[日本語] English
万見
- PDB-4lez: Structure of mouse cGAS bound to an 18bp DNA and cGAS product -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lez
タイトルStructure of mouse cGAS bound to an 18bp DNA and cGAS product
要素
  • 18bp dsDNA
  • Cyclic GMP-AMP synthase
キーワードTRANSFERASE/DNA / NTase / DNA sensor / TRANSFERASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


2',3'-cyclic GMP-AMP synthase activity / cyclic GMP-AMP synthase / paracrine signaling / poly-ADP-D-ribose modification-dependent protein binding / regulation of type I interferon production / regulation of immunoglobulin production / cGAS/STING signaling pathway / regulation of T cell activation / negative regulation of cGAS/STING signaling pathway / negative regulation of DNA repair ...2',3'-cyclic GMP-AMP synthase activity / cyclic GMP-AMP synthase / paracrine signaling / poly-ADP-D-ribose modification-dependent protein binding / regulation of type I interferon production / regulation of immunoglobulin production / cGAS/STING signaling pathway / regulation of T cell activation / negative regulation of cGAS/STING signaling pathway / negative regulation of DNA repair / cGMP-mediated signaling / cellular response to exogenous dsRNA / positive regulation of type I interferon production / nucleosome binding / regulation of immune response / negative regulation of double-strand break repair via homologous recombination / positive regulation of defense response to virus by host / activation of innate immune response / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / cAMP-mediated signaling / determination of adult lifespan / molecular condensate scaffold activity / positive regulation of cellular senescence / site of double-strand break / double-stranded DNA binding / defense response to virus / nuclear body / innate immune response / DNA repair / DNA damage response / chromatin binding / GTP binding / protein homodimerization activity / DNA binding / ATP binding / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Beta Polymerase; domain 2 - #90 / Poly(a)-polymerase, middle domain - #40 / Mab-21-like, nucleotidyltransferase domain / Mab-21-like / Mab-21-like, HhH/H2TH-like domain / Mab-21 protein HhH/H2TH-like domain / Mab-21 / Mab-21 protein nucleotidyltransferase domain / Poly(a)-polymerase, middle domain / Beta Polymerase; domain 2 ...Beta Polymerase; domain 2 - #90 / Poly(a)-polymerase, middle domain - #40 / Mab-21-like, nucleotidyltransferase domain / Mab-21-like / Mab-21-like, HhH/H2TH-like domain / Mab-21 protein HhH/H2TH-like domain / Mab-21 / Mab-21 protein nucleotidyltransferase domain / Poly(a)-polymerase, middle domain / Beta Polymerase; domain 2 / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
cGAMP / DNA / DNA (> 10) / Cyclic GMP-AMP synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.36 Å
データ登録者Li, P.
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2013
タイトル: Cyclic GMP-AMP Synthase Is Activated by Double-Stranded DNA-Induced Oligomerization.
著者: Li, X. / Shu, C. / Yi, G. / Chaton, C.T. / Shelton, C.L. / Diao, J. / Zuo, X. / Kao, C.C. / Herr, A.B. / Li, P.
履歴
登録2013年6月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年12月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年1月8日Group: Database references
改定 1.22015年8月5日Group: Non-polymer description
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年3月13日Group: Source and taxonomy / Structure summary / カテゴリ: entity / pdbx_entity_src_syn / Item: _entity.details

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Cyclic GMP-AMP synthase
C: Cyclic GMP-AMP synthase
E: 18bp dsDNA
F: 18bp dsDNA
I: 18bp dsDNA
J: 18bp dsDNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,50710
ポリマ－108,0286
非ポリマー1,4804
水2,720151
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)79.209, 99.031, 142.631
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Cyclic GMP-AMP synthase / cGAMP synthase / cGAS / m-cGAS / Mab-21 domain-containing protein 1


分子量: 42984.664 Da / 分子数: 2 / 断片: mouse cGAS catalytic domain, UNP residues 142-507 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Mb21d1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q8C6L5, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの
#2: DNA鎖
18bp dsDNA


分子量: 5514.603 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic 18 bp dsDNA
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / 詳細: Cyclic GAMP synthesized using cGAS
#4: 化合物 ChemComp-1SY / cGAMP / 2',3' cGAMP / c-GMP-AMP / c[G(2',5')pA(3',5')p] / 2′,3′-cGAMP


分子量: 674.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H24N10O13P2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 151 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.49 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 24-36% MPD, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 153 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.542 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年5月1日 / 詳細: osmic
放射モノクロメーター: osmic / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.542 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.36→33.5 Å / Num. all: 47070 / Num. obs: 45447 / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(F): 1.6 / Observed criterion σ(I): 1.6 / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 31.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rsym value: 0.069
反射 シェル解像度: 2.36→2.43 Å / % possible all: 97

