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万見
- PDB-4lfd: Staphylococcus aureus sortase B-substrate complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lfd
タイトルStaphylococcus aureus sortase B-substrate complex
要素
  • (CBZ)NPQ(B27) PEPTIDE
  • Sortase B
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Transpeptidase / IsdC / Membrane / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity
類似検索 - 分子機能
Sortase B, Firmicutes / Sortase B family / Sortase; Chain: A; / Sortase / Sortase family / Sortase domain superfamily / Sortase domain / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(CBZ)NPQ(B27) peptide / Sortase B / Sortase B
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.49 Å
データ登録者Jacobitz, A.W. / Sawaya, M.R. / Yi, S.W. / Amer, B.R. / Huang, G.L. / Nguyen, A.V. / Jung, M.E. / Clubb, R.T.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Structural and Computational Studies of the Staphylococcus aureus Sortase B-Substrate Complex Reveal a Substrate-stabilized Oxyanion Hole.
著者: Jacobitz, A.W. / Wereszczynski, J. / Yi, S.W. / Amer, B.R. / Huang, G.L. / Nguyen, A.V. / Sawaya, M.R. / Jung, M.E. / McCammon, J.A. / Clubb, R.T.
履歴
登録2013年6月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年3月19日Group: Database references
改定 1.22014年4月16日Group: Database references
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sortase B
E: (CBZ)NPQ(B27) PEPTIDE
B: Sortase B
F: (CBZ)NPQ(B27) PEPTIDE
C: Sortase B
G: (CBZ)NPQ(B27) PEPTIDE
D: Sortase B
H: (CBZ)NPQ(B27) PEPTIDE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,47816
ポリマ－105,7098
非ポリマー7698
水48627
1
A: Sortase B
E: (CBZ)NPQ(B27) PEPTIDE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,5233
ポリマ－26,4272
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area950 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area10950 Å2
手法PISA
2
B: Sortase B
F: (CBZ)NPQ(B27) PEPTIDE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,7155
ポリマ－26,4272
非ポリマー2883
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1290 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area11090 Å2
手法PISA
3
C: Sortase B
G: (CBZ)NPQ(B27) PEPTIDE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,6194
ポリマ－26,4272
非ポリマー1922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1080 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area10990 Å2
手法PISA
4
D: Sortase B
H: (CBZ)NPQ(B27) PEPTIDE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,6194
ポリマ－26,4272
非ポリマー1922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1140 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area11010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.600, 59.120, 72.490
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.02, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Sortase B


分子量: 25814.129 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP Residues 31-244 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: USA300 / 遺伝子: srtB, SAUSA300_1034 / プラスミド: pE-SUMO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (DE3) pLysS
参照: UniProt: Q2FHU6, UniProt: A0A0H2XI76*PLUS, sortase B
#2: タンパク質・ペプチド
(CBZ)NPQ(B27) PEPTIDE


タイプ: Peptide-like / クラス: 阻害剤 / 分子量: 613.125 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 参照: (CBZ)NPQ(B27) peptide
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.86 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 150 uM SrtB-NPQT in 2.8 M Ammonium Sulfate, 70 mM Sodium Citrate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.964 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.964 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.49→72.49 Å / Num. all: 29837 / Num. obs: 30889 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 56.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.244
反射 シェル解像度: 2.49→2.58 Å / 冗長度: 3.9 % / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / % possible all: 89.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
BUSTER2.10.0精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB Entry 1NG5

1ng5


解像度: 2.49→72.49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9477 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9002 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.271 1402 4.98 %RANDOM
Rwork0.215 ---
obs0.2177 28147 91.39 %-
all-30889 --
原子変位パラメータBiso mean: 72.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.3326 Å20 Å22.4729 Å2
2--3.2197 Å20 Å2
3----5.5523 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.524 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.49→72.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7384 0 40 27 7451
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.017556HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.2610156HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2856SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes260HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1044HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it7556HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.44
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.9
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion956SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact8414SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.49→2.58 Å / Total num. of bins used: 14
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2772 137 4.8 %
Rwork0.2371 2718 -
all0.2389 2855 -
obs--91.39 %
精密化 TLS

T33: 0.6079 Å2 / 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.611-0.4726-0.61463.55860.57192.00530.00260.0914-0.0185-0.23230.10870.13220.0636-0.0658-0.1114-0.5634-0.0388-0.0395-0.53120.017814.3841.81551.0205
23.4375-0.13490.25892.37950.24071.77460.03540.09840.0673-0.12930.1409-0.00990.02610.0954-0.1763-0.5011-0.00380.0521-0.45770.002536.917127.54071.2349
33.2567-0.0701-0.12143.35750.02181.75860.01150.1187-0.0901-0.15310.11830.1551-0.0121-0.0916-0.1298-0.579-0.0146-0.0281-0.5710.00214.383524.451337.4819
43.72840.0840.30653.363-0.20111.7524-0.02370.090.0862-0.14350.1444-0.0344-0.01240.1022-0.1207-0.6079-0.02420.0546-0.6079-0.008736.886650.181137.2554
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A29 - 244
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B29 - 244
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C29 - 244
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }D29 - 244

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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