PDB-4lgo: Crystal Structure of N-terminal domain 1 of VompD from Bartonella...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4lgo

タイトル

Crystal Structure of N-terminal domain 1 of VompD from Bartonella quintana

要素

VompD

キーワード

CELL ADHESION / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / trimeric autotransporter adhesin / autotransporter adhesin / outer membrane

機能・相同性

機能・相同性情報

: / cell outer membrane / membrane => GO:0016020 / cell surface
類似検索 - 分子機能

生物種

Bartonella quintana (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of N-terminal domain 1 of VompD from Bartonella quintana
著者: Dranow, D.M. / Abendroth, J. / Edwards, T.E. / Lorimer, D.

履歴

登録	2013年6月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年3月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.2	2018年1月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.3	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4lgo.cif.gz	149.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4lgo.ent.gz	117.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4lgo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4lgo_validation.pdf.gz	458.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4lgo_full_validation.pdf.gz	459.5 KB	表示
XML形式データ	4lgo_validation.xml.gz	17.3 KB	表示
CIF形式データ	4lgo_validation.cif.gz	25 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lg/4lgo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lg/4lgo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3d9xS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6bbt-2 6bbt-1 6n0a-2 5qu4-d 4oie-1 5a2f-d 2bn2-d 2ohe-d 2pf6-1 6bbw-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: SSGCID-BaquA.17833.b

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: VompD

B: VompD

C: VompD

ヘテロ分子

44 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	120.030, 37.110, 109.780
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 119.430, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-488- HOH
2	1	B-583- HOH

#1: タンパク質	VompD 分子量: 14623.595 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bartonella quintana (バクテリア) 株: Toulouse / 遺伝子: vompD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q64HT0, UniProt: A0A0H3LUZ2*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 281 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.32 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.6 詳細: Wizard3/4_b12: 2M Ammonium Sulfate, 0.1M Sodium Acetate/HCl, pH=4.6, VAPOR DIFFUSION, temperature 289K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.9786 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月5日 / 詳細: beryllium lenses

放射

モノクロメーター: Diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9786 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.7→50 Å / Num. all: 46989 / Num. obs: 46707 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 30.647 Å² / R_merge(I) obs: 0.036 / Net I/σ(I): 20.83

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	% possible all
1.7-1.74		0.481	2.72	12835	3446	99.8
1.74-1.79		0.396	3.31	12371	3314	99.7
1.79-1.84		0.277	4.72	12249	3282	99.8
1.84-1.9		0.212	6.23	11775	3153	99.7
1.9-1.96		0.153	8.43	11512	3081	99.5
1.96-2.03		0.112	11.11	11079	2959	99.7
2.03-2.11		0.086	14.12	10689	2851	99.7
2.11-2.19		0.073	16.33	10373	2766	99.7
2.19-2.29		0.063	18.69	9921	2644	99.5
2.29-2.4		0.053	21.8	9590	2560	99.5
2.4-2.53		0.045	25.25	8958	2381	99.4
2.53-2.69		0.039	29.18	8650	2302	99.5
2.69-2.87		0.033	33.56	8072	2157	99
2.87-3.1		0.029	38.79	7482	2003	99.4
3.1-3.4		0.024	44.84	6911	1851	99
3.4-3.8		0.022	49.26	6218	1675	99.2
3.8-4.39		0.021	51.31	5485	1480	98.7
4.39-5.38		0.02	53.94	4657	1270	98.3
5.38-7.6		0.02	52.25	3594	1006	98.8
	7.6	0.018	53.02	1755	526	89.8

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC	5.7.0032	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3D9X

3d9x

解像度: 1.7→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.957 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 3.512 / SU ML: 0.058 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.086 / ESU R Free: 0.083 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1883	2364	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1668	-	-	-
all	0.1679	46989	-	-
obs	0.1679	46707	99.52 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 70.35 Å² / B_iso mean: 30.409 Å² / B_iso min: 7.56 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.99 Å²	0 Å²	-0.44 Å²
2-	-	2.71 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.9 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2581	0	8	281	2870

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.019	2630
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2596
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.376	1.935	3562
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.736	3	5936
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.576	5	358
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	43.788	27.686	121
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.371	15	454
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.898	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.087	0.2	425
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	3147
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	569
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.118	1.452	1417
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.118	1.45	1416
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.875	2.163	1768

LS精密化シェル

解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.303	166	-
R_work	0.258	3270	-
all	-	3436	-
obs	-	-	99.85 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5927	-0.1791	0.4587	0.632	0.3004	4.0153	0.1295	-0.341	0.1869	-0.0107	0.0717	0.0249	-0.4342	-0.5393	-0.2012	0.0886	0.0469	0.0372	0.1456	-0.014	0.1418	16.9388	12.8448	61.3039
2	0.4782	-0.2031	-0.8197	0.2355	-0.1554	4.4969	0.0342	0.0582	-0.03	-0.0649	0.013	0.0941	0.2076	-0.146	-0.0471	0.0835	-0.0178	-0.0252	0.0398	-0.0021	0.1269	26.1388	4.7226	31.8344
3	1.1911	1.1529	-1.5755	4.8256	3.2209	8.2202	-0.0215	0.1335	-0.039	-0.3076	0.0191	-0.1005	-0.198	-0.2946	0.0024	0.2116	0.0719	-0.0315	0.1087	0.0027	0.0859	30.5298	7.4013	2.953
4	1.7108	0.0308	1.6476	2.587	-1.9835	23.3157	0.2511	-0.3444	-0.2191	0.2103	0.3504	0.1393	0.7768	-1.3286	-0.6015	0.0885	-0.0945	-0.0101	0.4717	0.0971	0.1659	4.7464	2.3399	65.8048
5	0.6508	-0.0785	-0.3749	0.1138	-0.0175	3.993	0.0266	0.0155	-0.0238	-0.0257	0.0394	0.0232	0.2462	-0.3664	-0.066	0.0696	-0.0177	-0.0295	0.0496	-0.0013	0.1349	22.9377	3.7711	40.8003
6	1.2349	0.146	-0.1017	5.7532	-4.4563	9.4852	0.0201	0.3538	-0.0857	-0.3617	0.0547	-0.067	0.1492	0.3536	-0.0748	0.1074	0.0434	-0.0012	0.1821	-0.0179	0.022	38.0186	7.5591	5.1752
7	5.7261	0.2093	-1.8893	5.471	-0.9843	10.7913	0.0845	-0.6296	0.2444	0.1046	0.1572	0.2503	-0.698	-0.5104	-0.2417	0.1264	0.144	0.0551	0.2874	-0.0244	0.1896	10.9981	18.6805	64.3544
8	1.5134	0.0705	-0.2985	0.2924	-0.5227	4.6976	0.1308	-0.0691	0.0448	0.0059	0.1842	0.1031	0.0475	-0.916	-0.315	0.0178	-0.0151	-0.0096	0.2225	0.0696	0.1214	12.0825	6.0592	48.9107
9	1.6667	0.1164	0.0596	1.1643	0.895	4.0908	0.048	0.3169	-0.0453	-0.1338	-0.0069	0.0349	0.2408	0.1478	-0.0411	0.1158	0.0288	-0.0257	0.0854	-0.0033	0.05	32.3303	4.2618	13.508

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	223 - 268
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	269 - 321
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	322 - 339
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	223 - 238
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	239 - 322
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	323 - 338
7	X-RAY DIFFRACTION	7	C	223 - 233
8	X-RAY DIFFRACTION	8	C	234 - 294
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	295 - 339

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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