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.36→33.549 Å / SU ML: 0.35 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.73 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2466 1999 4.4 %Random
Rwork0.1922 ---
obs0.1946 45447 96.61 %-
all-47070 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.36→33.549 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5938 1464 92 151 7645
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0087808
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.22910826
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.9173098
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0741174
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071108
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3564-2.41530.3571380.30442991X-RAY DIFFRACTION94
2.4153-2.48050.3311400.27653048X-RAY DIFFRACTION96
2.4805-2.55350.34681400.2593044X-RAY DIFFRACTION96
2.5535-2.63590.36851390.25453038X-RAY DIFFRACTION96
2.6359-2.73010.31191390.2493026X-RAY DIFFRACTION96
2.7301-2.83930.3281410.24643048X-RAY DIFFRACTION96
2.8393-2.96850.30171400.23913054X-RAY DIFFRACTION96
2.9685-3.12490.3041390.2393035X-RAY DIFFRACTION95
3.1249-3.32050.25451400.2123034X-RAY DIFFRACTION95
3.3205-3.57660.32471420.19153071X-RAY DIFFRACTION96
3.5766-3.9360.24991450.1853169X-RAY DIFFRACTION98
3.936-4.50440.21391490.1573229X-RAY DIFFRACTION99
4.5044-5.67060.18161510.15993282X-RAY DIFFRACTION100
5.6706-33.55260.19171560.16383409X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.4833-0.59390.61193.8606-0.05692.6345-0.1682-0.4271-0.26250.69020.0799-0.098-0.0171-0.09130.10320.4240.07940.03460.37410.06830.3998-9.9545-28.888927.5411
26.48684.5438-0.87124.3303-0.69815.32130.6613-1.71291.25962.0594-0.3617-0.22730.23790.8841-0.39021.13640.0737-0.27370.9938-0.16290.99644.7778-17.861845.0163
31.4444-1.55080.85024.5703-1.43461.8018-0.225-0.1580.05650.67120.0702-0.50470.06030.1410.15050.50420.0379-0.06880.44920.0560.4361-3.9425-26.087528.2904
42.4498-2.0774-0.60634.7841.00131.76740.20030.47840.1517-0.2666-0.1937-0.53310.14350.2875-0.02440.40870.05840.05530.47330.06320.4442-3.6506-27.95756.0489
53.5333-1.24080.24834.09771.22462.1455-0.4324-0.69950.23390.96730.2951-0.0257-0.03310.04970.13480.59380.1791-0.11950.4641-0.03930.3899-29.23419.615126.817
62.187-1.49280.25075.03441.29960.9896-0.5451-0.693-0.03641.22610.28970.68780.0832-0.28740.20990.64170.14310.10380.60530.00630.3998-36.31465.666330.162
73.0302-1.86840.15855.5096-1.16782.3660.07410.38440.0144-0.224-0.1050.6303-0.4726-0.30920.02920.4590.0476-0.09940.4735-0.01690.4067-35.9837.5675.5002
85.5685-0.7526-1.37356.88761.03437.4162-1.3755-0.20331.4744-0.07010.5236-0.2798-0.9505-1.0230.84371.9312-0.2831-0.09631.6965-0.33270.8392-29.0934-15.05752.6082
92.855-0.1247-1.54612.9320.19956.72080.4013-0.5286-0.23180.518-0.03520.08231.0497-0.2896-0.33630.5207-0.1436-0.10040.51430.05720.5793-29.7327-26.794424.2742
105.36751.04891.94565.7511.41754.26590.2888-0.21630.4361-0.4442-0.27450.8151-0.4504-0.8027-0.08990.57360.0310.01040.56310.07810.5834-30.0558-27.671220.177
115.75560.3987-5.93318.1263-2.43996.76241.3102-1.01020.76111.02010.445-0.2923-0.9914-0.321-1.65391.1968-0.3026-0.01061.1133-0.05450.6136-33.0309-19.243442.4503
129.5695-1.1955-0.23683.38613.14032.97621.7664-2.1897-1.14810.50530.2603-1.6765-0.02460.4518-1.69851.4743-0.5836-0.24922.2109-0.04891.0299-26.3066-21.754256.1004
133.8846-1.0058-3.84432.16791.26424.01240.3364-0.90281.12931.09510.35920.40191.2921-1.5906-0.7621.06250.0515-0.09771.2357-0.1030.7122-11.97044.357939.6434
144.66190.8631.63298.27933.12893.5330.20930.04060.5997-0.11770.4669-0.2875-0.54891.5501-0.68680.5076-0.0927-0.02940.5721-0.06530.5153-8.41832.508821.5741
157.49163.7264-0.07378.90552.61282.59270.48490.80821.2248-0.6063-0.5622-1.1087-0.82141.54110.16390.8363-0.2712-0.06340.90210.33650.9885-9.540815.88188.8645
167.35473.79433.90024.82573.43562.76151.1972-0.52750.14890.13430.46080.0944-0.70440.5061-1.25271.0334-0.32440.35321.83370.40641.5311-0.485214.1412-3.4087
170.28710.5560.55182.85130.48141.28910.96170.2823-0.62870.4330.22520.04410.2959-1.72110.05621.7684-0.79750.52783.07340.51710.5806-7.728411.3038-1.696
185.75451.4773-5.8745.056-1.00366.0131-0.2559-0.62880.965-0.42530.4105-0.38350.46122.4555-0.25080.6077-0.0769-0.22190.89740.00480.7201-5.707313.048215.8214
193.0433-1.77732.76853.6485-3.05215.38870.1332-0.4187-0.46010.43520.03380.0053-0.2279-0.0164-0.1930.55970.0136-0.18740.4970.0010.664-14.26711.34528.1971
207.797-3.7827-2.48283.27920.04052.8820.5749-2.30090.86841.30251.8929-1.5148-1.25710.9244-0.25762.29530.1301-0.65791.3926-0.19690.7156-6.4772-1.539341.9762
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 149 through 238 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 239 through 258 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 259 through 376 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 377 through 507 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'C' and (resid 149 through 239 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 240 through 376 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 377 through 507 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'E' and (resid 1 through 5 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'E' and (resid 6 through 18 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'F' and (resid 1 through 10 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'F' and (resid 11 through 15 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'F' and (resid 16 through 18 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'I' and (resid 1 through 5 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'I' and (resid 6 through 10 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'I' and (resid 11 through 15 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'I' and (resid 16 through 18 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'J' and (resid 1 through 5 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'J' and (resid 6 through 10 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'J' and (resid 11 through 15 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'J' and (resid 16 through 18 )

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る