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- PDB-4lh0: Structure of mouse 1-Pyrroline-5-Carboxylate Dehydrogenase (ALDH4... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lh0
タイトルStructure of mouse 1-Pyrroline-5-Carboxylate Dehydrogenase (ALDH4A1) complexed with glyoxylate
要素Delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase, mitochondrial
キーワードOXIDOREDUCTASE / Proline catabolism / Substrate recognition / Rossmann Fold
機能・相同性
機能・相同性情報


Proline catabolism / Glyoxylate metabolism and glycine degradation / L-glutamate gamma-semialdehyde dehydrogenase / 1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase activity / proline catabolic process to glutamate / aldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / mitochondrial matrix / mitochondrion / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain ...Delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal / Aldehyde/histidinol dehydrogenase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GLYOXYLIC ACID / Delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 解像度: 1.674 Å
データ登録者Pemberton, T.A. / Tanner, J.J.
引用ジャーナル: Arch.Biochem.Biophys. / 年: 2013
タイトル: Structural basis of substrate selectivity of Delta (1)-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase (ALDH4A1): Semialdehyde chain length.
著者: Pemberton, T.A. / Tanner, J.J.
履歴
登録2013年6月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月9日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase, mitochondrial
B: Delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,6077
ポリマ－123,9082
非ポリマー6995
水13,367742
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10620 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area33970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.870, 94.242, 132.087
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase, mitochondrial / P5C dehydrogenase / Aldehyde dehydrogenase family 4 member A1


分子量: 61954.215 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 21-562 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Aldh4a1 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8CHT0, EC: 1.5.1.12
#2: 化合物 ChemComp-GLV / GLYOXYLIC ACID / GLYOXALATE / GLYOXYLATE / グリオキシル酸


分子量: 74.035 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H2O3
#3: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 742 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.3 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 15-25% PEG 3350, 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M Bis-Tris, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 148 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年9月4日
放射モノクロメーター: osmic blue / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.674→19.668 Å / Num. all: 120763 / Num. obs: 120763 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 4.5 % / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 14.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
1.67-1.763.50.2343.257767162860.23491.9
1.76-1.8740.184466014166470.18499.6
1.87-24.30.1226.167991157550.12299.9
2-2.164.80.0878.369846146900.087100
2.16-2.374.80.06910.165599135770.06999.9
2.37-2.654.90.05811.360061123240.058100
2.65-3.064.90.05112.153460108980.051100
3.06-3.744.90.04712.44560092660.047100
3.74-5.294.90.04313.23564872760.04399.9
5.29-19.6684.70.04311.81906140440.04397.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.16データスケーリング
PHENIX1.6.4_486精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
CrystalClearデータ収集
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化解像度: 1.674→19.664 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.29 / FOM work R set: 0.9024 / SU ML: 0.17 / σ(F): 0 / 位相誤差: 16.64 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1835 6032 5 %
Rwork0.1587 114518 -
obs0.16 120550 98.64 %
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 44.875 Å2 / ksol: 0.406 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 65 Å2 / Biso mean: 13.1557 Å2 / Biso min: 2.75 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.6762 Å20 Å2-0 Å2
2--2.1014 Å20 Å2
3----0.4252 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.674→19.664 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8137 0 47 742 8926
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0068455
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.05411516
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0721270
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051510
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.3683016
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.674-1.6930.24341580.22482860301874
1.693-1.71290.26731760.20443512368892
1.7129-1.73380.23341990.173938124011100
1.7338-1.75570.20541890.166838124001100
1.7557-1.77880.21411970.168238554052100
1.7788-1.80320.2181980.165838164014100
1.8032-1.82890.20111750.162138243999100
1.8289-1.85620.22941820.18633799398198
1.8562-1.88520.22332190.18173756397598
1.8852-1.91610.21262010.156138084009100
1.9161-1.94910.17691970.148938394036100
1.9491-1.98450.19161990.143238474046100
1.9845-2.02260.18032000.141238374037100
2.0226-2.06390.1782190.144838274046100
2.0639-2.10870.18511840.145738684052100
2.1087-2.15770.19112040.148138574061100
2.1577-2.21160.17912010.146738284029100
2.2116-2.27130.16251870.153238654052100
2.2713-2.3380.17612200.150738444064100
2.338-2.41330.18661930.152738944087100
2.4133-2.49940.19972030.156138684071100
2.4994-2.59930.15912050.154138424047100
2.5993-2.71730.19892340.162838444078100
2.7173-2.86020.18211910.166939264117100
2.8602-3.03870.17382190.164338814100100
3.0387-3.27240.18852210.180638924113100
3.2724-3.59990.18372200.164338984118100
3.5999-4.11660.15842130.144639284141100
4.1166-5.17090.15122100.132139604170100
5.1709-19.66570.1682180.17784119433799
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3262-0.0507-0.03380.1380.06360.20140.0012-0.01140.0293-0.00650.0099-0.0178-0.01560.0219-0.01030.0272-0.00060.00330.02710.00690.026719.59680.61963.4207
20.4745-0.0469-0.02420.15910.03430.0411-0.0055-0.07340.04320.0045-0.00050.0067-0.0068-0.02480.00620.03910.00690.00380.0384-0.0080.0392-12.32087.0218.2763
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1Chain AA31 - 563
2X-RAY DIFFRACTION2Chain BB20 - 563

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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