehyde Decarboxylase from Coryneform Bacterium Strain FG41: Mechanistic Implications for the Decarboxylase and Hydratase Activities.
著者: Guo, Y. / Serrano, H. / Poelarends, G.J. / Johnson, W.H. / Hackert, M.L. / Whitman, C.P.
履歴
登録2013年7月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年12月18日Group: Database references
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_src_syn / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.details / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FG41 Malonate Semialdehyde Decarboxylase
B: FG41 Malonate Semialdehyde Decarboxylase
C: FG41 Malonate Semialdehyde Decarboxylase
D: FG41 Malonate Semialdehyde Decarboxylase
E: FG41 Malonate Semialdehyde Decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,84925
ポリマ－72,8125
非ポリマー2,03720
水6,431357
1
A: FG41 Malonate Semialdehyde Decarboxylase
B: FG41 Malonate Semialdehyde Decarboxylase
C: FG41 Malonate Semialdehyde Decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,90915
ポリマ－43,6873
非ポリマー1,22212
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10640 Å2
ΔGint-102 kcal/mol
Surface area13280 Å2
手法PISA
2
D: FG41 Malonate Semialdehyde Decarboxylase
ヘテロ分子

D: FG41 Malonate Semialdehyde Decarboxylase
ヘテロ分子

D: FG41 Malonate Semialdehyde Decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,90915
ポリマ－43,6873
非ポリマー1,22212
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_665-z+3/2,-x+1,y+1/21
crystal symmetry operation10_646-y+1,z-1/2,-x+3/21
Buried area10740 Å2
ΔGint-108 kcal/mol
Surface area13370 Å2
手法PISA
3
E: FG41 Malonate Semialdehyde Decarboxylase
ヘテロ分子

E: FG41 Malonate Semialdehyde Decarboxylase
ヘテロ分子

E: FG41 Malonate Semialdehyde Decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,90915
ポリマ－43,6873
非ポリマー1,22212
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_566z+1/2,-x+3/2,-y+11
crystal symmetry operation12_664-y+3/2,-z+1,x-1/21
Buried area10570 Å2
ΔGint-106 kcal/mol
Surface area12850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)144.227, 144.227, 144.227
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number198
Space group name H-MP213
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11D-363-

HOH

21E-352-

HOH

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要素

#1: タンパク質
FG41 Malonate Semialdehyde Decarboxylase


分子量: 14562.349 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) coryneform bacterium (バクテリア)
株: FG41 / プラスミド: pET-3b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Gold (DE3)
参照: UniProt: F2Z288, 付加脱離酵素（リアーゼ）; C-Cリアーゼ; カルボキシル基の付加脱離
#2: 化合物
ChemComp-PR6 / 3-chloro-3-oxopropanoic acid / マロン酸1-クロリド


分子量: 122.507 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H3ClO3
詳細: 3-oxopropanoate adduct was a result of reaction of FG41MSAD and its inhibitor bromopropiolate
#3: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 357 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.18 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: The best crystals for inactivated FG41 MSAD were obtained at 4C from 6-micro liter hanging drops consisting of equal amounts of precipitant solution [0.1 M TRIS buffer, pH 8.5, 2.0 M (NH4) ...詳細: The best crystals for inactivated FG41 MSAD were obtained at 4C from 6-micro liter hanging drops consisting of equal amounts of precipitant solution [0.1 M TRIS buffer, pH 8.5, 2.0 M (NH4)H2PO4] and protein solution (24.5 mg/mL in 10 mM sodium phosphate buffer, pH 8)., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年12月25日
放射モノクロメーター: VARIMAX / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.21→102.06 Å / Num. all: 18824 / % possible obs: 96.4 % / Observed criterion σ(F): 1.33 / Observed criterion σ(I): 2 / Rsym value: 0.116

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
CaspRモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CaspR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: The ligand-free FG41 MSAD was used as the search model for molecular replacement.

解像度: 2.224→45.609 Å / SU ML: 0.28 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 21.62 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2024 4644 5.06 %Random
Rwork0.164 ---
obs0.166 91715 96.36 %-
all-96301 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.224→45.609 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4920 0 105 357 5382
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0125122
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2957003
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.2511781
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.068821
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007904
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2244-2.24970.37981090.37551450X-RAY DIFFRACTION50
2.2497-2.27620.3558820.32182034X-RAY DIFFRACTION67
2.2762-2.30390.31071230.28522511X-RAY DIFFRACTION82
2.3039-2.33310.30691540.2792834X-RAY DIFFRACTION95
2.3331-2.36380.32232130.23382936X-RAY DIFFRACTION98
2.3638-2.39620.29541670.22562993X-RAY DIFFRACTION100
2.3962-2.43040.2391470.20783027X-RAY DIFFRACTION100
2.4304-2.46670.26421360.19983036X-RAY DIFFRACTION100
2.4667-2.50520.25341410.18812989X-RAY DIFFRACTION100
2.5052-2.54630.21441650.16473069X-RAY DIFFRACTION100
2.5463-2.59020.19251740.16452956X-RAY DIFFRACTION100
2.5902-2.63730.22831600.16192997X-RAY DIFFRACTION100
2.6373-2.6880.20261600.15443048X-RAY DIFFRACTION100
2.688-2.74280.2321560.16613022X-RAY DIFFRACTION100
2.7428-2.80250.20071480.16123011X-RAY DIFFRACTION100
2.8025-2.86770.21851310.16783022X-RAY DIFFRACTION100
2.8677-2.93940.18731630.16733032X-RAY DIFFRACTION100
2.9394-3.01880.20821380.1623022X-RAY DIFFRACTION100
3.0188-3.10760.23161710.16533000X-RAY DIFFRACTION100
3.1076-3.20790.19271650.16482999X-RAY DIFFRACTION100
3.2079-3.32250.24591580.17963024X-RAY DIFFRACTION100
3.3225-3.45550.21181610.17732989X-RAY DIFFRACTION100
3.4555-3.61270.21811910.15863011X-RAY DIFFRACTION100
3.6127-3.80310.20291410.15253019X-RAY DIFFRACTION100
3.8031-4.04120.191900.1422990X-RAY DIFFRACTION100
4.0412-4.3530.1591500.12233027X-RAY DIFFRACTION100
4.353-4.79070.15181440.11923005X-RAY DIFFRACTION100
4.7907-5.48290.19271620.143023X-RAY DIFFRACTION100
5.4829-6.9040.19011420.18143035X-RAY DIFFRACTION100
6.904-45.61820.1582020.17112960X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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