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- PDB-4len: CTX-M-9 in complex with the broad spectrum inhibitor 3-(2- carbox... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4len
タイトルCTX-M-9 in complex with the broad spectrum inhibitor 3-(2- carboxyvinyl)benzo(b)thiophene-2-boronic acid
要素Beta-lactamase
キーワードhydrolase/hydrolase inhibitor / Binding Sites / structure base drug design / Drug Discovery / Molecular / Enzyme Inhibitors / beta lactamases / boronic acids / broad spectrum / bacterial resistance / double perturbation cycle analysis / thermodynamics / structure activity relationship / hydrolase-hydrolase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase, class-A active site / Beta-lactamase class-A active site. / Beta-lactamase class A, catalytic domain / Beta-lactamase enzyme family / Beta-lactamase, class-A / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-2GK / Beta-lactamase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Tondi, D.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2014
タイトル: Targeting Class A and C Serine beta-Lactamases with a Broad-Spectrum Boronic Acid Derivative.
著者: Tondi, D. / Venturelli, A. / Bonnet, R. / Pozzi, C. / Shoichet, B.K. / Costi, M.P.
履歴
登録2013年6月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年6月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年7月16日Group: Database references
改定 1.22016年10月19日Group: Structure summary
改定 1.32019年7月17日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.classification / _software.name ..._software.classification / _software.name / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase
B: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,4414
ポリマ－55,9452
非ポリマー4962
水13,944774
1
A: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,2212
ポリマ－27,9721
非ポリマー2481
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,2212
ポリマ－27,9721
非ポリマー2481
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)45.116, 106.595, 47.680
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.03, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Beta-lactamase / Beta-lactamase CTX-M / Beta-lactamase CTX-M-9a / Betalactamase CTX-M-9 / CTX-M-9 beta-lactamase / ...Beta-lactamase CTX-M / Beta-lactamase CTX-M-9a / Betalactamase CTX-M-9 / CTX-M-9 beta-lactamase / CTX-M-9 extended-spectrum beta-lactamase


分子量: 27972.494 Da / 分子数: 2 / 断片: CTX-M9 / 変異: none / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12
遺伝子: blaCTX-M-9, blaCTX-M-9a, blaCTX-M-9a blaCTX-M-9 blaCTX-M-9b, blaCTX-M-9b
プラスミド: pET-9a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q9L5C8, beta-lactamase
#2: 化合物 ChemComp-2GK / (2E)-3-[2-(dihydroxyboranyl)-1-benzothiophen-3-yl]prop-2-enoic acid


分子量: 248.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H9BO4S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 774 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
非ポリマーの詳細THE STARTING MATERIAL USED FOR CHEMICAL REACTION CORRESPONDS TO THE COMPUND: 3-[2-(4,4,5,5- ...THE STARTING MATERIAL USED FOR CHEMICAL REACTION CORRESPONDS TO THE COMPUND: 3-[2-(4,4,5,5-TETRAMETHYL-[1,3,2]DIOXABOROLAN-2-YL)-BENZO[B]THIOPHEN-3-YL]-ACRYLIC ACID. SEE ALSO LINK RECORDS.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.63 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.8
詳細: 1.4 M potassium phosphate buffer using microseeding techniques, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K, pH 8.8

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2004年9月1日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 1.35→20 Å / Num. all: 82707 / Num. obs: 82595 / % possible obs: 85.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0032精密化
CNS精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
HKL-2000データ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1YM1

1ym1


解像度: 1.5→19.39 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 1.114 / SU ML: 0.043 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.079 / ESU R Free: 0.076 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18174 3455 5 %RANDOM
Rwork0.15935 ---
obs0.16048 65055 97.48 %-
all-82707 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 10.214 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å2-0 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3----0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→19.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3907 0 34 774 4715
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0194097
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3131.9775589
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8165545
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.08524.578166
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.68615683
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg8.0061531
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2662
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0213089
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4140.7692133
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.7531.1482665
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.4480.8581964
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.225 223 -
Rwork0.18 4329 -
obs--88.22 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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